ДНК тесты и генеалогия

Сообщение

avramenko · #1581 **avramenko** » 30 сен 2009, 00:14

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017) (+2024)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

Alexey_VB · #1582 **Alexey_VB** » 22 дек 2020, 19:38

Если интересует подарок на Новый Год, то в Москве остался невостребованным один набор MyHeritage - за $50.
я не в Москве, выслать в другой город не смогу, набор у сына, пишите в личку пож-та.

plus · #1583 **plus** » 29 янв 2021, 19:27

Не понятно с разбивками на этнос, тест MyHeritage, в этносе ашкенази - 0%, но среди 4500 совпаденцев более 1500 в этносе имеют ашкенази ....тот же тест загруженный на dna.land ашкенази - 9,9% ... кому их них верить и почему такая большая разница???

#1584 **MCB** » 29 янв 2021, 19:44

plus писал(а): ↑
29 янв 2021, 19:27
Не понятно с разбивками на этнос, тест MyHeritage, в этносе ашкенази - 0%, но среди 4500 совпаденцев более 1500 в этносе имеют ашкенази ....тот же тест загруженный на dna.land ашкенази - 9,9% ... кому их них верить и почему такая большая разница???

Процент-то небольшой может быть, судя по совпаденцам (обычно на МХ у ашкеназов около 20 тысяч совпаденцев, поэтому, если у вас действительно полторы тысячи, то может оказаться процентов 7 плюс минус сколько-то по такой грубой оценке). Или может оказаться ДНк родственных народов, возможно, горских евреев и т.п. Но в оценках этносостава у МХ шум большой, часто выше 10%, особенно если предков были в определенной мере генетически схожие народы (а кто у вас там еще?).
23andMe & Ancestry используют другие алгоритмы и у них точность больше.

plus · #1585 **plus** » 29 янв 2021, 21:05

MOCKBA писал(а): ↑
29 янв 2021, 19:44

plus писал(а): ↑
29 янв 2021, 19:27
Не понятно с разбивками на этнос, тест MyHeritage, в этносе ашкенази - 0%, но среди 4500 совпаденцев более 1500 в этносе имеют ашкенази ....тот же тест загруженный на dna.land ашкенази - 9,9% ... кому их них верить и почему такая большая разница???
Процент-то небольшой может быть, судя по совпаденцам (обычно на МХ у ашкеназов около 20 тысяч совпаденцев, поэтому, если у вас действительно полторы тысячи, то может оказаться процентов 7 плюс минус сколько-то по такой грубой оценке). Или может оказаться ДНк родственных народов, возможно, горских евреев и т.п. Но в оценках этносостава у МХ шум большой, часто выше 10%, особенно если предков были в определенной мере генетически схожие народы (а кто у вас там еще?).
23andMe & Ancestry используют другие алгоритмы и у них точность больше.

На МН этнос выглядит так - Балтия, Восточная Европа, Балканы, Финляндия, Ц. Азия ....

#1586 **MCB** » 29 янв 2021, 21:19

plus писал(а): ↑
29 янв 2021, 21:05
На МН этнос выглядит так - Балтия, Восточная Европа, Балканы, Финляндия, Ц. Азия ....

Если нет ни Ближнего Востока, ни Италии, ни Испании, то вероятность того, что там действительно наберется 6 или 7 процентов ашкеназской ДНК, несколько понижается. Но мы говорим об ОЧЕНЬ неточных методах в сравнении с малым предполагаемым процентом. В вашем случае распределение совпаденцев намекает на одно, а результат от МХ на другое, поэтому исключить такой небольшой процент не представляется возможным. Лучше в таком случае тестировать предков или родственников старших поколений (у кого процент может оказаться выше) или пользоваться лабораториями с лучшей точностью алгоритмов.

migrev · #1587 **migrev** » 30 янв 2021, 03:10

На MyHeritage у моей жены с ее отцом совпадение почти 50% (т.е. родной отец). У нее более 15К совпаденцев, у тестя - более 19К.
У тестя есть совпаденец, где 8 сегментов совпадают больше 8cM, в общей сложности 203.4 cM. Самые большие - 63.7, 41.3, 21.7, 21.5. Но этого человека вообще нет в списке у жены. Если было бы наооборот, то понятно что совпадение через мать, но что может быть в этом случае?
Но вот как выглядят "обзоре хромосом" все трое.

