ДНК тесты и генеалогия

Сообщение

avramenko · #1121 **avramenko** » 30 сен 2009, 00:14

MCB: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017) (+2024)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

#1122 **Simona** » 29 сен 2019, 22:39

vitalyka писал(а): ↑
29 сен 2019, 21:57
Myheritage позволяет выгрузить "триангуляцию" ваших совпадений. Туда включаются все участки от 6 См.

перепроверила, у меня этой опции нет
+ даже с отцом и сыном не показывает триангуляцию, зато показывает со случайными совпаденцами

vitalyka · #1123 **vitalyka** » 30 сен 2019, 00:10

Simona писал(а): ↑
29 сен 2019, 22:39
перепроверила, у меня этой опции нет

Как так?!
В Совпадениях ДНК в строке, которая начинается словами "Показаны 1–10 из ...", есть в самом конце "светофор" из трёх чёрных точек.
Нажимаете и выбираете второй пункт: "Экспорт данных общего сегмента ДНК ..."
Рано или поздно, по почте приходит файл.
А с определением триангулированных сегментов там и правда странные (это я вежливо) вещи имеют место.

migrev · #1124 **migrev** » 30 сен 2019, 00:15

Прибавил самые большие совпадения у тестя и у жены. На 12-ой не очень так много - у тестя - всего с тремя людьми, у жены - четыре совпадения.
На картинке - самые большие совпадения для каждого из них. Человек, о котором идет речь, имеет совпадения с женой и с ее отцом. Те две проблемы о которых Москва говорил здесь нет - "примыкает к заштрихованной области на карте или перекрывает "перетяжку" центромеры".

#1125 **Simona** » 30 сен 2019, 01:15

vitalyka писал(а): ↑
30 сен 2019, 00:10

Simona писал(а): ↑
29 сен 2019, 22:39
перепроверила, у меня этой опции нет
Как так?!
В Совпадениях ДНК в строке, которая начинается словами "Показаны 1–10 из ...", есть в самом конце "светофор" из трёх чёрных точек.
Нажимаете и выбираете второй пункт: "Экспорт данных общего сегмента ДНК ..."
Рано или поздно, по почте приходит файл.
А с определением триангулированных сегментов там и правда странные (это я вежливо) вещи имеют место.

у меня все на английском, но там где у меня есть показанных 10, нет никакого светофора.
У меня экспортированные, не оригинальные MH.

А триангуляция.. к примеру, между всеми нами (4 человека в семье) нет вообще никакой триангуляции, зато какие-то левые совпаденцы обильно триангулируют

#1126 **Simona** » 30 сен 2019, 01:37

migrev писал(а): ↑
30 сен 2019, 00:15
Прибавил самые большие совпадения у тестя и у жены. На 12-ой не очень так много - у тестя - всего с тремя людьми, у жены - четыре совпадения.
На картинке - самые большие совпадения для каждого из них. Человек, о котором идет речь, имеет совпадения с женой и с ее отцом. Те две проблемы о которых Москва говорил здесь нет - "примыкает к заштрихованной области на карте или перекрывает "перетяжку" центромеры".

у меня, к сожалению, браузер на МН не показывает близких родственников, и я не могу проверить общих совпаденцев по-хромосомно, но я вижу что там косяк вообще, не может же быть, что списки совпаденцев в корне разные между членами семьи.
Но на FT все работает нормально, и еще до поиска общих совпаденцев, только между дедом и внуком у меня нулевое совпадение по 2 и 14й хромосомам, да и несколько других как-то слабо перекрыто. Интересно как оно там варится в недрах

.
Кстати, не может ли это быть показателем изменяющейся ДНК в процессе жизни??

migrev · #1127 **migrev** » 30 сен 2019, 01:48

vitalyka писал(а): ↑
29 сен 2019, 21:57

У меня выходит ~45000 участков совпадения с ~12000 других участников.
Строю частоту для всех упоминаемых позиций и смотрю:
Позиция 102,127,262 на 12-й хромосоме.
Совпадает с 637-ю игроками, из которых 439 имеют со мной участок более 12 См, включающий эту позицию.
Позиция 20,004,966 на 15-й хромосоме: 1599(!) совпадений, в которых участки начинаются с этой позиции. Длина участков от 14 до 46 См.

