ДНК тесты и генеалогия

Сообщение

avramenko · #41 **avramenko** » 30 сен 2009, 00:14

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

#42 **Kaaskop** » 25 окт 2009, 18:35

Ага, т.е. получается, что в табличке возможных родственников, ты сразу же видишь по каждому кол-во этих самых участков половинчатого совпадения с конкретным человеком. Тогда надо писать в первую очередь тому, с кем больше УПСов.

А как тогда с этим состыковывается % DNA Shared?
Вот у меня с одним 0.67%(DNA shared) и 3 УПСа, а с другим 0.56% и 4 УПСа. Я сперва думала, что эти величины взаимосвязаны - чем больше упсов, тем выше процент. А оказывается, что нет.... Вобщем, мне как-то это не очень ясно.

avramenko · #43 **avramenko** » 25 окт 2009, 18:50

Kaaskop писал(а):Ага, т.е. получается, что в табличке возможных родственников, ты сразу же видишь по каждому кол-во этих самых участков половинчатого совпадения с конкретным человеком. Тогда надо писать в первую очередь тому, с кем больше УПСов.

А как тогда с этим состыковывается % DNA Shared?
Вот у меня с одним 0.67%(DNA shared) и 3 УПСа, а с другим 0.56% и 4 УПСа. Я сперва думала, что эти величины взаимосвязаны - чем больше упсов, тем выше процент. А оказывается, что нет.... Вобщем, мне как-то это не очень ясно.

УПСы могут быть длинные и короткие. Значит с первым человеком у вас в среднем более длинные УПСы, чем со втором.
Боюсь соврать, но логика следующая. Если вы находите человека с относительно большим количеством относительно коротких УПСов, то высока вероятность того, что этот человек приходится вам родственником по нескольким линиям сразу (допустим 3 общих прапрапрапрапрапрадеда) а вовсе не близким родственником по одной из линий. А если УПСов несколько и длинных - пахнет близким родством. Такие догадки, почерпнутые у молгеновцев.

#44 **Kaaskop** » 25 окт 2009, 18:57

так как определить длину УПСов?

avramenko · #45 **avramenko** » 25 окт 2009, 18:58

Kaaskop писал(а):так как определить длину УПСов?

относительно

Лебедушка · #46 **Лебедушка** » 26 окт 2009, 00:31

Извините, не увидел последнего поста. Там даже вопрос не в названии фирмы, а в том что именно этот тест у Вас проверял.
а[/quote]

Доброе время суток. По просьбе, некоторых родственников, фамилии не пишу. И подробности, тоже не могу. Отвечаю, что могу. Извините. Я, сдавала не на верояность совпадения, а конкретный мтДНК (женская линия),потому что, именно она волновала немецких родственников(очень им не хочеться быть евреями, а именно совпадение по женской линии). Проверку оплатила на 12 маркеров. Это для очень мало, для очень точного определения, но достаточно чтобы определить, имеем ли мы, общую родственницу. Да, имеем . Они остались очень довольны, потому что, 14-й по счету, не нарушает их арийское происхождение. Но для моих предположений этого достаточно. Не знаю, от куда они берут свою базу, но из того кол-ва людей, которые мне выдали (только цифры), и то кол-во людей которые дали согласие на поиск родственников, один оказался, как раз тот самый родственник, вернее два брата. Я, опять возвращаюсь к написаному, как я могу подтвердить, кроме этого анализа. Один из них, прислал мне копию документа, что такая-то (кстати его древо, начинается как раз из моей, "предположительно" родственницы) в 1713 вечалась в лютеранской церкви с таким-то. Там есть приписка, что она приняла лютеранскую веру. Больше он, ничего не нашел о ней. Ничего не могу сейчас сказать, может быть этот анализ в будущем и пригодиться. А сейчас, это мой взгляд, была просто трата денег. Но все, что не делаеться, делаеться к лучшему. Извините, что не показываю ответ на форуме. Очень хочется, но не могу, дала слово. Да, еще забыла спросить. Подписывали ли Вы, что согласны на публикацию и внесение Вас в списки. У меня , был такой пункт.

