ДНК тесты и генеалогия

[avramenko]

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017) (+2024)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

[Simona]

Для полу-сиблингов ISOGG дает нормальный диапазон 1317 .. 2312 сМ, то есть примерно от 19% до 32%

он не полу-, он полноценный мой брат, с 2809 сМ

насчет статистического группирования я все понимаю, но просто со стороны это видится как метод тыка, я понимаю что карты легли так, что комп выдал так, а не эдак, но все равно это комично и разочаровывающе для обывателя.

[MCB]

2809

я только не пойму, почему бы вам самим не посмотреть на диаграмме ISOGG? 2209 ..3384 это нормальный диапазон

[Simona]

2809

я только не пойму, почему бы вам самим не посмотреть на диаграмме ISOGG? 2209 ..3384 это нормальный диапазон

я пользуюсь dna painter, он наглядней
2809 у нас на МН, на FTDNA - 2660 , я спросила насколько часто бывает менее 40% общей днк. Как считаются эти %? Ведь 2809 и 2660 это середина и выше от 2209 ..3384.

[MCB]

2809 у нас на МН, на FTDNA - 2660 , я спросила насколько часто бывает менее 40% общей днк. Как считаются эти %? Ведь 2809 и 2660 это середина и выше от 2209 ..3384.

В принципе половина генома - это было бы 3500 сМ, но эти калькуляторы они не различают полностью идентичные и полу-идентичные сегменты, а у сиблингов небольшой процент ДНК, в среднем около 700-800 сМ, полностью идентичен, но вместо обоих хромосом калькуляторы считают только одну, и вот где-то сотен 7 недосчитываются. GEDmatch посчитает вам раздельно, что полностью идентично, а цто наполовину, если интересно.

[Melamory80]

просто хочется определенности, а тут на какой сайт ни залей - что-то другое выпадает

мда, на МН мой брат случился ашкеназом и балканцем Что-то у них не то с алгоритмами.
Одно радует, сам МН принес мне кучу родни (реальных многоюродных кузенов), которые с братом хорошо совпали, а со мной вообще не. Это мне позволило понять какую именно часть материнской днк мой брат унаследовал, а я совсем нет (что обидно).
Скажите, а это бывает часто, что брат с сестрой совпадают менее чем на 40%?

Я вот сейчас получила на MH 42% балканской крови по своей мордвинской линии, на 23andme у меня там все довольно красиво и логично. С ашкеназской на обоих сайтах очень похоже.

[Melamory80]

Кстати про фенотип итд .. среди ашкеназов распространен "рыжий" ген, который в Северной Европе встречается чаще чем в Южной/Восточной. Откуда он к ашкеназам? Интересно почитать исследования было бы

[MCB]

"рыжий" ген, который в Северной Европе встречается чаще чем в Южной/Восточной.

Ген-то есть у всех (MC1R), "рыжий" только не у всех (разные варианты, которые уменьшают эффективность работы гена и приводят к накоплению "недоделанного" феомеланина, и рыжей окраске вместо черной, если обе копии гена малоактивные).
Самая обычная из этих вариаций у ашкеназов - R151C (примерно 13% европейцев в среднем имеет этот вариант, и такая же частота у ашкеназов). Близка по частоте и вариация R160W (примерно 15% у средих европейцев и 10% у ашкеназов). Один из "рыжих" вариантов обогащен у ашкеназов по сравнению с другими народами (R142H), но его частота всего 3%. В целом набегает почти 30%. Только не забудьте, что для рыжизны нужно обе копии иметь с вариантом, а это гораздо реже.

Частоты рыжизны мало отличаются от среднеевропейских - немного ниже, чем у северныx европейцев, конечно, но не так далеко. От какого из народов это пришло, специально не исследовалось, но более вероятно, что от балто-славян.

[Simona]

мда, на МН мой брат случился ашкеназом и балканцем Что-то у них не то с алгоритмами.
Одно радует, сам МН принес ему кучу родни (реальных многоюродных кузенов), которые с братом хорошо совпали, а со мной вообще не. Это мне позволило понять какую именно часть материнской днк мой брат унаследовал, а я совсем нет (что обидно).
Скажите, а это бывает часто, что брат с сестрой совпадают менее чем на 40%?

Я вот сейчас получила на MH 42% балканской крови по своей мордвинской линии, на 23andme у меня там все довольно красиво и логично. С ашкеназской на обоих сайтах очень похоже.

