ДНК тесты и генеалогия

[avramenko]

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017) (+2024)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

[MRK]

...хочу сдать ДНК на еврейство...

...ftdna, если шлют сейчас в Россию

В ФБ люди жалуются, что уже готовые образцы лежат на почте и не отправляются из-за отсутствия прямого авиасообщения...
Так что, боюсь, выбор сузился до российских компаний. Они худо-бедно определят этнические составляющие (что в принципе и требуется), а вот возможных совпаденцев будет кот наплакал. Но "за неимением гербовой пишем на обычной"...

[Simona]

Они худо-бедно определят этнические составляющие

я бы переждала бы, тем более что этот анализ не достигнет главной цели по получению гражданства. А прабабушкина возможная еврейскость может и не проявиться и быть и статистическим мусором процентов на 3-5.

[hikigaeru]

Так что, боюсь, выбор сузился до российских компаний. Они худо-бедно определят этнические составляющие (что в принципе и требуется), а вот возможных совпаденцев будет кот наплакал.

Я как раз по причине возможных почтовых затруднений и нежелания с этим связываться делала тест в рф компании. Совпаденцев нашлось 225. Не так уж и мало. Потом я скачала у них же исходный файл за доп. плату и загрузила его везде - гедматч, ftDNA, myheritage, living DNA. Все работает, совпаденцев более 9 тысяч в итоге. Я нашла родственников по абсолютно неразработанный ранее линиям.

[hikigaeru]

Добрый день, подскажите пожалуйста, у совпаденца длина 68сМ общая и наибольший 38 См - предполагаю, что его бабушка была тетей моего прадеда. Еврейская линия.
Соответствует ли длина нашего совпадения такой степени родства, или общий предок глубже?

[OfK]

я бы переждала бы

Наверно Вы правы....

делала тест в рф компании

Если не секрет, в какой?

[Simona]

Так что, боюсь, выбор сузился до российских компаний. Они худо-бедно определят этнические составляющие (что в принципе и требуется), а вот возможных совпаденцев будет кот наплакал.

Я как раз по причине возможных почтовых затруднений и нежелания с этим связываться делала тест в рф компании. Совпаденцев нашлось 225. Не так уж и мало. Потом я скачала у них же исходный файл за доп. плату и загрузила его везде - гедматч, ftDNA, myheritage, living DNA. Все работает, совпаденцев более 9 тысяч в итоге. Я нашла родственников по абсолютно неразработанный ранее линиям.

но тут же речь была об определении принадлежности прабабушки, я бы на рф компании в этом не полагалась бы, у меня к ним недоверие (вот это "худо-бедно" из цитаты выше)
Опять же не факт, что в будущем в России будет интернет, даже через впн.

[hikigaeru]

Если не секрет, в какой?

В Генотеке

[MCB]

Если не секрет, в какой?

В Генотеке

А у них много СНИПов на игрек, вы не в курсе? В сырых данных можно просто посчитать число рядов в таблице, или бросить в калькулятор Morley...

[hikigaeru]

А у них много СНИПов на игрек, вы не в курсе? В сырых данных можно просто посчитать число рядов в таблице, или бросить в калькулятор Morley...

Честно говоря, не знаю - я совсем новичок в генетической генеалогии, первый раз всем этим занимаюсь. У них вроде нет отдельного теста для мужчин по Y хромосоме, только один для всех, как я поняла, он называется аутосомный.

[aleks6000]

В Генотеке

А у них много СНИПов на игрек, вы не в курсе? В сырых данных можно просто посчитать число рядов в таблице, или бросить в калькулятор Morley...

https://forum.molgen.org/index.php/topic,10713.0.html

"каких-то специальных исследований по Y-хромосоме они не проводят. Из ответа представителя компании на моё письмо: "мы не анализируем STR-маркеры, мы расшифровываем и анализируем на Y-хромосоме около 1 500 SNP-маркеров. Мы определяем по Y-хромосоме гаплгоруппу и ближайший субклад. Мы не анализируем глубоко субклады гаплгорупп."

[MCB]

SNP

отлично, то, что надо!

