ДНК тесты и генеалогия

Сообщение

avramenko · #1101 **avramenko** » 30 сен 2009, 00:14

MCB: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017) (+2024)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

Molka · #1102 **Molka** » 13 сен 2019, 09:24

Подскажите пожалуйста, как лучше отправить образец FTDNA в США Почтой России - простой посылкой или курьером (цена различается почти в 3 раза)? Запаковать образцы в коробочку или достаточно присланного ими конверта? Есть ли какие-то существенные детали в процессе отправления образцов, о которых я не спросила?

recutita · #1103 **recutita** » 13 сен 2019, 13:23

Я отправила просто их же конвертом. Дошло в лучшем виде. Трекномер отслеживался.

Alexey_VB · #1104 **Alexey_VB** » 13 сен 2019, 20:17

Molka писал(а): ↑
13 сен 2019, 09:24
Подскажите пожалуйста, как лучше отправить образец FTDNA в США Почтой России - простой посылкой или курьером (цена различается почти в 3 раза)? Запаковать образцы в коробочку или достаточно присланного ими конверта? Есть ли какие-то существенные детали в процессе отправления образцов, о которых я не спросила?

Отправляйте "малым пакетом" Почтой России, EMS не обязательно, разницы (кроме стоимости) нет. EMS сообщит о вручении, а Почтой России может висеть неделями в статусе "ждёт получения" даже после появления результатов теста. в США отслеживание в системе www.usps.com
Получение и статус увидите в своём эккаунте FTDNA - received и awaiting result с ориентировочной датой готовности, в среднем - результаты теста готовы за пару недель, но бывают отклонения.
Отправляю по 2-3-4 теста в штатных конвертах, уложенных в родную картонную коробку кита. Один дойдёт и так - в штатном конверте FTDNA в пластиковом "малом пакете" Почты России.
Не забудьте заполнить, подписать и вложить формы в соответствующий конверт.
Существенно на Почте сказать/написать о содержимом что-то нейтральное: Perfume sample, например. и стоимость заявить незначительную $2.

Alexey_VB · #1105 **Alexey_VB** » 13 сен 2019, 20:45

IGGay писал(а): ↑
11 сен 2019, 18:23
Себе ( но не мне )

по моему опыту (MyHeritage, FTDNA и Ancestry) лучше/точнее еврейство в %% определяет FTDNA: и ашкенази, и сефардов. этнокалькулятор MyHeritage чуть занизил ашкенази и показал точно так же небольшой процент сефардов, как FTDNA. Ancestry наоборот, несколько завысил ашкенази и не назвал сефардов, написал Middle East. конечно это только мое мнение.
достаточно много разных бесплатных этнокалькуляторов на GEDmatch.

#1106 **MCB** » 13 сен 2019, 21:39

Alexey_VB писал(а): ↑
13 сен 2019, 20:45

IGGay писал(а): ↑
11 сен 2019, 18:23
Себе ( но не мне )
по моему опыту (MyHeritage, FTDNA и Ancestry) лучше/точнее еврейство в %% определяет MyHeritage: и ашкенази, и сефардов. FTDNA занизил ашкенази и не увидел сефардов. Ancestry наоборот, завысил ашкенази и тоже не показал сефардов. конечно это только мое мнение.

Ни одна из лабораторий не "видит" сефардов на фоне ашкеназской ДНК, но только MyHeritage делает вид, что может это увидеть. На самом деле ашкеназская и сефардская ДНК близки по составу, и каждая из этих этногеографических групп евреев характеризуется внутренним разнообразием, так что по небольшим фрагментам ДНК от далеких предков современные тесты не могут определить, могли ли эти фрагменты ДНК придти только от сефардов или только от ашкеназов. Более того, те сефарды, которые издревле переежали в Центральную и Восточную Европу, оставили ДНК, которая настолько ровно перемешалась с ашкеназской, что входит в референтные наборы ашкеназов на полных правах.