вот-вот, как-то у них не так, у меня куча китов разных людей, у всех какой-то косяк.
Если бы я была их аналистом, я бы добавила коррекцию совсем дурных предсказаний. Вот вроде как 99 ашкеназ и 1 - чукча. Зачем они такое показывают? Риалли думают, что чукча? А у мужа выпал процент Океании, так что кто не чукча, тот папуас в семье.

[Simona]

2809 у нас на МН, на FTDNA - 2660 , я спросила насколько часто бывает менее 40% общей днк. Как считаются эти %? Ведь 2809 и 2660 это середина и выше от 2209 ..3384.

В принципе половина генома - это было бы 3500 сМ, но эти калькуляторы они не различают полностью идентичные и полу-идентичные сегменты, а у сиблингов небольшой процент ДНК, в среднем около 700-800 сМ, полностью идентичен, но вместо обоих хромосом калькуляторы считают только одну, и вот где-то сотен 7 недосчитываются. GEDmatch посчитает вам раздельно, что полностью идентично, а цто наполовину, если интересно.

как раз приступлю к этому анализу на выходных, у нас очень большая разница в некоторых хромосомах, и результат этих перекомбинаций завораживает, он просто получил 90% других совпаденцев, причем, как я написала, откопал для меня кузенов, которые со мной вообще не совпали, а с ним довольно основательно, для 5-6-юродного родства, ~130сМ.
Захотелось стать генетиком

[MCB]

"рыжий" ген, который в Северной Европе встречается чаще чем в Южной/Восточной.

Ген-то есть у всех (MC1R), "рыжий" только не у всех (разные варианты, которые уменьшают эффективность работы гена и приводят к накоплению "недоделанного" феомеланина, и рыжей окраске вместо черной, если обе копии гена малоактивные).
Самая обычная из этих вариаций у ашкеназов - R151C (примерно 13% европейцев в среднем имеет этот вариант, и такая же частота у ашкеназов). Близка по частоте и вариация R160W (примерно 15% у средих европейцев и 10% у ашкеназов). Один из "рыжих" вариантов обогащен у ашкеназов по сравнению с другими народами (R142H), но его частота всего 3%. В целом набегает почти 30%. Только не забудьте, что для рыжизны нужно обе копии иметь с вариантом, а это гораздо реже.

Частоты рыжизны мало отличаются от среднеевропейских - немного ниже, чем у северныx европейцев, конечно, но не так далеко. От какого из народов это пришло, специально не исследовалось, но более вероятно, что от балто-славян.

ради интерес посмотрел на различия в частотах "рыжих снипов" по Европе по данным проекта 1000 Геномов
R151C (rs1805007) - 17-19% в Британии и Финляндии, 4-6% в Испании и Италии.
R160W (rs1805008) - 14-16% в Британии и Финляндии, 2-8% в Испании и Италии.

Разница большая, но видно, что в принципе наши предки могли их подцепить и в Южной Европе, не обязательно в Северной.

А R142H (rs11547464) (у меня, кстати, есть одна копия варианта) у европейцев как раз встречается чаще всего в Испании (5% против ашкеназских 3-х, и менее процента в других регионах проекта), так что наиболее вероятно, что мы его получили как раз с Юга.

[Alexey_VB]

Брат сделал Y-DNA, и по результату пришло 2 приглащения в гаплогруппы на ФТДНА. Меня тоже приняли. Но ничего там не понимаю, не вижу ни профилей, ни деревьев. Какой тогда смысл?

Смысл вступать в большее число Project (проектов) по Y (и даже по mt) конечно есть. Подробнее об оценке результатов и дальнейших действиях - в соответствующих темах по нужной Y-ДНК на форуме http://forum.molgen.org
На FTDNA заходите в свой Project и далее в Results. Затем в Classic Chart (или Colorized Chart) - Members' STR results and subgroups. Копируйте свои STRs и загрузите например на http://www.nevgen.org

[Белка_к]

Скажите пожалуйста это нормально, что у меня практически один и тот же размер самого большого cM с отцом и с его сыном? Я предполагала, что по идее с сыном сегмент будет в два раза меньше .
Unless, в семье родители между собой какие-то кузены...и я получила ДНК от обоих родителей.

Прилагаю найденное.

Большое спасибо за помощь.

[MCB]

Скажите пожалуйста это нормально, что у меня практически один и тот же размер самого большого cM с отцом и с его сыном? Я предполагала, что по идее с сыном сегмент будет в два раза меньше .
Unless, в семье родители между собой какие-то кузены...и я получила ДНК от обоих родителей.

Прилагаю найденное.

Большое спасибо за помощь.