Поэтому, когда у меня обнаруживается очередной двоюродный брат, и вижу, что основной вклад внесли (в частности) упомянутые выше участки, я мысленно говорю себе "знаю-знаю, это у всех евреев так" и вычитаю. 9-ю, 12-ю, 15-ю вычел - глядишь, а он мне уже и не брат вовсе.

Кстати, об упомянутых вам хромосомах:
9-я Позиция: 136,511,127 - 532 родственника, правда участки не самые большие. "Ваши" тоже там?
А вот на 13-й больше 250-и совпадений ни одна позиция не даёт.

vitalyka, если я правильно сделал анализ по Вашим заметкам, у мене нет такого количества совпадений по начальным положениям, хотя общее кол-во совпадений и участников похоже на Ваши.

-	тесть	жена
совпадения	57200	45600
участники	13000	10700

Самое большое кол-во совпадений по начальному положению каждой хромосомы:

Хромосома	тесть	жена
1	180	121
2	168	131
3	223	180
4	269	135
5	86	164
6	193	197
7	113	45
8	50	85
9	128	117
10	258	109
11	156	97
12	189	136
13	150	33
14	164	182
15	121	69
16	183	95
17	110	98
18	92	59
19	52	74
20	73	52
21	29	101
22	160	70

#1128 **MCB** » 30 сен 2019, 06:29

Вообще для поиска завалов не используют буквальное совпадение начала, а смотрят по позициям, сколько совпадений ее перекрывает (то есть позиция должна быть больше или равна начальной, но меньше или равна конечной позиции совпадения). Не могу понять, что за причина в излишних совпадениях на 12-й. Может, дадите ссылочку на обсуждения этого в других форумах или блогах?

Что интересно, в ленте только что мелькнула работа по 6-й хромосоме (поизиции примерно с 22 по 34 миллиона, это антигены тканевой совместимости имунной системы). Пишут, что они также необычно совпадают у латиноамериканцев и совпадающие там сегменты - африканского происхождения. Та же причина, что с работорговлей пошли косяком африканские болезни, а с этим участком 6-й хромосомы - африканская же защита от эти болезней.

#1129 **MCB** » 30 сен 2019, 19:34

migrev писал(а): ↑
30 сен 2019, 00:15
Человек, о котором идет речь, имеет совпадения с женой и с ее отцом

И отмеченные у них стрелочками сегменты - это с одним и тем же человеком? Прошелся еще раз по источникам, вижу, что необычные завалы совпадений сегментов в этом регионе не описаны, прихожу к выводу, что по участку в 85 сМ совпадения должны быть реальными. Но это совсем не обязательно один сегмент такой гигантской длины - это может оказаться наложение двух-трех более коротких сегментов между разными хромосомами, возможно, с небольшими прогалами между ними, которые алгоритм MyHeritage рассматривает как "возможные технические ошибки", типа как же так, справа совпадает и слева тоже, так должно бы и посередине совпадать, ну а вдрyг там генотип неправильно определился...

Это частое явление в мире не-фазированных совпадений сегментов, что у человека совпадающий сегмент длинный, а у родителя этого человекa с тем же совпаденцем - короткий, то есть длинный сегмент на самом деле был наложением разных совпадений, пришедших с разных сторон.

migrev · #1130 **migrev** » 01 окт 2019, 00:48

MOCKBA, да, это один человек. Ее тест был сделан на 23andMe, мои на ФТДНА. Нашел ее через MyHeritage, мы туда загрузили в разное время и в эти выходные заметил это совпадение Я попросил ее загрузить данные в GedMatch, может там прояснится насколько реально совпадение.

vitalyka · #1131 **vitalyka** » 01 окт 2019, 01:41

migrev писал(а): ↑
30 сен 2019, 01:48
vitalyka, если я правильно сделал анализ по Вашим заметкам, у мене нет такого количества совпадений по начальным положениям, хотя общее кол-во совпадений и участников похоже на Ваши.

