ДНК тесты и генеалогия

[avramenko]

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017) (+2024)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

[Simona]

плюсует их до ‘кучи’

Это можно рассматривать как соцзаказ. "Покупатель жаждет родства!" Они же склеивают сегменты, между которыми несколько реально несовпадающих маркеров - типа а вдруг в генотипе ошибки, как же можно не показать такое совпадение.

Стремление увидеть во что бы то ни стало сефардские корни - это тоже своего рода соцзаказ. Похожая проблема у афроамериканцев: так же за столетия все перемешалось, потомки рабов из разных регионов; так же на исторической родине не осталось, быть может, уж никого, кто происходил бы от общих предков. А все равно необходимо показать, из каких стран Африки ваши корни, потому что соцзаказ таков.

у меня это точно не соцзаказ, просто хочется определенности, а тут на какой сайт ни залей - что-то другое выпадает
Кроме того, у моего сефардского друга на МН как раз слишком много ашкеназской версии. С одной стороны все это не совпадает с семейным легендами (и уж точно не соцзаказ), с другой стороны, многие из них голубоглазы итп. В общем все это гадание на кофейной гуще

[Shifra]

Согласно результатам моего теста на МН, на 86% я - Ашкеназ, на 11% - Сефард ( Сев.Африка), на 1,7% -Зап.Европеец, и на 1,3 % - Итальянка. Те, кого они называют сефардами, это мизрахим, не так ли? А как же с сефардами из Испании, которые переселились в Сев. Африку? Что-то я запуталась в трех соснах.

[Alexey_VB]

"Thanks to this analysis, MyHeritage DNA has become the only mass-market percentage-based DNA test that reveals ethnicities such as Balkan; Baltic; Eskimo & Inuit; Japanese; Kenyan; Sierra Leonean; Somali; five major Jewish groups — Ashkenazi, Ethiopian, Yemenite, Sephardic from North Africa and Mizrahi from Iran and Iraq; Indigenous Amazonian; Papuan and many others. In some cases, competing products can identify and report an aggregated region (e.g., Italian & Greek), whereas MyHeritage has better resolution and identifies Greek, Italian and Sardinian ethnicities separately. We are not done utilizing all fruits of the Founder Populations Project, and there are many more ethnic regions that we intend to add in the future, after additional processing and fine-tuning."
полностью: Introducing Our New DNA Ethnicity Analysis https://blog.myheritage.com/2017/06/int ... -analysis/

[migrev]

Согласно результатам моего теста на МН, на 86% я - Ашкеназ, на 11% - Сефард ( Сев.Африка), на 1,7% -Зап.Европеец, и на 1,3 % - Итальянка. Те, кого они называют сефардами, это мизрахим, не так ли? А как же с сефардами из Испании, которые переселились в Сев. Африку? Что-то я запуталась в трех соснах.

Shifra, Посмотрите на вчерашнее объяснения этого же вопроса начиная с viewtopic.php?p=221710#p221710

[Melamory80]

Кто-то загружал результаты с 23андме на MH? Я сама загрузила год назад а сейчас решила свой добавить а он выдает ошибку. Raw data в виде файла .txt.

[MRK]

Melamory80, они не все версии принимают:

Please note that you can only transfer the following files and file versions:
23andMe© V3
23andMe© V4
23andMe© V5
AncestryDNA™ V1
AncestryDNA™ V2
MyHeritage™ files that were created within the six months prior to the time of the transfer.
Unfortunately, at this time, you cannot transfer 23andMe© V1 and 23andMe© V2 files.

Отсюда - https://learn.familytreedna.com/imports ... r-program/

[Melamory80]

Оказалось просто временные трудности, сейчас еще раз попыталась и все прошло

[Лея]

У меня немного странный вопрос про фенотип и ДНК. Не раз слышала мнение, что ашкеназы чаще светловолосые и светлоглазые. И обратное мнение тоже слышала.

И мне не даёт покоя один вопрос. Чистокровный ашкеназ по ДНК и по документам - иссиня-черные волосы, очень смуглая в желтизну кожа. Другой ашкеназ - тоже чистокровный по ДНК и документам - голубоглазый блондин.
Может, глупый вопрос, но как такое возможно?

[MRK]

Чистокровный ашкеназ по ДНК и по документам - иссиня-черные волосы, очень смуглая в желтизну кожа.

Интересно... В моих представлениях (да и в реальности тоже) к чёрным(или рыжим) волосам полагается бледная-бледная белая кожа (а-ля дети подземелья).
Лея, да Вы ж тоже совсем не смуглая!

