ДНК тесты и генеалогия

[avramenko]

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017) (+2024)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

[Alexey_VB]

Текущие цены (со скидками) FTDNA www.familytreedna.com
The 2019 Thanksgiving Sale has started and runs through November 28, 2019. The following is a list of the sale prices:
Single Tests
Regular Price Sale Price
Family Finder ------------------------------------------ $79 $59
mtFullSequence -------------------------------------- $199 $139
Y-37 ------------------------------------------------------- $169 $99
Y-111 ------------------------------------------------------ $359 $199
Big Y-700 ------------------------------------------------ $649 $399

Bundles
Regular Price Sale Price
Family Finder + mtFull Sequence --------------- $278 $189
Family Finder + Y-37 --------------------------------$248 $149
Family Finder + Y-111 -------------------------------$438 $249
Y-37 + mtFull Sequence ----------------------------$368 $229
Y-111 + mtFull Sequence ---------------------------$558 $329
Family Finder + Y-37 + mtFull Sequence ------ $447 $279
Family Finder + Y-111 + mtFull Sequence -----$637 $379


Upgrades
Regular Price Sale Price
Y-12 to Y-37 --------------------------------------------- $109 $79
Y-12 to Y-67 --------------------------------------------- $199 $149
Y-12 to Y-111 -------------------------------------------- $359 $169
Y-25 to Y-37 --------------------------------------------- $59 $49
Y-25 to Y-67 --------------------------------------------- $159 $119
Y-25 to Y-111 -------------------------------------------- $269 $149
Y-37 to Y-67 --------------------------------------------- $109 $69
Y-37 to Y-111 -------------------------------------------- $228 $119
Y-67 to Y-111 -------------------------------------------- $99 $69
Y-12 to Big Y-700* ------------------------------------- $629 $359
Y-25 to Big Y-700* ------------------------------------- $599 $349
Y-37 to Big Y-700* ------------------------------------- $569 $319
Y-67 to Big Y-700* ------------------------------------- $499 $259
Y-111 to Big Y-700* ------------------------------------ $449 $229
Big Y-500 to Big Y-700* ------------------------------ $249 $189
mtDNA (HVR1) to mtFull Sequence -------------- $159 $99
mtDNA Plus to mtFull Sequence ----------------- $159 $99
*Does not include the Big Y BAM file product.

Big Y BAM file product - $99

[MCB]

Есть ли у вас интересные совпадениы с китами GEDmatch M481928 или FB100405C1? Хотите разобраться, скол;ко там на самом деле сегментов, какой они древности? Присоединяйтесь к нашему исследованию, впервые в генетической генеалогии ашкеназов использующему полное секвенирование для решения наших уникальных проблем. Скидка сегодня и завтра - только $179 с купоном YFULL10
https://us.dantelabs.com/products/whole ... 8679253058

[astar31]

Есть ли у вас интересные совпадениы с китами GEDmatch M481928 или FB100405C1? Хотите разобраться, скол;ко там на самом деле сегментов, какой они древности? Присоединяйтесь к нашему исследованию, впервые в генетической генеалогии ашкеназов использующему полное секвенирование для решения наших уникальных проблем. Скидка сегодня и завтра - только $179 с купоном YFULL10
https://us.dantelabs.com/products/whole ... 8679253058

у меня этот совпаденец FB100405C1 - почему именно он интересен, что это означает?

[MCB]

почему

она еще с прошлогодней распродажи сделала этот анализ. Сравнить только пока не с кем

[MCB]

Еще одно совпадение по ДНК, подтвержденное документами (подробности в теме Рудерман) с троюрдным дядей (2C1R). Общее совпадение достаточно невелико (104 см на 23andMe), хотя сегменты длинные (самые длинные - 35 сМ и 27 сМ, так что задним числом на это только по сегментам единым стоило обратить внимание). Но обратить внимание заставило другое - общая фамилия в списке предков. Мораль: пишите больше фамилий! Пра- и прапра- и их замужних сестер - все это может выделить "нужное" совпадение из общего ряда средних и неинтересных цифр.

[MCB]

Предки ашкеназских евреев в диаспоре времен Римской империи мало чем отличались генетически от средних жителей Рима!

Как уже обсуждалось в этой теме по работам Shai Carmi и соавторов, предки ашкеназов до переселения в центральную и восточную Европу уже были смешанным народом, примерно наполовину левантинским-ближневосточным, и наполовину западно-средиземноморским. Переселяясь все дальше на север и восток, предки евреев понабрались дополнительных европейских примесей, в основном восточноевропейских.

В значительной мере это смешение происходило за счет переселения мужчин и приема в иудаизм местных жен. В результате митохондриальные ДНК западных ашкеназов в основном происходят не из Палестины, а из Западного Средиземноморья. У восточных ашкеназов к этомы набору прибавились мтДНК славянских типов. Игрек-хромосомы же повсеместно указывают на ближневосточные корни по мужской линии.

