ДНК тесты и генеалогия

[avramenko]

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017) (+2024)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

[Orli]

папа делал анализ в familytreeDNA он делал анализ моему младшему брату,себе и своему отцу, то есть моему дедушке по папе. Ашкеназские гены были обнаружены в результате анализа только у моего младшего брата, а следовательно, у меня тоже они есть( я и моя мама тест не сдавали, но я планирую это сделать), так как это мой родной отец. Выше я написала 20, но я уточнила, там 13-15 % процентов было

Добро пожаловать в племя потомков евреев! С 13% по фтДНК не поспоришь, только вот откуда это пришло, если у родного брата нет?

13-15% это вряд ли его бабушка (нормальный диапазон наследования ДНК от бабушек-дедушек - это от 17% и выше). 13-15% лучше подходит для его прабабушки или прадедушки (на такой глубине предка ожидаемый разброс наследования ДНК от 6% до 21%).

А все-таки у его брата совсем не определилось никакой "еврейской ДНК" или какой-то процент был?

Ээ, я, видимо, непонятно изначально описала ситуацию)). У моего младшего брата, родного, обнаружились эти гены, только у него. Папа делал тест себе, своему отцу и сыну( моему брату). Моему дяде и другим родственникам он тест не делал, так что я без понятия, что там с генами. Моя мама тоже тест не сдавала, если сдаст она и её мать, может там ещё больше будет процент и будет понятно откуда это пошло. Я думаю, что это по маминой линии идёт, она родом из Одессы( её родители родом из Украины).

[Dr-Shaman]

Orli, для этого и нужно делать тесты для родственников, чтоб отсечь лишние возможности.

Есть у брата, но нет у отца?
= 2 возможности: либо от матери (98%), либо отец брата - другой мужчина (2%), и это от него (но т.к. по исследованиям чужих детей воспитывает всего 2% мужчин, то этот используем бритву Оккама и начинаем с проверки версии более вероятного родства через мать).
Проверяем либо тестом матери, либо тестом другого ребенка этой матери и этого отца (т.е. вашим).
Есть у нее (и/или у вас) => пришло от нее, и можно при тесте ее предков/родственников искать от кого именно.
Если у нее и у вас нет, то возвращаемся к 2% вероятности и ищем ответы там.

Если есть еще и другие вопросы, а бюджет ограничен, надо посчитать, тестирование кого из родственников на какие вопросы ответит, и начинать с тестирования тех, кто помогает ответить на большее количество вопросов.

[MCB]

Я думаю, что это по маминой линии идёт, она родом из Одессы(

да, понял, где я проглядел, что вы написали черным по белому )) бывает. Можно, подправлю ваше сообщение, как подправил и свое, чтобы не запутывать читателей?
Задача, конечно, имеет несколько возможных способов продвинуться к решению по ДНК (вдобавок к уже порекоменованному, можно также изучить списки ДНК-родственников на фтДНК, а также перегрузить данные на MyHeritage и посмотреть, не найдется ли родственников там, и попробовать вычислить, где сходятся корни; а можно попробовать протестировать известных кузинов, с кем у вас общие только некоторые из прабабушек / прадедов по материнской линии, и таким образом тоже определить, откуда пришла какая ДНК). Но по большому счету, загадка ваша все-таки в первую очередь генеалогическая, и я бы в первую очередь решал ее генеалогическими, а не генетическими способами: разобрался бы в древе и в документах, что известно и что можно определить по всем этим 4-м из прабабушек / прадедов по материнской линии, по их братьям-сестрам. Сохранность документов, и способы вступить в смешаный брак, очень различаются по географии, временному периоду, и т.п., и без подробностей тут не продвинутся вперед. Так в том и состоит генеалогический поиск!

[Molka]

Я думаю, что это по маминой линии идёт, она родом из Одессы(

изучить списки ДНК-родственников на фтДНК, а также перегрузить данные на MyHeritage и посмотреть,

Пожалуйста, подскажите как мне действовать в следующей ситуации
Я сделал анализ на фтДНК в конце прошлого года и пыталась перегрузить данные на MyHeritage. ничего не получилось. Хотя за год до этого весь такой же процесс проделал с ДНК тестом другого родственника успешно. Обратилась в фтДНК - они подтвердили, что файл не битый. Обратилась в MyHeritage - долго разбирались и предлагали варианты, все безуспешно. Предположила, что проблема в том, что я в РФ. Попросила родственника из Франции или Израиля (точно не знаю) загрузить со своего компа - опять мимо. Опять обратилась в MyHeritage - предложили поменять страну пребывания в настройках, поменяла на Израиль - безуспешно. Предположила, что провайдеры блокируют. Попросила построить новое дерево знакомую в Израиле (она открыла новую почту, построила новое дерево), попыталась загрузить - получила ответ, что данная опция в Израиле невозможна. В чем проблема?
Что мне нужно сделать, чтобы наконец-то перегрузить данные на MyHeritage с фтДНК?