[Лея]

Чистокровный ашкеназ по ДНК и по документам - иссиня-черные волосы, очень смуглая в желтизну кожа.

Интересно... В моих представлениях (да и в реальности тоже) к чёрным(или рыжим) волосам полагается бледная-бледная белая кожа (а-ля дети подземелья).
Лея, да Вы ж тоже совсем не смуглая!

Очень даже смуглая откуда Вы знаете?

Ну вот так. Папа - смуглый черноволосый ашкеназ, которого принимают за иракского или йеменского даже еврея, а ДНК и документы говорят, что ашкеназ.

Вот реально, не понимаю. Ведь китаец по маме и папе не может выглядеть как скандинав, так откуда такой разный фенотип у ашкеназов?

[MRK]

Офтопик

откуда Вы знаете?

Люди, считающие интернет безбрежной и бесконечной, как Вселенная, сетью, а также анонимным, как огромная стена с листочками объявлений в большом китайском мегаполисе, таки сильно заблуждаются...

[MCB]

Вот реально, не понимаю. Ведь китаец по маме и папе не может выглядеть как скандинав, так откуда такой разный фенотип у ашкеназов?

Не уверен, не стоит ли убрать эту дискуссию, поскольку "характерный" внешний вид евреев традиционно запрещено обсуждать на форуме. Но, с другой стороны, про внешний вид китайцев - можно, а про разнообразие внешнего вида евреев может как раз быть полезно в том плане, что "типажи" обманчивы.

Генетика цвета глаз, волос и кожи достаточно хорошо изучена. Она определятся развитием меланоцитов (пигментированных клеток) в каждой из тканей и биосинтезом меланина (черного, при полном синтезе, пигмента) внутри меланоцитов. Некоторые из генетических факторов сильно влияют на все три цвета, а некоторые - только на один. Вариации в гене OCA2, например, влияют в основном на окраску радужки глаза, а в группе генов SLC также и на окраску кожи и волос, хотя наибольшую роль в окраске волос играет вариабельность в гене MC1R. Всего генетических вариантов, влиящих на окраску глас, волос и кожи, многие десятки, но самых влиятельных - считанные единицы, поэтому наследуется не как "непрерывно смешивающийся цвет краски", а как дискретная и случайная величина. К примеру, у кареглазых родителей нередко рождаются голубоглазые дети (в основном из-за OCA2), Противоположное более редко, но из-за дополнителных генетических факторов окраски бывает и рождение детей с окрашенными газами у голубоглазых родителей.

В исторической генетике "цвета" играет роль и естественный отбор, и половой отбор. Темные глаза и кожа на юге предохраняют от солнечного ожога, а на севере темная кожа чревата рахитом (который редко угрожает охотникам и рыболовам из-за поступления витамина Д в пищу с животными продуктами, но опсен для земледельческих народов). С другой стороны, светлая кожа часто считалась красивой (возможно, из-за того, что знать в поле не работала) и генетические факторы светлой окраски кожи, волос и глаз у европейских народов распространялись всё сильнее от века к веку из-за выбора женихов и невест "посветлее".

Поскольку ашкеназские евреи - исторически недавно смешанная группа с корнями и на юге (Ближний Восток, Средиземноморье) и в славянских странах, то естественно, что у них наблюдается разнообразие окрасок, хотя на общегеномном уровне вся эта смешанная ДНК определяется как ашкеназская (надо перейти на более микроскопический уровень и заняться сегментами длиной до 5 сМ, чтобы обнаружить. что это на самом деле мелкая мозаика Палестины, Средиземноморья и Восточной Европы, но для генеалогических анализов такая сверхмелкая шкала бесполезна).

[Лея]

Вот реально, не понимаю. Ведь китаец по маме и папе не может выглядеть как скандинав, так откуда такой разный фенотип у ашкеназов?

Не уверен, не стоит ли убрать эту дискуссию, поскольку "характерный" внешний вид евреев традиционно запрещено обсуждать на форуме. Но, с другой стороны, про внешний вид китайцев - можно, а про разнообразие внешнего вида евреев может как раз быть полезно в том плане, что "типажи" обманчивы.