Однако легенда о сефардском происхождении была очень популярна у Ашкеназов 20-го века, которые вообще были в неведении относительно своей собственной истории, но слыхали про знаменитых мудрецов и раввинов испанского средневековья, и мечтали о происхождении "от великих". Нетрудно понять, что от такого далекого предка современным потомкам не досталось бы никакой идентифицируемой аутосомной ДНК ... все даво перемешалось ... но MyHeritage осознает, что маркетинг на основе легенды возможен, и "находит" сефардские и иберийские проценты у современных ашкеназов (остальные лаборатории не берутся за невозможное).

Справедливости ради надо сказать, что у MyHeritage есть приличный референтный набор сефардов, и эта лаборатория может с уверенностью сказать, если ваш родитель или дед-бабушка были сефардами. Но далее в глубину поколений точность определения теряется. Уровни сефардского и иберийского компонентов до 10% объясняются просто шумом анализа.

А самые точные методы поиска еврейской ДНК у 23andMe & Ancestry, поскольку они базируются на этническом происхождении конкретных фрагментов ДНК, а не на моделирование общей смеси по всему геному, как у FamilyTreeDNA & MyHeritage.

Alexey_VB · #1107 **Alexey_VB** » 13 сен 2019, 22:28

MOCKBA, сообщение выше писал по памяти, проверил и поменял местами FTDNA и MyHeritage. не хочу дискуссий, но у основных компаний сейчас пять еврейских групп: ашкенази, эфиопские, йеменские, сефарды из Северной Африки и мизрахи из Ирана и Ирака. знаю о тестовой группе горских евреев - пилотный проект 23andMe. насколько знаю, компании также периодически поправляют методики/алгоритмы этнокалькуляторов. мнение высказываю на основе знания истории семей на 220 лет, собственного опыта по тестам в нескольких компаниях 12 родственников с еврейскими корнями, но вовсе не претендую на "истину в последней инстанции".
Introducing Our New DNA Ethnicity Analysis 2017 https://blog.myheritage.com/2017/06/int ... -analysis/

#1108 **MCB** » 13 сен 2019, 22:52

Alexey_VB писал(а): ↑
13 сен 2019, 22:28
у основных компаний сейчас пять еврейских групп: ашкенази, эфиопские, йеменские, сефарды из Северной Африки и мизрахи из Ирана и Ирака

Да, такие группы евреев используются, но только не всеми ведущими компаниями. MyHeritage тут в лидерах, и это похвально (только, как я уже писал, дальше деда-прадеда предка-сефарда от предка-ашкеназа их методами не отличить).
23andMe определяет ТОЛЬКО Ашкеназские фрагменты (если у вас недавний предок сефард, то, действительно, большая часть полученной от предка ДНК определится ими, как Ашкеназская. Это корректный подход к проблеме, ведь полный список референтных групп и компонентов у них на виду)
Ancestry определяет ашкеназские фрагменты, но, зная, что многие евреи спят и видят, как у них в роду современной наукой обнаруживаются легендарные сефарды, эта компания прибегла к скромной хитрости, и переименовала ашкеназскую компоненту в "Евреев Европы".

Горские евреи определяются 23andMe как "Западная Азия / Азербайджан".

Конечно, компании улучшают свои рассчеты. И на основе новых данных и алгоритмов, и по просьбе отделов маркетинга. Не одна MyHeritage в последнем замешана (но только статистик по качеству определения предков они не приводят). А вот Ancestry, например, свои статистики по точности определения не держит в секрете. С евреями у нее все в порядке, а вот определение регионов происхождения в Африке у них страшно хромает, но они без запинки объясняют, что потомки рабов тоже мечтают, что обнаружится, с Нигера ли их корни или из Камеруна там, и в виду социальной востребованности этой тематики, даже неточный анализ играет позитивную роль.

Калькулятор еврейства на GEDMatch, согласно опубликованному мнению его создателя, вообще ни к черту не годится (ну то есть годится для тех, кто мечтает о предках-евреев, да только обнаружить таковых в результатах анализа ни одна нормальная лаборатория не может). Тогда, если евреев не нашлось, но очень хочется - велкам на JTest calculator (GEDMatch).

Кстати, все эти моменты - про сефардов, про переименование категорий, про статистики точности Анцестри, про JTest, и даже про горских евреев - я уже описывал вот в этой самой теме. Уверен, что поиском по теме найти не так трудно, а кое-что даже отмечено в прикрепленном сообщении наверху. Возможно, если эти вопросы общего интереса, то надо будет добавить ссылок в прикрепленное сообщ?