[michael_frm_jrslm]

А куда делись сообщения за август??

[MCB]

ничего не получилось

думю, что может помочь более подробное описание ситуации, на какой именно стадии застрял процесс. Также интересно узнать, пробовали ли вы загрузить те же данные на gedmatch и что получилось. Но одно известно: из Израиля Myheritage не принимает ДНК, так что менять страну на Израиль или физически находится в Израиле не следует.

куда делись сообщения за август

Тут было затишье без новых сообщений

[MCB]

Для оживления темы - из моего поиска усыновленного сына еврея "Самуила из Витебской" по ДНК. 23andMe выдала два совпадение на уровне троюрдных (одна фамилия Радушковский, семья из Минска, другая семья, видимо, из давних еврейских иммигрантов в Америке, но все трое взаимно связаны на троюрдном уровне, и даже есть один общий у всех троих длинный сегмент на 16-й хромосоме). Радушковский - фамилия редкая, и семейные корни прослеживаются - дед Шимон Ельевич Радушковский родился не позднее 1880 года в Минском уезде или, может быть, в самом Минске, бабушка Роха-Геня Ароновна Шофер родилась в Минске в 1881 году, ее семья из Новогрудских мещан. В первом приближении, к сожалению, география неподходящая для нашего поиска. А вот мама совпаденца, Циля ур. Ерухимович, родилась в 1916 году в Орше. Умерла в 1990-м в Минске. Увы, хотя география гораздо ближе к Витебску, но мы пока не знаем про нее больше никаких подробностей. Фамилия распространеная в Орше, а с сохранностью записей там очень скудно. Так что прорыв по ДНК пока ни к каким результатам не привел...

Morley predictor from myHeritage raw data: E1b1b1b2a1 [E-CTS10656 (E-CTS11004, E-CTS1229)] / E1b1b1b2a1 [E-M34]
на древе игрек-хромосом это на одну ступень глубже, чем удалось определить по STR'ам

Согласно более подробному анализу 23andMe - E-L791
https://www.yfull.com/tree/E-L791/

[MRK]

Но одно известно: из Израиля Myheritage не принимает ДНК, так что менять страну на Израиль или физически находится в Израиле не следует.

Ну, допустим, физически находиться в Израиле можно (разве что кроме тех дней, когда совсем жарко, как, например, вчера)...

Molka, просто в настройках МХ надо выставить любую страну, кроме РФ и Израиля, и заходить на сайт МХ через ВПН (например, установите себе на браузер надстройку (add-on) отсюда https://hola.org/products). Кстати, это тоже израильская контора.

[Molka]

думю, что может помочь более подробное описание ситуации, на какой именно стадии застрял процесс. Также интересно узнать, пробовали ли вы загрузить те же данные на gedmatch и что получилось. Но одно известно: из Израиля Myheritage не принимает ДНК, так что менять страну на Израиль или физически находится в Израиле не следует.

на gedmatch не пробовала

[Molka]

Также интересно узнать, пробовали ли вы загрузить те же данные на gedmatch и что получилось. Но одно известно: из Израиля Myheritage не принимает ДНК, так что менять страну на Израиль или физически находится в Израиле не следует.
[/quote] загрузила на gedmatch успешно. один человек уже написал. На Myheritage я поменяла в настройках страну пребывания на Германию и наконец-то все успешно загрузилось!!!!!!

[Alexey_VB]

На Myheritage я поменяла в настройках страну пребывания на Германию и наконец-то все успешно загрузилось!!!!!!

По прошествии более 4х месяцев с момента тестов на MyHeritage или FTDNA загрузка с одного на другой портал блокируется. Если правильно помню, то у Вас тест сделан на MyHeritage в конце прошлого года, верно? Неужели Вам удалось загрузиться на FTDNA?

