ДНК тесты и генеалогия

[avramenko]

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017) (+2024)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

[napobo3]

Тестируйте аутосомы родственников со стороны прабабушки, чем старше - тем лучше.
Если у прабабушки есть потомок по чисто женской линии - протестируйте его/ее митохондриальную ДНК. Например - сын или дочь дочери ее дочери.
А если Вам еще больше повезло и у прабабушки был брат, а у него есть потомок по чисто мужской линии - то тестируйте его Y хромосому.

[MCB]

Тест 23andme показал 0.5 % Ашкенази в моей ДНК

Разумный подход. Действительно, при очень низком проценте ДНК, идентфицируемой, как ашкеназская, "сегментология" может дать значительно большую уверенность, равно как и наличие большого числа евврейских совпадений. На базовом уровне это описано в сопутствующей ветке viewtopic.php?f=212&t=5851
С возможной принадлежностью прабабушки к ашкеназам тут, как вы уже написали, ответ однозначно отрицательный. Насколько достоверной может быть сама идентификация этих 4-х сегментов, как ашкеназских, я не берусь судить, поскольку генофонд ашкеназов более чем на четверть славянский, но сформирован лишь горсткой славянских геномов вразбивку по 3-5 сМ, поэтому единичные совпадения сразу с многими евреями по участкам более 10 сМ у отдельных славян в порядке вещей. Но не по многу сегментов разом.
Вдобавок к советам napobo3, могу добавить, что, если есть возможность протестировать ваших родителей, и если все интересующие вас сегменты окажутся унаследованными только от одного из родителей, то это резко усилит уверенность в достоверности сигнала (ведь случайные совпадения чаще всего наследуются по обоим линиям родителей вразбивку).

[Serge2020]

Протестировать родителей у меня в планах. Согласен, что это наиболее корректный способ проверить гипотезу. В любом случае это потребует некоторого времени. Между тем, загрузил свои данные на MyHeritage и запустил кластеризацию. Самый большой, однородный и совершенно отдельно стоящий кластер (примечательно, что совершенно без пересечений со славянскими) получился ашкеназский.

[Simona]

Протестировать родителей у меня в планах. Согласен, что это наиболее корректный способ проверить гипотезу. В любом случае это потребует некоторого времени. Между тем, загрузил свои данные на MyHeritage и запустил кластеризацию. Самый большой, однородный и совершенно отдельно стоящий кластер (примечательно, что совершенно без пересечений со славянскими) получился ашкеназский.

а не могли бы вы показать как выглядит однородный кластер? А то у меня много мелких кучек.

И, как выглядит пометка сегмента на 23эндми?

[Elena G.]

Протестировать родителей у меня в планах. Согласен, что это наиболее корректный способ проверить гипотезу. В любом случае это потребует некоторого времени. Между тем, загрузил свои данные на MyHeritage и запустил кластеризацию. Самый большой, однородный и совершенно отдельно стоящий кластер (примечательно, что совершенно без пересечений со славянскими) получился ашкеназский.

У меня тоже такой же кластер на пятой хромосоме, похоже, что совпаденцы все евреи, и это при том, что у меня прослежены генеалогии по всем линиям прямых предков как минимум до начала 19 века и все они не евреи. Я так понимаю, что это какой-то древний участок хромосомы. Прилагаю, как эта группа выглядит.

[MCB]

такой же кластер на пятой хромосоме, похоже, что совпаденцы все евреи

про подобные кластеры идет много споров относительно алгоритмов Ancestry ("Timber"), которые по возможности относят такие завалы к артифактам анализа и убирают из результатов. С одной стороны, "расчистка завалов" уменьшает вероятность того, что случайные совпадения будут названы родством. С другой стороны, если "завал" (pile-up) случился оттого, что какой-то сегмент ДНК был действительно унаследован от какой-то эндогамной группы, то совпадения с предками из той группы будут частично урезаны.

В случае славянско-ашкеназских совпадений, однако же, такие "завалы" могут быть даже не результатом того, что очень давно кто-то из предков окрестился из евреев, а объяснены тем, что в века до запретов на гиюр, первые евреи Польши и Литвы брали в жены местных. Не многих, но ДНК первопоселенцев разошлась по потомству.

[Tankevich]

Протестировать родителей у меня в планах. Согласен, что это наиболее корректный способ проверить гипотезу. В любом случае это потребует некоторого времени. Между тем, загрузил свои данные на MyHeritage и запустил кластеризацию. Самый большой, однородный и совершенно отдельно стоящий кластер (примечательно, что совершенно без пересечений со славянскими) получился ашкеназский.