[aleks6000]

По моему личному опыту скажу что Генотек смотрит по Y не очень глубоко, если потом это скормить в предиктор Морли то получается не лучше.
У меня Генотек определил Q-L245 (Q1b1a1), предиктор нашел его же, дальше не увидел. А вот по 111 STR от FTDNA предиктор уже хорошо выдает - Q L275>> L245> Y2209 (possibly Y2197(532=12)) 100%

[MCB]

По моему личному опыту скажу что Генотек смотрит по Y не очень глубоко, если потом это скормить в предиктор Морли то получается не лучше.
У меня Генотек определил Q-L245 (Q1b1a1), предиктор нашел его же, дальше не увидел. А вот по 111 STR от FTDNA предиктор уже хорошо выдает - Q L275>> L245> Y2209 (possibly Y2197(532=12)) 100%

У меня надо подтвердить родство двух предполагаемых ветвей семьи, разделившихся 200 лет назад. Слишком высокого разрешения может и не понадобиться, но люди, для которых я уже купил наборы 23эндМи - в РФ и боятся посылать образцы со всем нынешним дерьмоштормом насчет биоматериалов

[aleks6000]

Если 200 лет, то можно в Генотеке потом скачать аутосомный файл и залить его на ftdna, там сделать family finder. Или на myheritage, или на Gedmatch. В 23andme не получится.

То есть, какой-то общий Y DNA будет (если будет) , а аутосомы покажут остальное.

[Pimenov]

Здравствуйте!


Загрузил папин тест на анцестри (P), там еще с 2018 года его 4-юродный брат (A). Оба половинки и совпадение скорее небольшое 92/32.
И там же 4-юродная сестра (N), она четвертинка, и троюродная сестра A т.е. идеальный тест для того чтобы отделить совпаденцев A по дедушке и по бабушке Призент (кузине папиной бабушки Презент).
Правда с ней совпадение совсем странное:
P and N
Shared DNA: 22 cM across 2 segments
Unweighted shared DNA: 53 cM
Longest segment: 47 cM

C N общих совпадений у папы нет вообще (!), кроме A.
C A есть несколько уверенных общих совпадений --- MTr (половинка) и ее юный сын TTr (четвертинка) (но MTr усыновлена и хотя знает имя своего отца-еврея 1914-2003, но никаких подробностей, чтобы двигаться наверх)
А также (скорее всего брат и сестра) PС и DС лет 60 и еще девушка 1978 года рождения JL.
У всех у них нулевые совпадения с N!
Означает ли это, что заведомо совпадение не может идти по Презентам?
Но могут ли общие совпаденцы быть случайными по боковым линиям --- цифры уверенно показывают, что A на одно поколение ближе к общим совпаденцам (3.5 vs 4.5), чем P, за исключением JL где примерно одинаковое
4.5 юродное родство.

P and MTr (50%)
Shared DNA: 67 cM across 3 segments
Unweighted shared DNA: 83 cM
Longest segment: 38 cM


P and TTr
Shared DNA: 55 cM across 2 segments
Unweighted shared DNA: 74 cM
Longest segment: 39 cM

P and PC
Shared DNA: 49 cM across 5 segments
Unweighted shared DNA: 74 cM
Longest segment: 23 cM

P and DC
Shared DNA: 42 cM across 6 segments
Unweighted shared DNA: 75 cM
Longest segment: 18 cM

P and JL
Shared DNA: 30 cM across 6 segments
Unweighted shared DNA: 63 cM
Longest segment: 17 cM

----------------------------
A and N
Shared DNA: 180 cM across 9 segments
Longest segment: 37 cM

A and MTr (50%)
Shared DNA: 178 cM across 8 segments
Longest segment: 45 cM

A and TTr (son of MTr)
Shared DNA: 108 cM across 5 segments
Longest segment: 34 cM

A and PC
Shared DNA: 146 cM across 9 segments
Longest segment: 33 cM

A and DC
Shared DNA: 115 cM across 6 segments
Longest segment: 34 cM


A and JL
Shared DNA: 23 cM across 5 segments
Unweighted shared DNA: 74 cM
Longest segment: 29 cM
------------------------------------------------------------------

Известный контекст следующий.

Общий предок Ицка Призент был забран в рекруты в 1852 из Дубровны и вышел в отставку в Духовщине.
Его внучка (бабушка А) вышла замуж внука духовщинского купца Янкеля Израилевича Тумаркина, который проживал в Духовщинском уезде с 1870, а то и ранее.
Все потомки родителей дедушки А, как и девичья фамилия матери дедушки известны, странно правда, что никто из них не сдал ДНК-тест (или не выложил на gedmatch).