P.S. Также можете создать эккаунты и загрузить файлы на www.Geni.com и https://livingdna.com

[Molka]

На Myheritage я поменяла в настройках страну пребывания на Германию и наконец-то все успешно загрузилось!!!!!!

По прошествии более 4х месяцев с момента тестов на MyHeritage или FTDNA загрузка с одного на другой портал блокируется. Если правильно помню, то у Вас тест сделан на MyHeritage в конце прошлого года, верно? Неужели Вам удалось загрузиться на FTDNA?

P.S. Также можете создать эккаунты и загрузить файлы на www.Geni.com и https://livingdna.com

наоборот FTDNA на MyHeritage вчера

[Katja]

Скажите, пожалуйста, кто-то имеет опыт с https://mytrueancestry.com/en ?

[MCB]

Скажите, пожалуйста, кто-то имеет опыт с https://mytrueancestry.com/en ?

только в плане получения навязчивой рекламы. А зачем эта сомнительная лавочка вам? Судя по рекламе, для генеалогов она яйца выеденного не стоит (кому из нас какая польза от рассказов о происхождении предков тысячелятия назад, тем более что никакой точности в этих рассказах нет)

[Alexey_VB]

Скажите, пожалуйста, кто-то имеет опыт с https://mytrueancestry.com/en ?

Хотя не был на mytrueancestry.com с прошлого года, но иммею определенный опыт и даже подписку Knight - поддался года назад на уговоры одного маньяка. Оказывается есть любители ("некрофилы" ) поисков отдаленных совпаденцев именно среди покойников.

[Simona]

ФТДНА обновили MyOrigins, довольно большие изменения, особенно для неашкеназов.

[kirkirsby]

Привет всем,

какой тест посоветуете? MyHeritage это израильская компания.

заранее благодарен

[MCB]

если хромосома разбита для анализа на участки по 100 маркеров, и в каком-то месте почти все участки описываются как восточно-еврепоейские (ВЕ), но посредине торчит, как заусеница, ближневосточный (БВ) блок:
ВЕ-ВЕ-ВЕ-БВ-ВЕ-ВЕ-ВЕ
то они постараются такую неровность "сгладить". Если ближневосточный (БВ) блок определился не очень надежно, и со сравнимой вероятностью может быть и европейским (а информации от ста маркеров может быть совершенно недостаточно, чтобы уверенно отличить грека от турка или итальянца от друза), то "сглаживатель" запишет этот блок тоже как европейский.
Дажe если блок-заусеница уверенно определяется как ближневосточный, "сглаживатель" не остановится и попробует перефазировать эти 100 маркеров (ведь фазировка на "мамину" и "папину" хромосому - процесс тоже статистический, а не точный, и в первом приближении алгоритм принимает наиболее вероятную фазировку на веру, даже если есть и другие вероятные фазировки). Если "сглаживатель" обнаружит, что эти 100 маркеров можно сфазировать и другим способом с разумной вероятностью, и при этом "негладкость" исчезает, то опять-таки "негладкий блок" перекрасится и шероховатость исчезнет.

23andMe обновил свой алгоритм определения локального этнического происхождения участков хромосом, и описал общие технические особенности подхода, референтные наборы, и результаты в плане точности, в новой "белой статье" ( https://research.23andme.com/wp-content ... script.pdf )

Главные отличия от ранее описанного алгоритма касаются как раз "сглаживателя". В первую очередь его способности оценить, действительно ли происхождение хромосомы изменилось при переходе от участка к участку, или это была случайная ошибка, которую следует загладить, как в процитированном примере.

Раньше для оценки возможной вероятности перехода с одного происхождения на другое они использовали постоянную величину "тета". Но для разных людей ситуация в этом плане разная. Все зависит от того, насколько давно у конкретного человека были предки разных национальных происхожденой, и насколько пестрая от этого получилась чересполосица в ДНК. Это особенно сильно проявляется у латиноамериканцев, у которых столетия назад смешалась "кровь" африканских, индейских и европейских предков. В настоящее время 23andme использует блоки по 300 маркеров, а не по 100 (первичная обработка таких массивов сложнее, но мощность компьютерного процесса не стояла на месте все эти годы!). Такой размер блока примерно соответствует его наследованию от предка, жившего пару тысяч лет назад. Предки латиноамериканцев смешались примерно 200-400 лет назад, так что буквально после каждого 10-го - 20-го блока можно ожидать, что этническое происхождение хромосомы может перемениться! В сравнении с этим, у этнически гомогенных народов, не смешивавшихся особенно ни с кем в течении тысячелетий, в их хромосомах даже и сто блоков спустя может ничего не перемениться.