Последнее - буду рад посмотреть на конкретные пример, когда у Анцестри "многовато определилось", и погадать, в чем тут дело.

ayrin · #1109 **ayrin** » 20 сен 2019, 20:50

Может запутано спрошу, моего прадеда усыновил предположительно родственник. По совпадениям ДНК показывают как 2-4юродную сестру женщину, чей отец имеет такую же фамилию как усыновитель. Какое это может быть родство?

#1110 **MCB** » 20 сен 2019, 21:36

ayrin писал(а): ↑
20 сен 2019, 20:50
родство

возможно, даже никакого. Если прадеды братья, то вы были бы четвероюрдные, но на таком расстоянии по ДНК не отличить степени родства. Чтобы понять, насколько реально совпадение, нужно учесть, сколько сМ и сегментов и насколько редкая фамилия...

ayrin · #1111 **ayrin** » 20 сен 2019, 21:52

MOCKBA писал(а): ↑
20 сен 2019, 21:36
Если прадеды братья

тут ключевое слово - усыновитель-при живых родителях, и они не однофамильцы, т.е это может быть брат жены, муж сестры?
Самый большой сегмент = 18,3 сМ

Общее количество полусопряженных сегментов (HIR) = 36,2 сМ (1,010 Pct)
Расчетное число поколений до MRCA = 4,3

3 общих сегмента, найденных для этого сравнения.

200231 SNP, используемые для этого сравнения.

51.211 Pct SNPs полностью идентичны.

ayrin · #1112 **ayrin** » 20 сен 2019, 21:54

а у моего родного брата с ней же
Самый большой сегмент = 10,0 сМ

Общее количество полусопряженных сегментов (HIR) = 10,0 сМ (0,278 Pct)
Расчетное число поколений до MRCA = 5,3

1 общих сегментов, найденных для этого сравнения.

200263 SNP, используемые для этого сравнения.

50,875 Pct SNPs полностью идентичны.

#1113 **MCB** » 20 сен 2019, 22:06

ayrin писал(а): ↑
20 сен 2019, 21:54
полусопряженных

Это, наверное, ошибка перевода? HI = half-identical или Half-Match (сегменты, в которых половина генотипов совпадает ~~ полусовпадающие). Это параметр с GedMatch. У них не все полусовпадающие сегменты достоверные, надо смотреть на координаты... около центромер хромосом, где СНИПов вообще мало, они склонны ошибаться. Но в вашем случае совпадение такое слабое, что, скорее всего, случайно, и обращать на него внимание стоит только если совпавшая фамилия реально редкая (или если эти предки не евреи)

#1114 **MCB** » 21 сен 2019, 00:22

ayrin писал(а): ↑
20 сен 2019, 20:50
чей отец имеет такую же фамилию как усыновитель

ayrin писал(а): ↑
07 июн 2019, 23:42
По семейной легенде, в 1883 году моего прадеда Шмуля Шаевича (Самуила Исаевича) Гойхберга, с согласия Исая (моего прапрадеда), усыновил его бездетный родственник - Тульчинский

понял, что фамилия не редкая - Тульчинских только по Липесбазе 700 с гаком записей, да еще две сотни Толчинских. В Яд Вашем еще большие цифры, увы. А вот чего я не понял, так это как вы увидели такое слабое совпадение на Gedmatch. У меня списки все совпаденцев обрываются на совпадениях в 50, 40 сМ, в зависимости от количества "еврейской крови". Насколько у вас с братом большой процент еврейской ДНК? На каком примерно месте это совпадение с Тульчинскими у вас в таблице совпадений?

ayrin · #1115 **ayrin** » 21 сен 2019, 07:45

MOCKBA писал(а): ↑
21 сен 2019, 00:22
Насколько у вас с братом большой процент еврейской ДНК

50

MOCKBA писал(а): ↑
21 сен 2019, 00:22
На каком примерно месте это совпадение с Тульчинскими у вас в таблице совпадений?