Вот сдала я анализ. У меня 0% хоть какого-либо еврейского компонента. Зато балканы, анатолия, кавказ и бирма есть. Бирма очень уж анекдотична. Сибирь-2%. Балты и западные славяне после такого набора очень естественны. Единственное, что поняла-точно не русская)))
Мама-12% ашкеназский компонент. Вот как такое?
А это просто гены, то ли я не там щетками тёрла)))
Но мои балканы на FTDNA из 5% стали 29% на my heritage.
У меня есть совпаденцы 2-4 юродные на FTDNA и 1-4юродные на my heritage. Мы не нашли точек соприкосновения. У меня с ними даже компоненты могут быть разные, точнее даже не совпадать, но на хромосомном браузере и хромосом много, и несколько участков на 1 хромосоме совпадает.
И да, по документам нет евреев))) и меня в роддоме не подменили-мама на первом месте)))

[MCB]

Бирма

это Myheritage? У них оценки шумят, процентов на 10 туда сюда запросто. Может и у мамы 0% ашкеназов на самом деле, может и вас 5%. Совпаденцев много евреев на 1й странице?

[Simona]

Бирма

это Myheritage? У них оценки шумят, процентов на 10 туда сюда запросто. Может и у мамы 0% ашкеназов на самом деле, может и вас 5%. Совпаденцев много евреев на 1й странице?

в новой 3ей версии, они изменили районы так, что все кто нечистый ашкеназ (подняли всем %, убрали шумы), тот имеет причудливые наборы народов.
Во 2й версии не так шумело.

[Tankevich]

Бирма

это Myheritage? У них оценки шумят, процентов на 10 туда сюда запросто. Может и у мамы 0% ашкеназов на самом деле, может и вас 5%. Совпаденцев много евреев на 1й странице?

Бирма(и даже Бангладеш)- FTDNA 3ей версии. У мамы на FTDNA ашкеназы и во 2ой, и в 3ей версии. Маму на my heritage не загружала, потому что у меня мозг взорвался от такого разнообразия этносов. И я пока остыла к генеалогии, точнее ищу документы, потому что для меня важнее история семьи.
У мамы на первой странице есть по 50-70% с ашкеназским компонентом. У меня самый близкий 22%. Я с ним и лично познакомилась, и визуально у нас есть общие черты, вот только не поймём где наши предки пересекались))) у моего совпаденца вся семья поднимает архивы... Второй мой «родственник» иностранец, дерево проработано на много поколений, но там одни поляки и ни одной знакомой фамилии или имени. И у него есть тот самый компонент.
Я ответила на то сообщение, говоря о том, что к сожалению, даже зная компоненты, это слабо помогает без документальной базы, чтобы понять кто эти «родственники» и что у меня нет еврейских компонентов, а у мамы есть, а также о том, что все программы считают настолько различно, что наступает коллапс)))

[Serge2020]

а не могли бы вы показать как выглядит однородный кластер? А то у меня много мелких кучек.

И, как выглядит пометка сегмента на 23эндми?

Под однородностью я имел в виду не высокую плотность связей внутри кластера (по факту, насколько я понимаю, наличие или отсутствие связи между двумя участниками кластера определяется на основе плавающего граничного параметра, который определяется алгоритмом в ходе расчета), а наличие у всех его участников доминирующей ашкеназской составляющей. Если я правильно понял мэссидж разработчиков, каждый кластер может быть более или менее однозначно ассоциирован с одним из предков, а судя по публикациям в сети глубина анализа может достигать 7 поколений.
Что же касается идентификации сегментов хромосом в 23andme, то в интерфейсе сайта, в разделе визуализации этнической композиции есть возможность увидеть какие сегменты ДНК система ассоциировала с той или иной этнической составляющей. И хотя начало и конец каждого сегмента численно никак не отражены, основываясь на анализе полного набора данных по имеющимся совпадениям, можно с высокой достоверностью вычислить эти границы. Согласен, что метод не является на 100 % корректным, но он вполне рабочий.

[MCB]

Под однородностью я имел в виду не высокую плотность связей внутри кластера (по факту, насколько я понимаю, наличие или отсутствие связи между двумя участниками кластера определяется на основе плавающего граничного параметра, который определяется алгоритмом в ходе расчета), а наличие у всех его участников доминирующей ашкеназской составляющей.

К сожалению, большинство из нас не имеет опыта с подобными кластерами, так как для евреев кластеризация не работает, поскольку у людей с существенным процентом еврейской ДНК минимальным порогом для включения в алгоритм кластеризации служит величина совпадения в 60-80 сМ, из-за чего подавляющее большинство реальных дальних родствеников отбрасывается еще до начала кластеризации, а из немногих оставшихся никакой пасьянс не сложишь (как образно охарактеризовала это дело Simona, вместо кластеров выходят "мелкие кучки").
Посмотрите, пожалуйста, в этом и последующих сообщениях, как выглядит кластеризация, если еврейской ДНК реально нет, но какой-то сегмент, вероятнее всего, славянский, выдает совпадения с евреями, и как выглядит картина кластеров если, наоборот, еврейской ДНК много:
viewtopic.php?p=192953#p192953

Мне кажется, что "первый кластер" у Елены образовался из-за того, что евреи-совпаденцы по ее сегменту, общему с ашкеназами, в подавляющем большинстве имели больше совпадений между собой, чем минимально требовал алгоритм кластеризации. Вообще-то случайно выбранные два ашкеназа редко оказываются совпаденцами при выборе обычных порогов длин минимальных совпадений (типа 7 сМ). Но, если понизить требования к длине, например, до 3 сМ, то картина изменится и случайно выбранные ашкеназы начнут совпадать друг с другом без разбору. Возможно, при сортировке дальних родственников в кластеры, MyHeritage использует заниженный порог длины сегментов, и этим объясняются загадочные "кластеры из евреев" у Вас и у Елены.