#1588 **MCB** » 30 янв 2021, 04:13

migrev писал(а): ↑
30 янв 2021, 03:10
У тестя есть совпаденец, где 8 сегментов совпадают больше 8cM, в общей сложности 203.4 cM. Самые большие - 63.7, 41.3, 21.7, 21.5. Но этого человека вообще нет в списке у жены. Если было бы наооборот, то понятно что совпадение через мать, но что может быть в этом случае?

Это, скорее всего, означает, что от отца к дочери в основном в силу случая передалась ДНК не с той из двух копий хромосом 1, 11 и т.п., которые у него совпадали с этим совпаденцем, а со второй копии, на которой совпадений не было. Но может также в какой-то мере означать, что качество данных у отца было слабое и совпадение в какой-то мере искуственно усилилось из-за пропущенных данных (а когда какие-то маркеры пропущены, то МХ может считать их "возможно совпадающими"). Это можно попробовать прояснить по сырым данным, но это маловероятно, чтобы плохое качество генотипа породило более чем один ложно-совпадающий сегмент.

Белка_к · #1589 **Белка_к** » 30 янв 2021, 05:04

migrev писал(а): ↑
30 янв 2021, 03:10
трое.

А где видно, что это обзор/схема на троих?! Почему-то привыкла, что при сравнении DNAs между людьми одна хромосома накладывалась (хотя бы частично на другую? И хромосомы были разных цветов. Или я что-то путаю?

MOCKBA писал(а): ↑
30 янв 2021, 04:13
скорее всего

А как вы относитесь к Triangulation, то есть по вашему мнению, это удобный tool? И чем Triangulation сходен/отличается от выше указанного обзора? Я вроде, да вижу, что Triangulation существует Не у всех - это вопрос не на данный случай. Всем спасибо!

migrev · #1590 **migrev** » 30 янв 2021, 06:32

Белка_к писал(а): ↑
30 янв 2021, 05:04
А где видно, что это обзор/схема на троих?! Почему-то привыкла, что при сравнении DNAs между людьми одна хромосома накладывалась (хотя бы частично на другую? И хромосомы были разных цветов. Или я что-то путаю?

Это именно triangulation на MyHeritage, пишется сверху. Оранжевый цвет это совпдение людей 1 и 2, красный - 1 и 3.

#1591 **MCB** » 30 янв 2021, 07:25

migrev писал(а): ↑
30 янв 2021, 06:32
именно

да, тут тоже видно, что одна копия хромосомы общая с дочерью, другая с неизвестным, между собой эти два совпадения ничего общего не имеют.

Говорят, что триангуляция помогает найти настоящие совпадения, если у вас протестировано много родственников. Но это мало у кого есть

Белка_к · #1592 **Белка_к** » 31 янв 2021, 00:43

migrev писал(а): ↑
30 янв 2021, 06:32
именно

Мои извинения, я не увеличила вашу схему на iPad и увидела только один цвет! Сейчас всё яснее. Спасибо!

#1593 **MCB** » 03 фев 2021, 21:41

MOCKBA писал(а): ↑
22 янв 2020, 19:58

Nataliiadem писал(а): ↑
22 янв 2020, 19:53
лаборатория Генотек (Москва)
не годится. Чип не совместим с международными базами. И к тому же безумно дорого. Но за этим вопросом вам, наверное, лучше в специализированную тему

Генотек продвинулся в нужном направлении. Они набрали референтную панель ашкеназов и могут теперь определять ашкеназов в рамках этнического состава, хотя алгоритм и точность определения небольших процентов не ясны. За небольшую доплату они теперь находят и совпаденцев по ДНК. Плюс в этом в том, что их участники из России. Минус тоже понятный, база очень маленькая, общее количество совпаденцев на типичного ашкеназа на настоящий момент около 200, то есть, если алгоритмы схожи с фтДНК, то база в 100 с лишним раз меньше. Но тому, что они находят по этносоставу и родству, можно верить примерно в той же мере, что и у гигантов типа фтДНК / МХ, а это для отечественной геномной индустрии - гогантский шаг вперед.