Если самый длинный сегмент у отца 50 сМ, то вероятность 50%, что он не будет раздроблен при передаче следующему поколению. Число сентиморганов равно проценту вероятности распада за поколение

[Белка_к]

сентиморганов

Ой, не поняла. Если можно подробнее, и как это относится ко мне? Оно не раздроблено для сына и поэтому остаётся таким И для меня? Или что-то не так?

[MCB]

сентиморганов

Ой, не поняла. Если можно подробнее, и как это относится ко мне? Оно не раздроблено для сына и поэтому остаётся таким И для меня? Или что-то не так?

от совпадения с вами передача ДНК от отца к сыну никак не зависит, правильно?

У отца есть 50 сМ сегмент, определившийся как совпадающий с вашим. Это может быть, учитывая еврейскую эндогамность, и не один сплошной сегмент, а наложение 2-х или 3-х меньшего размера сегментов на разных хромосомах отца, и тогда они будут передаваться сыну враздробь и хорошего совпадения по этому хромосомному региону с сыном ожидать не придется. Вы обрезали изображение как раз когда начиналась хромосомная карта триангуляции, поэтому до конца не понятно, одни ли те же 50 сМ совпали у отца и сына, но допустим, что это один и тот же сегмент. В таком случае это будет и вправду единственный сегмент, а не наложение нескольких меньших.

Поскольку вы обрезали изображение и не видна хромосомная карта триангуляции, я не знаю, на какой хромосоме и где эти 50 сМ. У MyHeritage есть баги в алгоритме, иногда вызывающие ошибочное удлинение сегментов вблизи "заштрихованных участков" хромосом, особенно в начале 15-й и 16-й хромосом. В этих местах качество данных ниже обычных, и алгоритм MyHeritage "предполагает", что если отдельные СНИПы не совпали, то это надо списать на недостаточное качество и считать сегмент "в целом совпадающим", несмотря на такие несовпадения. Но, допустим, ваши 50 сМ - все-таки настоящее совпадение.

Тогда при передаче от отца к сыну возможны два исхода: или этот сегмент вообще не перейдет от отца к сыну (а переходит только половина отцовской ДНК), или перейдет (полностью или частично). Передается ДНК детям не целыми хромосомами, а кусками случайного размера, разбивая хромосомы на части в среднем каждые 100 сМ (это научное определение сантиморгана). Поэтому шмат в 50 сМ в 50% случаев перейдет без разбивки, а в 50% случаев будет разбит надвое в случайном месте, с передачей лишь одного из получившихся суб-сегментов ребенку.

[Белка_к]

Поскольку вы обрезали изображение и не видна хромосомная карта триангуляции, я не знаю, на какой хромосоме и где эти 50 сМ

Да, я обрезала тк хотела вложиться в допустимые нормы. К сожалению, файл с бОльшим сегментом у меня получился вторым, надеюсь это Не сильно помешало в анализе.

Как видите, с 5 до 9 и с 15 до 22 хромосомы ничего нет... и оба больших сМ полностью налегают друг на друга, это Вам о чём-то говорит? то есть это относительно близкое , прослеживаемое, родство?! К сожалению, отец не отвечает на мое послание.

Спасибо!

[MCB]

оба больших сМ полностью налегают друг на друга

и обведены - что означает, что у всех трех людей в сравнении эти сегменты действительно выглядят одинаковыми. Совпадение это на 4-й хромосоме, которая не является типичным местом "хромосомных завалов" ( pile-ups - мест, где совпдений много вне зависимости от родства). Выглядит как настоящее совпадение. Но как далеко это может быть по родству? Тут наблюдается нестыковка. По длине фрагмента самое вероятное - что дядя или двоюрдный, а по общему совпадению - что четвероюрдный, не ближе. Ясно одно, что случилось что-то статистически маловероятное

[Белка_к]

лушилось что-то статистически маловероятно

что ‘лушилось’ или вы хотели сказать случилось, или нет? и тут вывод что такое очень маловероятно, Да? Задаю вопросы тк хочется дойти до сут .

[Alexey_VB]

Белка_к
"Статистической вероятностью события называется относительная частота появления этого события в произведённых испытаниях. В отличие от классической вероятности статистическая вероятность является характеристикой опытной, экспериментальной."
https://studopedia.ru/3_74561_statistic ... nosti.html

[Белка_к]

В отличие от классической вероятности статистическая вероя

Спасибо Alexey_VB, боюсь, что описание скорее для специалистов а не для lay person.. Я ничего не поняла. Не ваша вина!