Сын Ицки, который дед моей бабушки женился в Торопец на дочери другого Николаевского соладта Безпрозванного и там родили бабушкину маму (так что эндогамию по этой линии можно отвергнуть), про жену Лейзера Безпрозванного ничего не известно, даже имени. Можно с натяжкой гадать, что она родня дедушке А, мне такое кажется маловероятным, брак скорее между детьми сослуживцев, чем родственников.
Более того, цифры P с А вроде бы уверенно показывают, что никакого родства, кроме как по линии Презентов не стоит предполагать.

Означает ли весь этот набор данных, что бабушкин отец Тилевич должен быть родней Тумаркиным?
Про Тилевичей известно мало, так как прапрадед жил по чужому паспорту, но жену он вроде бы раздобыл в Мстиславле, другие места --- Стодолище (Рославльского уезда), Петровичи и Белев тульской губернии.
Все потомки прапрадеда известны, но внуков у него уже не осталось.

В Духовщину неведомым образом женился в 1917 или 1916 брат прадеда --- на общей кузине папиной бабушки и бабушки А.

При этом все равно остается вопрос, каким образом гипотетическое неотслеженное родство могло не дать прибавки к 92/32.

----------------------------------------------------
Заодно вопрос про алгоритм ancestry --- когда он при взвешивании понижает вес сегментов?

[хая шулькина]

Ура!!! только что 23andme открыла новую функцию "ralative finder". Система мне сразу обнаружила 3 четвероюродных братьев и целую кучу пятиюродных, не говоря уже о других n-юродных. Ума не приложу откуда у меня их столько и тем более в Америке. Послал им приглашение дружить и жду ответа.

а

Читаю с улыбкой....3 года назад,когда пришел результат моего теста на Ancestry,я тоже начала писать письма :Дорогой четвероюродный кузен!
И тут облом-нет общих фамилий,не было у меня хорошего дерева,все,что знала-4 фамилии бабушек и дедушек,их года рождений и места рождений...Это сегодня я понимаю.
Спасибо тем людям,которым я писала,они с пониманием отнеслись к моему незнанию,кто-то ответил,кто-то нет...

[Tatio]

Pimenov, если есть большие куски >20 сМ то родство почти наверняка есть , чем больше кусок - чем больше шанс что это еще относительно недавно. Но: большие куски могут и передаваться из поколения в поколение ( у меня и папы с абсолютно одинаковый кусок в 73 сМ), а у папиной сестры этого куска нет.
Поэтому больших результатов ДНКа без генеалогии не приносит - просто иногда позволяет более целенаправлено работать над деревом при наличии триангуляций.

[Pimenov]

У MyHeritage есть баги в алгоритме, иногда вызывающие ошибочное удлинение сегментов вблизи "заштрихованных участков" хромосом, особенно в начале 15-й и 16-й хромосом.

Верно ли я понимаю, что вот эта картинка из хромосомного браузера --- проявление много раз обсуждавшегося (см. лист 56-57 этой темы) бага Mу Heritage в обработке загруженных данных:

15 Chromosome.JPG

---------------------------------------------------------------------------

Barry Levitt --- очень интерсный совпаденец.
Gedmatch показывает совпадение 55/38 (но 38, похоже, ошибка --- про это тоже вопрос чуть ниже).

Ancestry показывает совпадение:
P and BL.
Shared DNA: 34 cM across 5 segments
Unweighted shared DNA: 71 cM
Longest segment: 39 cM

Я так понимаю, что Timber попросту выкидывает этот длинный сегмент.
Хромосомный браузер Gedmatch говорит, кажется, что этот длинный сегмент по ошибке склеен из двух маленьких:
A058375 *balcpa WA4391944 Igor Pimenov 15 22770994 30371774 20.3
A058375 *balcpa WA4391944 Igor Pimenov 15 30958935 39159349 17.9

А интересен balcpa -Barry Levitt по двум причинам.
Во-первых, David Casler (DC --- про него тремя сообщениями выше), у которого есть небольшое совпадение 60.4/15.9 c папой (но по нашим меркам приличной --- 14 по счету на gedmatch) имеет хорошее совпадение
с папиным 4-юродным братом 120/34 и просто отличное с Barry Levitt 205/43

Во-вторых, Барри написал про свое происхождение от Тумаркиных и Эйдиновых из Дубровно:
http://mishpoha.org/pochta-mishpokhi/11 ... z-dubrovno
Из Дубровно был забран в реркуты в 1852 году общий прадед папы и 4-юродного брата.
При этом одна из его внучек вышла после 1917 году за своего знакомца по Духовщинскому уезду, внука купца Янкеля Лейзеровича Тумаркина (1835-ок.1915), происхождение которого мы безуспешно пытаемся давно выяснить.
Это как раз дедушка с бабушкой папиного 4-юродного брата.