Первоначально совпадение было на ФТДНА как "2-й кузен - 4-й кузен", таких у меня было не так уже и много. У кого было открыто дерево, я заглянула, так и нашла фамилию отца-деда этой женщины (у нее другая). Кстати, не понимаю, почему закрыто большинство деревьев, если человек исследует родословную и загружает результаты ДНК ...Потом посмотрела на Гедматче (там совпадение 4,3). Я ей написала, но она не ответила. Я просто хочу понять, стоит в эту сторону вообще стучаться. Очень интересует вопрос усыновления, не знаю, даже, почему. В принципе на жизнь семьи он не повлиял, чистая формальность )) Ну и алгоритм поиска по ДНК хочется отработать. Я уже так нашла ветку со стороны бабушки, общаемся))
И еще хочется понять эту разницу с братом - связано ли это с тем, что мы разнополые, или просто разные участки в анализе.

migrev · #1116 **migrev** » 29 сен 2019, 13:36

Увидел у тестя совпадение на MyHeritage (импортированные данные из ФТДНА) с человеком с такими совпадениями: Общие ДНК: 120,5 cM; Общие сегменты: 6; Наибольший сегмент: 84,9‎ cM. С другим человеком 153,4‎ cM; 8; 43,8‎ cM.
Намного большее совпадение по наибольшему сегменту чем с тысячими других "совпаденцев". Это могут быть реальные родственники или все таки ашкеназский шум?

vitalyka · #1117 **vitalyka** » 29 сен 2019, 14:05

migrev, если большой сегмент на 12-й хромосоме, я бы не заморачивался - там у FTDNA все евреи совпадают.
Вообще 120/85 , похоже на ошибку.

#1118 **Simona** » 29 сен 2019, 14:52

vitalyka писал(а): ↑
29 сен 2019, 14:05
если большой сегмент на 12-й хромосоме, я бы не заморачивался - там у FTDNA все евреи совпадают.

т.е., на 12й все евреи совпдают?
я сходила на фтдна и проверила 7 первых моих совпаденецев, никто особо на 12й не светится, кроме одной - 12.44 сМ. Зато на 9й и 13й - таки да.
есть какие-то статистики по еврейским совпаденцам по-хромосомно?

#1119 **MCB** » 29 сен 2019, 20:28

Simona писал(а): ↑
29 сен 2019, 14:52
12й все евреи совпдают

нет, конечно не ВСЕ. Просто гораздо больше совпадений, чем в среднем. На 6-й есть еще такое место. Не уверен даже, как по русски это перевести - "завалы ДНК"? По английски это "DNA pile-ups", и разные компании по разному к ним относятся. У Анцестри есть алгоритм по "коррекции завалов", он так и называется "Timber!" - это по-русски "Поберегись! (дерево в смысле падает на лесоповале). Есть способы и самому откорректировать совственные "завалы", скачав таблицу совладающих сегментов и определив, какие из участков конкретно вашей ДНК совпадают гораздо чаще, чем положено.

Причины "завалов ДНК" - как биологические, так и технические. К примеру, на хромосоме 6 есть регион, важный в иммунитете, и он, видимо, у народов, живущих скученно и с угрозой антисанитарии, как евреи, совсем не случайно разошелся в потомстве.

Но конкретно у MeHeritage и конкретно с импортированными данными - проблема чисто техническая (плюс маркетологическая). Для сравнения импортированых генотипов, они используют импутацию (предсказание генотипов СНИПов, которых не было в данных, по соседним СНИПам с учетом геномных карт). В тех местах хромосом, где геномные карты неточые, предсказания особой точностью тоже не отличаются, и показывают "совпадения" где надо и где не надо. А с маркетологической точки зрения, компания ничего корректировать не хочет. Для них, чем больше совпадений, тем лучше.

Где же те регионы хромосом, в которых данные картирования слабоватые? Это происходит на границах тех участков, где данные по СНИПам настолько плохие, что MeHeritage закрашивает на картах эти участки штриховкой (другие компании также используют "серый цвет"), и в центромерах хромосом (на карте изображаются как "перетяжки" - в этих местах геномные карты прерываются). Если ваше супер-длинное совпадение у MeHeritage примыкает к заштрихованной области на карте или перекрывает "перетяжку" центромеры, значит, это наверняка лажа. Кстати Gedmatch тоже использует импутацию, но в таких регионах не лажает.

