Если речь именно про РОПиТ,то официально - нет: это торговый флот.Но сама идея (корень которой - в условиях Парижского договора) создания подразумевала наличие в составе РОПиТа судов,могущих быть переданных в военный флот.Отсюда - и государственная поддержка (иногда прямая,иногда - негласная).Морское ведомство передавало РОПиТу военные транспорты и кое-какие доковые сооружения,а пароходы общества предполагалось,при необходимости,быстро переделывать во вспомогательные крейсера - в какой-то мере это и было сделано уже в 1877-78.Но,насколько я знаю,формально РОПиТ (акционерное общество!) был от военного флота отделен.Хоть в некоторых статьях и употребляют фразы "...формально акционерное общество, но фактическим хозяином которого было военно-морское ведомство. ..."..
И такое тоже было: "... Правление РОПиТа состояло из трех членов от акционеров и трех членов от правительства, в числе этих последних и член от Морского министерства, по давнишнему обычаю, адмирал, флаг-капитан царя. ..." (это из "Воспоминаний" А.Н.Крылова).
В архивном фонде РОПиТа (107-й,в РГИА) есть,конечно,несколько дел с названием вроде: "О сношении с Морским министерством","О сношении с Военным министерством"," Об офицерах ... отправляемых по делам Общества за границу",но на 99,9% - документы там,в чистом виде,это документация коммерческой компании.