Marijya · #1594 **Marijya** » 05 фев 2021, 12:02

Интересные статьи о генетической генеалогии известных раввинских семей.

https://avotaynuonline.com/2016/11/chal ... -lineages/

https://independent.academia.edu/JeffreyMarkPaull
Исследование Тверских

Marijya · #1595 **Marijya** » 05 фев 2021, 16:42

https://www.academia.edu/26048275/The_Y ... ic_Dynasty

ERadsky · #1596 **ERadsky** » 21 мар 2021, 18:53

Здравствуйте. Если уже обсуждалось, простите, не нашла. 23andme сами нарисовали мне дерево при том, что у меня там нет ни единого 'настоящего' родственника (никого не смогла уговорить). В дереве кроме меня всего 2 совпаденца, Фрэн 2.2% и Уильям 2% совпадения, с обоими есть большие сегменты. Интересно то, что 23andme считает, что они троюродные как между собой, так и с одним из моих родителей. Что касается Фрэн, то совпадает фамилия её деда по матери и моего прадеда по отцу матери ( довольно редкая) а также местечко (Ворошиловка). Сейчас пытаемся 100% доказать, но, это родство, в принципе, именно в такой степени, очень вероятно. Вопрос по Уильяму, насколько 23andme можно верить в этом отношении? С ним нет никаких зацепок по фамилиям/местности. Если 23andme правы, то это прорыв, вероятно, у деда Фрэн и моего прадеда была сестра.

#1597 **MCB** » 21 мар 2021, 19:07

ERadsky писал(а): ↑
21 мар 2021, 18:53
насколько 23andme можно верить в этом отношении

ERadsky писал(а): ↑
21 мар 2021, 18:53
насколько 23andme можно верить в этом отношении?

с двумя процентами? Может быть родство, а может и нет. Зависит от длин сегментов, и, конечно, от совпадений в географии и фамилиях. Выше 3% уже заметно надежнее. Тестируйте, если можете, старшие поколения в своей семье, чтобы улучшить уверенность. Перегружайте результаты на все другие сайты для полноты картины.
Когда "точно родство", то конкретная степень родства также может отличаться. По диаграмме ISOGG может быть родство на пару степеней дальше с двумя процентами, но распределение длин сегментов также важно. Если у предков были близкородственные браки, то родство может оказаться даже дальше.

ERadsky · #1598 **ERadsky** » 21 мар 2021, 19:55

У меня с Фрэн большие сегменты 52.24 и 26.42, остальные меньше. Всего 164 см общих.
У меня с Уильямом большие сегменты 44.42, 30.85, 32.27, остальные меньше. Всего 150 см общих.
У Фрэн и Уильяма большие сегменты 24.87, 24.47, остальные меньше. Но у них всего 77см общих.

#1599 **MCB** » 21 мар 2021, 20:10

ERadsky писал(а): ↑
21 мар 2021, 19:55
У меня с Уильямом большие сегменты 44.42, 30.85, 32.27, остальные меньше. Всего 150 см общих.

Да, похоже, что не исключено 3-4-юродное родство. По крайней мере достаточно интересно, чтобы приложить усилия к изучению возможных пересечений деревьев.

german1977 · #1600 **german1977** » 21 мар 2021, 20:25

Уважаемый Москва, а как интерпретировать совпадения теста 23andme со следующими результатами 2.35% 175 см и 2.4% 170 см?
Можно ли узнать по какой линии совпадения, женской или мужской, я честно скажу что смотрю на ДНК совпадения как на поговорку «все евреи братья»

#1601 **MCB** » 21 мар 2021, 20:44

german1977 писал(а): ↑
21 мар 2021, 20:25
Можно ли узнать по какой линии совпадения, женской или мужской

Можно, но, как правило, не из одного теста, а сделав анализ других близких родственников по отцовской или материнской линии (лучше всего - родителей). Часто оказывается, что часть совпадений по отцовской линии, другая - по материнской, и, значит, если и есть какое-то родство, то оно гораздо дальше. Типа совпаденец для вас выглядит как троюродный, но для ваших родителей - на вид четвероюродный, так что на самом деле вам не ближе, чем 5-ти.

Конечно, все ашкеназы родня. Но на 2-х-процентном уровне все равно очень мало кто с вами совпадает. Просто сотни тысяч, а теперь, наверное, даже миллионы людей протестировались, вот в этой огромной группе кто-то находится. Вот если смотреть в меньшую группу - только тех, у кого с вами совпадают относительно редкие фамилии или небольшие местечки - то тогда совпадения начинают рассказывать настоящую историю, поскольку из горстки протестированных людей в таких небольших группах практически невозможно получить 2% совпадения просто волей случая.