[Serge2020]

Посмотрите, пожалуйста, в этом и последующих сообщениях, как выглядит кластеризация, если еврейской ДНК реально нет, но какой-то сегмент, вероятнее всего, славянский, выдает совпадения с евреями, и как выглядит картина кластеров если, наоборот, еврейской ДНК много

Посмотрел варианты кластеризации по ссылке. Действительно, различия очень существенны. Еще раз соглашусь, что для прояснения ситуации необходимо получить данные по ДНК родителей. Между тем, 23andMe предсказывает ("most likely") наличие у меня 100 % ашкеназского предка в 5-8 поколении, что не идеально, но все же частично коррелирует с семейной легендой.

[Simona]

а не могли бы вы показать как выглядит однородный кластер? А то у меня много мелких кучек.

И, как выглядит пометка сегмента на 23эндми?

Под однородностью я имел в виду не высокую плотность связей внутри кластера (по факту, насколько я понимаю, наличие или отсутствие связи между двумя участниками кластера определяется на основе плавающего граничного параметра, который определяется алгоритмом в ходе расчета), а наличие у всех его участников доминирующей ашкеназской составляющей. Если я правильно понял мэссидж разработчиков, каждый кластер может быть более или менее однозначно ассоциирован с одним из предков, а судя по публикациям в сети глубина анализа может достигать 7 поколений.
Что же касается идентификации сегментов хромосом в 23andme, то в интерфейсе сайта, в разделе визуализации этнической композиции есть возможность увидеть какие сегменты ДНК система ассоциировала с той или иной этнической составляющей. И хотя начало и конец каждого сегмента численно никак не отражены, основываясь на анализе полного набора данных по имеющимся совпадениям, можно с высокой достоверностью вычислить эти границы. Согласен, что метод не является на 100 % корректным, но он вполне рабочий.

честно говоря я так и не сумела понять, что они хотели кластерами сказать.
Ради примера приведу свою семью, все полные ашкеназы, есть доказанные кузены.
Но по неизвестной мне причине кластеры этих кузенов вообще не берут в расчет, хотя есть такие что между собой близкая родня (дяди-тети-племянники- дети-внуки).
Хотя приносят всевозможный мелкий мусор непонятных совпаденцев.
У меня к примеру порядка 19 тысяч совпаденцев, я ожидаю богато-посеянные кучками кластеры - а вот нет.

clust.JPG

[Alexey_VB]

для заинтересованных: уникально низкая цена $146 (используя VPN и выбирая США) на Полный Геном - Whole Genome Sequencing Test 30X https://www.dantelabs.com/collections/a ... 0833625223

[Alexey_VB]

Привет всем,
какой тест посоветуете? MyHeritage это израильская компания.
заранее благодарен

на Черную пятницу наибольшие скидки у всех компаний, так что если есть возможность, то, для максимального охвата баз данных, закажите тесты в минимум трех компаниях:
www.23andme.com - своя база и не дают загружать тесты, выполненные в других компаниях
www.ancestry.com - своя база и не дают загружать тесты, выполненные в других компаниях
www.myheritage.com или www.familytreedna.com - дают возможность загружать тесты других компаний
www.familytreedna.com предпочтительнее для тех, кто хочет позже или сразу заказать тесты Y и mtДНК. дополнительных образцов ДНК, как правило, отправлять не потребуется.
из России сейчас возможность заказывать и отправлять тесты только в FTDNA.
MyHeritage израильская компания, но образцы ДНК отправляются в США, т.к. тесты для нее делает та же FTDNA.

[Абрашка а-Шомер]

...www.familytreedna.com - дают возможность загружать тесты других компаний...

Не обнаружил на этом сайте такой возможности. Подскажите, пожалуйста, где искать.

[napobo3]

https://www.familytreedna.com/autosomal-transfer

[Alexey_VB]

при желании можно заказывать тесты у всех компаний, кроме 23andMe, через почтового посредника, например, Shipito.com
так сейчас тест Ancestry.com стОит $59 (вместо $99) + услуга Шипито $14, обратно обычной почтой напрямую в лабораторию.

[Melamory80]

Заказала себе Ancestry для большего охвата. А есть ли у них фича похожая на 23иЯ где можно видеть общие сегменты для нескольких родственников одновременно?