А еще, если я правильно понимаю, имеется триангуляция (пусть и небольшая) у папы с David Casler и Barry Levitt:

A498833 David Casler A058375 *balcpa 20 2656328 5715193 8.9
A498833 David Casler WA4391944 Igor Pimenov 20 1913481 7061642 14.7
WA4391944 Igor Pimenov A058375 *balcpa 20 2635212 5855847 9.6

-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
При всем том, надежда на Дубровно, наверное напрасна:
с мамой Барри 1927 г.р., у которой как раз отец из Дубровно --- Эйдинов сын Тумаркиной,
MyHeritage показывает два сегмента 9сМ+19сМ притом 19сМ как раз в начале пресловутой 6-й хромосомы,
в то время как Gedmatch говорит, что совпадения у матери Барри нет вообще --- ни с Давидом Каслером, ни с папой и его 4-юродным братом.

При сравнении Барри с папиным четвероюродным братом Gedmatch говорит, что совпадения 39/17, Ancestry что совпадение есть (неизвестной мне пока величины),
а MyHeritage пишет совпадение в 70cM но без триангуляции (с папой и 4-юродным братом), остальные три из четырех триангуляциий в выборке их этих четырех китов присутствуют .

Т.е. Barry Levitt тут скорее используется как возможность как-то зацепиться за Дэвида Каслера, у которого нет хорошего дерева и информации о географии предков.

Триангуляция у Дэвида Каслера с папой и его 4-юродным братом есть на 5-й хромосоме,
притом больший кусочек, чем у них друг с другом:
LR4611310 Alexei Tumarkin A498833 David Casler 5 123740639 155875529 32.6
LR4611310 Alexei Tumarkin WA4391944 Igor Pimenov 5 123238611 134405161 9.8
WA4391944 Igor Pimenov A498833 David Casler 5 116125078 135216112 15.9

И, кажется, на 18-ой, тут я не уверен в циферках:
LR4611310 Alexei Tumarkin A498833 David Casler 18 1575274 4441785 10.3
LR4611310 Alexei Tumarkin WA4391944 Igor Pimenov 18 2278801 13456952 38.6
LR4611310 Alexei Tumarkin WA4391944 Igor Pimenov 18 48154373 58183931 12.5
WA4391944 Igor Pimenov A498833 David Casler 18 2089892 4204614 8.3


Кроме того, есть триангуляция у папиного 4-юродного брата с Дэвидом Каслером и Барри Левиттом:
A058375 *balcpa LR4611310 Alexei Tumarkin 3 25149547 41012473 17.0
A058375 *balcpa LR4611310 Alexei Tumarkin 3 169372156 177855591 12.5
A498833 David Casler A058375 *balcpa 3 28226208 41012473 13.3
A498833 David Casler LR4611310 Alexei Tumarkin 3 27911911 55797526 23.7

[Pimenov]

и просто отличное с Barry Levitt 205/43

Оказалось, что ничего удивительного, раз они троюродные братья.
Но FC --- это мать DC и она-то приходится Барри Левитту кузиной отца.

В силу имеющихся триангуляций то ли отец, то ли мать вот этой дамы:
https://www.geni.com/people/Fannie-Levi ... 7331611821
приходятся двоюродными родственниками кому-то из наших с Алекссем Тумаркиным предков --- или я неправильно трактую цифры?

Анекдотично, что сама дама овдовев, вышла за вдовца Гершла Либерзона, а ее младший брат в том 1940 году женился на дочери Гершла.
Может быть, между ними были какие-то неучтенные родственные, связи, michael_frm_jrslm?

[mashax]

Родственник, застрявший в РФ, хочет сделать тест в Генотеке, но только если его можно будет загрузить в западные базы данных. Из предыдущих сообщений я поняла, что еще 2 года назад это было возможно, но я посмотрела инструкции на сайтах FTDNA и MyHeritage, и у меня закралось сомнение: там упоминаются только Ancestry и 23andMe. Кто-нибудь недавно это делал?