Генетика цвета глаз, волос и кожи достаточно хорошо изучена. Она определятся развитием меланоцитов (пигментированных клеток) в каждой из тканей и биосинтезом меланина (черного, при полном синтезе, пигмента) внутри меланоцитов. Некоторые из генетических факторов сильно влияют на все три цвета, а некоторые - только на один. Вариации в гене OCA2, например, влияют в основном на окраску радужки глаза, а в группе генов SLC также и на окраску кожи и волос, хотя наибольшую роль в окраске волос играет вариабельность в гене MC1R. Всего генетических вариантов, влиящих на окраску глас, волос и кожи, многие десятки, но самых влиятельных - считанные единицы, поэтому наследуется не как "непрерывно смешивающийся цвет краски", а как дискретная и случайная величина. К примеру, у кареглазых родителей нередко рождаются голубоглазые дети (в основном из-за OCA2), Противоположное более редко, но из-за дополнителных генетических факторов окраски бывает и рождение детей с окрашенными газами у голубоглазых родителей.

В исторической генетике "цвета" играет роль и естественный отбор, и половой отбор. Темные глаза и кожа на юге предохраняют от солнечного ожога, а на севере темная кожа чревата рахитом (который редко угрожает охотникам и рыболовам из-за поступления витамина Д в пищу с животными продуктами, но опсен для земледельческих народов). С другой стороны, светлая кожа часто считалась красивой (возможно, из-за того, что знать в поле не работала) и генетические факторы светлой окраски кожи, волос и глаз у европейских народов распространялись всё сильнее от века к веку из-за выбора женихов и невест "посветлее".

Поскольку ашкеназские евреи - исторически недавно смешанная группа с корнями и на юге (Ближний Восток, Средиземноморье) и в славянских странах, то естественно, что у них наблюдается разнообразие окрасок, хотя на общегеномном уровне вся эта смешанная ДНК определятся как ашкеназская (надо перейти на более микроскопический уровень и заняться сегментами длиной до 5 сМ, чтобы обнаружить. что это на самом деле мелкая мозаика Палестины, Средиземноморья и Восточной Европы, но для генеалогических анализов такая сверхмелкая шкала бесполезна).

Ну, удалите, если нельзя. Хотя, честно говоря, не вижу проблемы в обсуждении еврейского или любого фенотипа в разделе, посвященном генетике и ДНК

Спасибо, интересно. Тогда встречный вопрос - можно ли, исходя из фенотипа конкретного человека еврейского ашкеназийского происхождения предполагать, что в его геноме больше влияние Средиземноморья/Ближнего Востока или геров северной Европы/славянских стран? Или это ненаучно?

P.S. слышала, что у ашкеназов таки присутствует, помимо сев. Европы и Средиземноморья, азиатская компонента, хоть и в куда меньшем количестве, чем считали приверженцы хазарской теории - что-то около пяти процентов.

[Лея]

Офтопик

откуда Вы знаете?

Люди, считающие интернет безбрежной и бесконечной, как Вселенная, сетью, а также анонимным, как огромная стена с листочками объявлений в большом китайском мегаполисе, таки сильно заблуждаются...

Ладно, рассекречена

[MCB]

можно ли, исходя из фенотипа конкретного человека еврейского ашкеназийского происхождения предполагать, что в его геноме больше влияние Средиземноморья/Ближнего Востока или геров северной Европы/славянских стран? Или это ненаучно?

Скорее нет, чем да. Евреи очень хорошо перемешались в генетическом плане за столетия эндогамии, и фенотипические признаки зависят больше от генетического состава окрестностей конкретного гена, чем от общей суммы этнческих пра-компонентов по всему геному. Если у нас у всех примерно 40% "Палестины" и 25% "славянства", плюс минус несколько процентов, то в конкретном гене OCA2 может быть 16%-ная верояность, что обе хромосомные копии "палестинские", или 6%, что обе "славянские", с кучей других вариантов. То есть в плане целого генома по составу мы очень схожи, но в каждом конкретном гене можем очень сильно отличаться друг от друга.

Конечно, географические группы еврейства по ДНК чуть-чуть различаются друг от друга (об этих ничтожных, но интересных с истoрической точки зрения различиях я писал в этой теме и раньше), и на востоке доля "славянского" компонента может быть немного выше. Но по сравнению с гиганстким разбросом в этническом составе конкретных генов, небольшая региональная разница в "общем составе генома" заметной роли не имеет.

слышала, что у ашкеназов таки присутствует, помимо сев. Европы и Средиземноморья, азиатская компонента, хоть и в куда меньшем количестве, чем считали приверженцы хазарской теории - что-то около пяти процентов

ближе к 2%, и происхождение этой компоненты пока не известно. Может, и вправду от хазар, но, может, от караимов или даже липковских татар. Тоже обсуждалось в этой теме. Поищите, например, по имени автора исследования - Бехар.