Соответственно и сглаживать "странные" блоки надо по-разному с учетом этих разных вероятностей. Допустим, в латиноамериканской ДНК они видят блоки, первоначально определившиеся как
ИСП-ИСП-ИСП-??-ИСП-ЮЕ-ЮЕ-АФР-АФР-АФР
(испанские, вообще не определившийся блок, "южноевропейский" (может, испанский, а может и нет), а за ними африканские).

Раньше бы они махнули рукой на неопределившиеся и полуопределившиеся блоки, поскольку тут и так уже наблюдается перескок с Европы на Африку. Но теперь, учитывая повышенную частоту перемен этническго происхождения от блока к блоку, они попробуют расставить все по местам. В результате у латиноамериканцев теперь гораздо меньше неопределившихся и "полуопределившихся" категорий ДНК, а больше испанских и индейских.

Меньшие по масштабу, но тоже существенные улучшения произошли и в других регинах, где на протяжении столетий смешивались разнородные этнические группы - в Южной Азии, на Ближнем Востоке, в Северной Африке (теперь там лучше определяются индо-пакистанские, иранские, месопотамские компоненты).

С другой стороны, в ситуациях, когда сегменты от разных предков слишком схожи, алгоритм теперь лажает даже больше, чем раньше, из-за "чрезмерного заглаживания различий". Так, у тех европейцев, предки которых были из разных регионов, "немецкие" сегменты, вкрапленные между "британо-ирландскими", могут загладиться до неузнаваемости. Специфически в отношении к ашкеназам (которые на уровне блоков в 300-400 маркеров и так представляют собой черезполосицу из средиземноморских и славянских блоков, которая всегда требовала интенсивного заглаживания), теперь, если у вас несколько поколений назад были предки-славяне, то часть их ДНК может теперь загладиться до полной неузнаваемости, а процент Ашкеназской ДНК - соответственно немного вырасти.

[german1977]

В 23andme постоянно меняется алгоритм!
И даже по проверкам которые были проведены пару лет назад, результат апдейтится.
Не всегда в лучшую сторону

[Serge2020]

Добрый день!

Имею на входе следующую информацию:
1. Тест 23andme показал 0.5 % Ашкенази в моей ДНК. При этом 56 % всех моих найденных совпадений являются совпадениями с людьми, имеющими еврейское происхождение. Запустив расчеты я выяснил, что на 3 хромосоме имеется участок, по которому количество совпадений резко возрастает, достигая на пике значения в 459 совпадающих (строил гистограмму с шагом 500 000 points). Максимальный по длине совпадающий отрезок – 21 сМ. (4030 снипов) с человеком, имеющим 99.5 % ашкеназское происхождение. 142 человека (полностью или частично ашкеназского происхождения) имеют со мной на этом отрезке совпадающие участки с количеством снипов более 3000, а общая длина частично перекрывающих друг друга совпадений составляет примерно 40 сМ. Этот участок моей ДНК помечен сайтом как ашкеназский.
Далее я проанализировал наличие совпадений с людьми из данной группы по другим хромосомам и обнаружил 3 отрезка примерно по 7сМ на 8, 19 и 21 хромосомах (в расчет брались только случаи отсутствия совпадений по другим этническим составляющим, кроме еврейской).
Таким образом, из моих расчетов получилось примерно 60 сМ совокупной длины совпадений с ДНК ашкеназов.
2. Семейное предание сообщает, что одна из моих прабабушек происходила из семьи польских евреев, высланных в Иркутск царским правительством по политическим мотивам. Из исторических источников мне известно, что такая высылка действительно имела место и во второй половине 19 в. в Иркутске была довольно значительная еврейская община.
3. Между тем, сделать вывод о точности семейной истории на основе информации из ДНК теста мне довольно сложно. Могу только исключить (и, видимо, с высокой вероятностью), что моя прабабушка была на 100 % еврейского происхождения, но возможно также, что найденные совпадения, в силу их относительной незначительности, не могут однозначно подтвердить наличие у меня еврейских корней ранее 5-6 колена.
4. Было бы интересно услышать компетентное мнение, чтобы разрешить для себя данный вопрос.

Заранее спасибо.