См. картинку якобы супер-длинного сегмента в импортированных данных MeHeritage у одного из моих родных, где Gedmatch показывает всего 5 сМ.

vitalyka · #1120 **vitalyka** » 29 сен 2019, 21:57

Simona, я же пошутил. На самом деле все евреи конечно же совпадают по 15-й хромосоме

Дальше попытаюсь пояснить свою мысль уже серьёзно.
Myheritage позволяет выгрузить "триангуляцию" ваших совпадений. Туда включаются все участки от 6 См.
У меня выходит ~45000 участков совпадения с ~12000 других участников.
Строю частоту для всех упоминаемых позиций и смотрю:
Позиция 102,127,262 на 12-й хромосоме.
Совпадает с 637-ю игроками, из которых 439 имеют со мной участок более 12 См, включающий эту позицию.
Позиция 20,004,966 на 15-й хромосоме: 1599(!) совпадений, в которых участки начинаются с этой позиции. Длина участков от 14 до 46 См.

Поэтому, когда у меня обнаруживается очередной двоюродный брат, и вижу, что основной вклад внесли (в частности) упомянутые выше участки, я мысленно говорю себе "знаю-знаю, это у всех евреев так" и вычитаю. 9-ю, 12-ю, 15-ю вычел - глядишь, а он мне уже и не брат вовсе.

Кстати, об упомянутых вам хромосомах:
9-я Позиция: 136,511,127 - 532 родственника, правда участки не самые большие. "Ваши" тоже там?
А вот на 13-й больше 250-и совпадений ни одна позиция не даёт.

#1121 **Simona** » 29 сен 2019, 22:25

MOCKBA писал(а): ↑
29 сен 2019, 20:28

Simona писал(а): ↑
29 сен 2019, 14:52
12й все евреи совпдают
нет, конечно не ВСЕ. Просто гораздо больше совпадений, чем в среднем. На 6-й есть еще такое место. Не уверен даже, как по русски это перевести - "завалы ДНК"? По английски это "DNA pile-ups", и разные компании по разному к ним относятся. У Анцестри есть алгоритм по "коррекции завалов", он так и называется "Timber!" - это по-русски "Поберегись! (дерево в смысле падает на лесоповале). Есть способы и самому откорректировать совственные "завалы", скачав таблицу совладающих сегментов и определив, какие из участков конкретно вашей ДНК совпадают гораздо чаще, чем положено.

Причины "завалов ДНК" - как биологические, так и технические. К примеру, на хромосоме 6 есть регион, важный в иммунитете, и он, видимо, у народов, живущих скученно и с угрозой антисанитарии, как евреи, совсем не случайно разошелся в потомстве.

Но конкретно у MeHeritage и конкретно с импортированными данными - проблема чисто техническая (плюс маркетологическая). Для сравнения импортированых генотипов, они используют импутацию (предсказание генотипов СНИПов, которых не было в данных, по соседним СНИПам с учетом геномных карт). В тех местах хромосом, где геномные карты неточые, предсказания особой точностью тоже не отличаются, и показывают "совпадения" где надо и где не надо. А с маркетологической точки зрения, компания ничего корректировать не хочет. Для них, чем больше совпадений, тем лучше.

Где же те регионы хромосом, в которых данные картирования слабоватые? Это происходит на границах тех участков, где данные по СНИПам настолько плохие, что MeHeritage закрашивает на картах эти участки штриховкой (другие компании также используют "серый цвет"), и в центромерах хромосом (на карте изображаются как "перетяжки" - в этих местах геномные карты прерываются). Если ваше супер-длинное совпадение у MeHeritage примыкает к заштрихованной области на карте или перекрывает "перетяжку" центромеры, значит, это наверняка лажа. Кстати Gedmatch тоже использует импутацию, но в таких регионах не лажает.

См. картинку якобы супер-длинного сегмента в импортированных данных MeHeritage у одного из моих родных, где Gedmatch показывает всего 5 сМ.

спасибо, это очень интересно, особенно про лажу в примыкающих

если бы они еще сделали бы опцию "исчезнуть" ненужных совпаденцев, было бы вообще шикарно, жаль что это явно не в их интересах, лучше завалить кучами