[ayrin]

Брат сделал Y-DNA, и по результату пришло 2 приглащения в гаплогруппы на ФТДНА. Меня тоже приняли. Но ничего там не понимаю, не вижу ни профилей, ни деревьев. Какой тогда смысл?

[MCB]

Новая статья в Европейском журнале генетики человека (Kopelman 2020) сравнивает большое число региональных еврейских групп друг с другом и с их соседями. Ашкенази, балканские / турецкие сефарды и североафриканские евреи показывают большое генетическое сходство друг с другом. Все три группы по ДНК представляются в первом приближении комбинацией компонентов ДНК из Ближнего Востока и Западного Средиземноморья (и, таким образом, они весьма отличаются от своих прошлых соседей). Сефарды особенно разнообразны, от групп, весьма похожих на ашкенази в Болгарии и Турции, до более генетически отдаленных ливийских и тунисских групп. Конечно, это служит дополнительной иллюстрацией проблем с разделением между сефардскими и ашкеназскими компонентами ДНК, с которыми многие из нас не по наслышке знакомы. Никакие более группы еврейского населения не содержат такую смесь Западного и Восточного Средиземноморья, то есть евреи древнего Рима не являлись основными родоначальниками других исследованных в статье еврейских групп.

Так, Мизрахим сильно отличаются от ашкеназско-сефардского кластера, они больше похожи на современных иранцев, чем на ашкеназов или сефардов, но при этом отличаются ото всех нееврейских ближневосточных групп. В общем кластере Мизрахим иракские, курдские, азербайджанские и иранские евреи находятся ближе друг к другу, в то время как грузинские евреи все еще похожи, но значительно дальше отстоят от иранских и т.п. евреев. Конечно, некоторые российские евреи также попадают в группу Мизрахим (горские / джухури).

Йеменские евреи очень похожи на других людей Аравийского полуострова, а индийские и эфиопские евреи также больше похожи на нееврейских людей этих регионов по общему составу ДНК.

В статье впервые использованы геномные данные караимов. К сожалению, их всего пятеро, и они не из Восточной Европы, а с Ближнего Востока (образцы взяты в Караитском Центре в Ашкелоне, а за место происхождения принят Каир).

[Simona]

В статье впервые использованы геномные данные караимов. К сожалению, их всего пятеро, и они не из Восточной Европы, а с Ближнего Востока (образцы взяты в Караитском Центре в Ашкелоне, а за место происхождения принят Каир).

а днк караим Литвы вообще проверяли в каком-либо исследовании?

[Simona]

просто хочется определенности, а тут на какой сайт ни залей - что-то другое выпадает

мда, на МН мой брат случился ашкеназом и балканцем Что-то у них не то с алгоритмами.
Одно радует, сам МН принес мне кучу родни (реальных многоюродных кузенов), которые с братом хорошо совпали, а со мной вообще не. Это мне позволило понять какую именно часть материнской днк мой брат унаследовал, а я совсем нет (что обидно).
Скажите, а это бывает часто, что брат с сестрой совпадают менее чем на 40%?

[MCB]

Что-то у них не то с алгоритмами

с алгоритмами у них более-менее в порядке, хотя для поставленной сверхзадачи - различить больше народов, чем конкуренты, с меньшими затратами комп-ресурсов - немножко недотягивает. Скорее, есть определенная сложность с вашим пониманием результата. 5% сефардской 95% ашкеназской ДНК - это не значит, что один из 20 предков был сефардов, и не значит, что какие-то конкретно 5% вашей ДНК имеет сефардское происхождение. Это всего лишь значит, что ваша ДНК в общем и целом больше всего похожа на смесь 95% усредненной ашкеназской ДНК и 5% усредненной сефардской ДНК из их референтного набора. Но может быть и на 100% ашкеназской, только чуть-чуть не такой, как усредненная, но вполне в пределах нормальной вариации, которая от природы присутствует у ашкеназов.

Это как я уже когда-то описывал с определением цвета. Желтый цвет у вас на картинке может быть лучше всего описан как смесь 95% усредненного желтого цвета из коллекции желтых вещей + 5% усредненного оранжевого из коллекции оранжевых, но на само деле он просто желтый, в пределах нормального разнообразия тех оттенков, которые присутствуют в "желтой коллекции".

Скажите, а это бывает часто, что брат с сестрой совпадают менее чем на 40%?

Для полу-сиблингов ISOGG дает нормальный диапазон 1317 .. 2312 сМ, то есть примерно от 19% до 32%