Не только по начальным. Вроде бы я такого и не писал.
Имелсь в виду именно то, что вам сразу ответил MOCKBA: попадание позиции в границы совпадающего участка.

#1132 **MCB** » 05 окт 2019, 21:17

MOCKBA писал(а): ↑
20 май 2019, 17:55
Научился конвертировать VCF файл от Данте в формат familytreeDNA CSV.

Появилась виндовская утилитка "WGS extract" для вытаскивания генотипов в форматах разных лабораторий из результатов полного секвенирования (а также для вытаскивания части БАМ-файла с мтДНК и игрек-хромосомой для загрузки на YFull)

#1133 **MCB** » 09 окт 2019, 03:14

MOCKBA писал(а): ↑
05 окт 2019, 21:17

MOCKBA писал(а): ↑
20 май 2019, 17:55
Научился конвертировать VCF файл от Данте в формат familytreeDNA CSV.
Появилась виндовская утилитка "WGS extract" для вытаскивания генотипов в форматах разных лабораторий из результатов полного секвенирования (а также для вытаскивания части БАМ-файла с мтДНК и игрек-хромосомой для загрузки на YFull)

Сравнил результаты самопальной конверсии из VCF файла с полученным при помощи WGSextract. У меня больше и пропущенных маркеров, и маркеров с разночтениями в генотипе между конвертированными данными Данте и оригинальными данными фтДНК. У WGSextract только 0.5% генотипов расходятся. Посмотрим теперь, как оно будет работать после загрузки на MyHeritage
На YFull уже загрузилось нормально

Alexey_VB · #1134 **Alexey_VB** » 12 окт 2019, 03:39

MOCKBA писал(а): ↑
09 окт 2019, 03:14
Сравнил результаты самопальной конверсии из VCF файла с полученным при помощи WGSextract. У меня больше и пропущенных маркеров, и маркеров с разночтениями в генотипе между конвертированными данными Данте и оригинальными данными фтДНК. У WGSextract только 0.5% генотипов расходятся. Посмотрим теперь, как оно будет работать после загрузки на MyHeritage
На YFull уже загрузилось нормально

я "руками" за минуту делаю клоны аутосомных MyHeritage и в виде файлов Ancestry.txt загружаю в персональные деревья моих подопечных. MyHeritage опознает эти файлы как тесты с FTDNA.

Ekzo555 · #1135 **Ekzo555** » 12 окт 2019, 13:11

Добрый день! Пришли результаты анализов по ДНК. Если ашкеназы = 0 то легенда семьи о еврейке прабабушке не подтверждена? Как трактовать данные результаты? Спасибо друзья!

2019-10-12_13-08-09.png

#1136 **MCB** » 12 окт 2019, 19:26

Ekzo555 писал(а): ↑
12 окт 2019, 13:11
Если ашкеназы = 0 то легенда семьи о еврейке прабабушке не подтверждена? Как трактовать данные результаты?

Нет, об ашкеназской еврейке - не подтверждается ("как и где смотреть" описано в сопутствуещей теме viewtopic.php?f=95&t=5851 , обратите внимание также на возможность посмотреть по количеству и именам совпаденцев и получить дополнительное подтверждение).

Но в целом состав - с 8 процентами "разнообразной Азии" и ближнего востока - необычен, это не "среднестатистическое славянство", и хорошо соответствует гипотезе о неславянской прабабушке в Ростове из какой-то отсутствующей в базах национальности кавказского региона. Возможно, по именам и регионам совпаденцев что-то встанет на свои места...