Только что вышла в свет статья, исследующая генетическое происхождение жителей Рима в разные исторические эпохи.
https://science.sciencemag.org/content/366/6466/708

Окзаывается, что для ВСЕГО населения имперского Рима была характерна совершенно та же динамика. В целом по ДНК они были такой же смесью ближневосточно-левантинской и западносредиземноморской ДНК, а в Y-хромосомах так же преобладали "восточные" гаплотипы J, G, E, как и у евреев. Таким образом, предки евреев были вполне типичными римлянами, только они сохранили эту ДНК и после падения Рима, когда обезлюдeвший город заселили новые, генетически несхожие жители.

Есть и небольшие, но интересные различия между предками ашкеназских евреев и "средними римлянами" времен Империи - в основном в том, что у евреев свыше 20% игрек-хромосом относится к гаплогруппе E, а на кладбищах, раскопанных исследователями, эта гаплогруппа встречалась сравнительно редко. Нетрудно представить, что при общем генетическом сходстве евреев с неевреями Рима, они все-таки хоронили предков на разных кладбищах...

[texnic]

Дорос, наконец, до теста ДНК, пытаюсь выбрать. Где-то можно найти рекомендации с «нашей» (русско-еврейской) позиции? Может, кто из местных разбирался, сравнивал и может что подсказать?

[MCB]

Дорос, наконец, до теста ДНК, пытаюсь выбрать. Где-то можно найти рекомендации с «нашей» (русско-еврейской) позиции? Может, кто из местных разбирался, сравнивал и может что подсказать?

Да тут 66 страниц разбора ))))) вопрос-то не в национально-этнической позиции, а скорее в личной: что именно вы хотите найти и узнать, и насколько хорошо знаете эти ответы и без ДНК. Кто-то не уверен в еврействе, кто-то знает всех родных до четвероюрдных и хочет узнать дальше, кто-то мечтает подтвердить родственную связь с царем Давидом или Барухом Спинохой, кто-то происходит от усыновления и не знает ничего о предках, кому-то нужны рекомендации по здоровью, кто-то ищет сефардскую кровь.

[texnic]

Дорос, наконец, до теста ДНК, пытаюсь выбрать. Где-то можно найти рекомендации с «нашей» (русско-еврейской) позиции? Может, кто из местных разбирался, сравнивал и может что подсказать?

Да тут 66 страниц разбора ))))) вопрос-то не в национально-этнической позиции, а скорее в личной: что именно вы хотите найти и узнать, и насколько хорошо знаете эти ответы и без ДНК

М-да, логично. Хотел сэкономить время, не получилось Я посмотрел первые и последние страницы здесь. И топовый пост (спасибо!). Но пока ещё вообще никак не разбираюсь в методике и сути ДНК-тестов. Отчасти поэтому и разбегаются глаза от многообразия предложений.

Может быть, начну с конкретного вопроса. Меня интересует поиск родственников. MyHeritage, вроде, лучше для не-американцев. Но MyHeritage позволяет загрузить к себе данные с других сайтов. В таком случае, не правильнее ли делать тест Ancestry (у них больше база, больше охват потенциальных родственников в США) и загружать в MyHeritage? В чём преимущество делать напрямую на MyHeritage?

[MCB]

В чём преимущество делать напрямую на MyHeritage?

Для задачи поиска родственников - только в цене. База по американцам действительно считается шире в более старых лабораториях 23andMe & Ancestry, которые не разрешают загрузку данных других лабораторий. Но MyHeritage стремится "догнать и перегнать" по объему баз пользователей, отсюда жесткие скадки и бесплатная загрузка. Кроме того, само качество совпадений в MyHeritage хуже в погоне за количеством - мне кажется, они считают, что чем больше совпаденцев, тем счастливее заказчики )))

[Elena G.]

Кроме того, само качество совпадений в MyHeritage хуже в погоне за количеством - мне кажется, они считают, что чем больше совпаденцев, тем счастливее заказчики )))

Конкретный пример - только что на MyHeritage появилось значимое совпадение 1,8 процентов, самый большой сегмент 44,5 сМ. Мы оба недоумеваем, где родство. Проверили загрузку на Gedmatch - все так, но вместо сегмента 44,5 Gedmatch показывает 14 сМ.

И все же на MyHeritage самая хорошая программа для сравнения потенциальных родственников через совпадающие сегменты. Благодаря массовости и легкости загрузок на MyHeritage с других компаний, я именно через этот сайт нашла двух реальных родственников.

Я бы советовала тестировать через FTDNA, у них большая еврейская база, а потом загружать на MyHeritage and Gedmatch.

