Это однозначно сестра Вашей прабабушки.
Фамилия для евреев очень редкая, а в Ирбите до революции еврейских семей наверняка было не больше десятка.
Груня (именно в этой форме) - имя, которое вполне могло быть у еврейки; при этом для окружающих русских оно звучит как раз как уменьшительное от Аграфена, так что соседи и знакомые ее могли так и называть - Аграфена.
Марковна - стандартная русификация от Мордуховна (Мордехай, Мордух, Мордке - это было довольно распространенное еврейское имя до революции).
А мне кажется, что этот Стихин - просто однофамилец, ну, или родственник. Именно потому, что "расхождения имеются".
Так семейное дело-то у них было до революции, а после революции он мог и в типографии работать. Ну или речь вообще о его сыне (хотя мы и не знаем, может был у него сын, а может, и нет...)
На эти два вопроса Вам уже ответили, но я еще уточню.
До революции по закону она в документах после крещения могла быть только с новым отчеством, которое давалось по имени крестного отца (т.е., судя по всему, этого крестного звали Александром).
После революции она, в принципе, могла и восстановить отчество по родному отцу, но мне это кажется маловероятным.
А Вы вообще ее какие-то документы видели?
Или это Ваше заключение со слов деда о том, что ее отца звали Марк Кругликов, или из того, что ее сестра была Аграфена Марковна? В таком случае-то никакого несоответствия нет.