Есть возможность, что она могла быть горской еврейкой (не исследовал, как они отражаются в анализах майхеритидж, но 23эндМе показывает их под рубрикой "Западная Азия")

Alexey_VB · #1137 **Alexey_VB** » 12 окт 2019, 19:37

Ekzo555 писал(а): ↑
12 окт 2019, 13:11
Добрый день! Пришли результаты анализов по ДНК. Если ашкеназы = 0 то легенда семьи о еврейке прабабушке не подтверждена? Как трактовать данные результаты? Спасибо друзья!

Здравствуйте, результат однозначный и у Вас совершенно правильное мнение.
полагаю, что для расширения поисков загрУзите файл на www.familytreedna.com - за $19 можете узнать мнение этнокалькулятора FTDNA, но не ожидайте открытий (+- 3-4% с результатами MyHeritage). затем с FTDNA загрузИте файл на www.geni.com - тоже пригодится.
также загрузИте на www.gedmatch.com - народ тесты от разных компаний загружает, хороший анализ совпаденцев и можете разными бесплатными этнокалькуляторами воспользоваться.
интересно и на https://ytree.morleydna.com/extractFromAutosomal - узнаете свою Y гаплогруппу.
Удачи!

Alexey_VB · #1138 **Alexey_VB** » 12 окт 2019, 19:50

MOCKBA писал(а): ↑
12 окт 2019, 19:26
Есть возможность, что она могла быть горской еврейкой (не исследовал, как они отражаются в анализах майхеритидж, но 23эндМе показывает их под рубрикой "Западная Азия")

не так давно пытался исследовать тему горских евреев, но мало чего достиг. знаю о проекте 23andMe с "эталонной группой", но окончательных результатов нет. пример теста горской еврейки на MyHeritage

Alexey_VB · #1139 **Alexey_VB** » 12 окт 2019, 19:58

еще пример теста горского еврея

Alexey_VB · #1140 **Alexey_VB** » 12 окт 2019, 20:05

кстати, к Дню Колумба многие компании хорошие скидки объявили, например: MyHeritage $49, американский сайт (через VPN) 23andMe - $79. Sequencing.com 50% Off на услуги

Alexey_VB · #1141 **Alexey_VB** » 12 окт 2019, 20:13

MOCKBA писал(а): ↑
05 окт 2019, 21:17
Появилась виндовская утилитка "WGS extract" для вытаскивания генотипов в форматах разных лабораторий из результатов полного секвенирования (а также для вытаскивания части БАМ-файла с мтДНК и игрек-хромосомой для загрузки на YFull)

может Вам пригодится: "В принципе можно _легко_ сделать файл типа 23andMe для корректной загрузки на гедматч из bam файла от Данте. Совместно с уважаемым Daemon2017 мы составили небольшую инструкцию как вырезать из bam'а Y и MT на компьютере с Win 10. Можно дополнить и тем, как создать VCF для загрузки на Гедматч."
http://forum.molgen.org/index.php/topic ... #msg465781

Хромосома	тесть	жена
1	180	121
2	168	131
3	223	180
4	269	135
5	86	164
6	193	197
7	113	45
8	50	85
9	128	117
10	258	109
11	156	97
12	189	136
13	150	33
14	164	182
15	121	69
16	183	95
17	110	98
18	92	59
19	52	74
20	73	52
21	29	101
22	160	70

Хромосома	тесть	жена
1	180	121
2	168	131
3	223	180
4	269	135
5	86	164
6	193	197
7	113	45
8	50	85
9	128	117
10	258	109
11	156	97
12	189	136
13	150	33
14	164	182
15	121	69
16	183	95
17	110	98
18	92	59
19	52	74
20	73	52
21	29	101
22	160	70

Хромосома	тесть	жена
1	180	121
2	168	131
3	223	180
4	269	135
5	86	164
6	193	197
7	113	45
8	50	85
9	128	117
10	258	109
11	156	97
12	189	136
13	150	33
14	164	182
15	121	69
16	183	95
17	110	98
18	92	59
19	52	74
20	73	52
21	29	101
22	160	70