[texnic]

Я бы советовала тестировать через FTDNA, у них большая еврейская база, а потом загружать на MyHeritage and Gedmatch.

Вот, спасибо за конкретные рекомендации! Может, ещё кто поделится своими? Или положительными или отрицательными впечатлениями из своего опыта?

[recutita]

У меня с ФТДНА выгружено на myheritage. Чем мне удобно myheritage - можно смотреть этнические совпадения. На ftdna фамилия совпаденца Иванов, гадай с какой стороны совпало, а тут смотришь, что Иванов на 85% ашкеназ и сразу понятно, дедушкина ветка.

[Марго]

Хотела бы узнать Ваше мнение о лаборатории Атлас. Стоит ли там делать анализ ДНК?

[MRK]

... FTDNA, у них большая еврейская база

А можно узнать, откуда проистекает такое мнение? Не первый раз такое слышу, а вот обоснования (или хотя бы указания на источник этого утверждения) так ни от кого и не добился...

Ну, и без связи с моим вопросом, но по теме: вот старенькая (2017 г.), но вполне ещё годная картинка - от кого кому можно загружать результаты
На всякий случай поясню:
1. Тёмным отмечены две компании, которые сами тестов не делают, но результаты других анализируют.
2. Что-то из "чужих" результатов анализируется бесплатно, что-то - за деньги...
3. DNA Land обрабатывает результаты и My Heritage тоже - голубая стрелочка хотя стрелочки нет (я же предупредил, что картинка давнишняя! ).

DNA-in-out.png

Источник - сайт "The DNA Geek" Там вообще много чего интересного есть. Правда, КМК, есть и спорные вещи...

[recutita]

Хотела бы узнать Ваше мнение о лаборатории Атлас. Стоит ли там делать анализ ДНК?

Для каких целей? Смысл теста для геналогии в базе протестированных. Тут однозначно к мировым лидерам.
А сайт этого атласа доверия не вызывает. Происхождение у них на предпоследнем месте, польза от определения гаплогрупп и неандертальских генов сомнительна. Да и дорого, честно говоря.

[MCB]

Хотела бы узнать Ваше мнение о лаборатории Атлас. Стоит ли там делать анализ ДНК?

отечественная лаборатория. Чип для медицинского применения, для поиска родственников не пригоден. Подробности:
Это чип для других целей, для медицинских исследований, особенно для тканей раковых опухолей. СНИПы густо насажены в генах и особенно в экзонах генов, а в интронах их мало и в междугенном пространстве совсем мало. Варианты, не меняющие аминокислоты, также избегаются. Поэтому перекрытие со стандартным набором СНИПов для пользовательской генеалогии незначительное, а на карте покрытия сполошные прогалы (MyHeritage пользуется импутацией, чтобы вычислисть генотипы своих маркеров по близлежащим маркерам с других чипов, но тут даже близлежащих сплошь да рядом не найдется). Кроме того, многие из СНИПов с медицинского чипа имеют клиническое значение, но встречаются так редко, что генеалогического значения не имеют (очень многие из этих вариантов найдены в раковых опухолях, а не в людях как таковых)

Этносостав, однако, по атласовским данным вычислить можно вполне надежно. А вот совпадения - с большим трудом.

Из данных производителя:
https://www.illumina.com/documents/prod ... adchip.pdf

В экзонах 268,631 маркера
В интронах 152,454
Стоп кодоны 15,040
Замены аминокислот 219,228
Инсерции и делеции 12,451
Соматические мутации из раковых опухолей 394,900
Всего в генах и регуляторных последовательностях 416,691

[Molka]

У меня с ФТДНА выгружено на myheritage. Чем мне удобно myheritage - можно смотреть этнические совпадения. На ftdna фамилия совпаденца Иванов, гадай с какой стороны совпало, а тут смотришь, что Иванов на 85% ашкеназ и сразу понятно, дедушкина ветка.

Пожалуйста, подскажите как как ФТДНА выгрузить на myheritage.

[Марго]

Хотела бы узнать Ваше мнение о лаборатории Атлас. Стоит ли там делать анализ ДНК?

Для каких целей? Смысл теста для геналогии в базе протестированных. Тут однозначно к мировым лидерам.
А сайт этого атласа доверия не вызывает. Происхождение у них на предпоследнем месте, польза от определения гаплогрупп и неандертальских генов сомнительна. Да и дорого, честно говоря.

Интересно происхождение и проверка семейных легенд. Просто в Москве я не представляю, куда еще можно обратиться, к сожалению. Ведь пересылать материал нельзя.

[recutita]

Пересылать можно. Я просто конверт от фтдна отправила как есть. Ни одного вопроса о содержимом. Проблемно с 23andme, и, кажется, ancestry, они не шлют в Россию, поэтому нужны посредники.