#47 **Kaaskop** » 26 окт 2009, 08:43

Да, конечно, у нас спросили согласие - хотим ли мы быть внесенными в общий список и хотим ли, чтобы с напми люди могли вступать в контакт. Впринципе, всегда можно сделать шаг назад - твое имя, мейл и пр нигде не видно, елси ты только в профиле не укажешь свои настоящие данные. А это довольно многие делают, равно как и расписывают свою генеалогию.
Что касается кол-ва маркеров - может Александр знает - я искала на сайте, но не нашла. Помню, когда на это дело подписывалась, читала, что они исследуют бОльшее кол-во маркеров, чем другие .

yvb · #48 **yvb** » 26 окт 2009, 10:19

Не навязываю своё мнение, но по-моему, всё это - пустая трата времени и денег.

#49 **Kaaskop** » 26 окт 2009, 10:27

Люба, конечно, все зависит от конкретной ситуации. Это как с поиском однофамильцев на Одноклассниках:)
Найдете потенциального родственника, доказательств нет , но ниточка есть. Вот и начинаете ее разматывать:)
Я лично рассматриваю это как одну из дополнительных возможностей поиска. Надеюсь, что они сейчас на 23andme этот familyfinder раскрутят(он только пару дней назад появился у них), больше народу даст "добро", и шансы (мои лично) увеличатся. По крайне мере, уже сейчас, даже по генетическим данным анонимов есть те, которые мне могут быть интересы, полезны.

Лебедушка · #50 **Лебедушка** » 26 окт 2009, 16:07

У меня. к этому методу поиска "двоякое" отношение. Хотя сама сдавала, не совсем охотно, по просьбе немецких "родственников", а ощущение "лохотрона" осталось.Почему такое ощущение? Не дает покоя база данных!!! В моем случае, было такое впечатление, что людей просто с похожими фамилиями написали(это про тех, кто дал согласие).

Но, вдруг пригодиться!!!

Делать или не делать, каждый решает сам.

#51 **Kaaskop** » 26 окт 2009, 16:33

Про похожие фамилии ничего сказать не могу, т.к. их никто не знает, пока сам человек тебе не скажет. Там идет сравнение по генотипу и на хромосомном уровне.

Лебедушка · #52 **Лебедушка** » 26 окт 2009, 17:57

Лена, я это все знаю. Про фамилии, это про те, кто дал согласие, и я, с ними выходила на связь. А так, были только цифры. Я, об этом писала. Как один из методов поиска родственников - может быть.

#53 **michael_frm_jrslm** » 26 окт 2009, 18:20

Лебедушка писал(а):Лена, тот тест.

Нет, судя по тому, что Вы пишете дальше, это НЕ ТОТ тест.
Вы же, кстати, так и пишете - "Я, сдавала не на верояность совпадения, а конкретный мтДНК".

Это принципиально другой тест.
Я попробую объяснить, в чем тут дело.

Заранее прошу прощения у всех, кто в общем разбирается в генетике, но начну с базовых вещей.

У человека в клетках 46 хромосом, т.е. 23 пары. В каждой паре одна хромосома от отца, а вторая - от матери. Во всех клетках тела набор хромосом абсолютно одинаковый.
Из этих 23-х пар в 22-х хромосомы (внутри пары) похожие по структуре, а вот в 23-й паре две хомосомы могут быть двух разновидностей. Одна похожа на букву Х, поэтому она так и называется - Х-хромосома, а вторая - это как бы усеченный вариант первой разновидности, с "отрезанной" ножкой, т.е. похожа на букву У, поэтому и называется игрек-хромосомой.
У мужчин одна хромосома принадлежит к разновидности Х, а вторая - к разновидности У. У женщин обе хромосомы относятся к разновидности Х. Это означает, что у женщины одна Х-хромосома пришла от матери, а вторая - от отца; у мужчины Х-хромосома пришла от матери, а У - от отца. Другими словами, У хромосома передается только по прямой мужской линии. Поэтому мы всегда знаем, что она у мужчины получена от отца, от деда с отцовской стороны, от прадеда по прямой мужской линии, от прапрадеда по мужской прямой линии и т.д. А вот все остальные хромосомы, в том числе и Х-хромосома, могут передаваться и от отца и от матери, и к сыну, и к дочери - т.е любая из этих хромосом может быть пришедшей от любого из, скажем, 16 прапра-.

Теперь о "похожести" хромосом и о том, что эта похожесть означает.
Каждая хромосома (включая и Х и У, и остальные 22 пары) состоит из цепочки ДНК (плюс оболочка и еще кое-что, но это неважно). Цепочка ДНК содержит генетическую информацию (гены), а также так называемый "джанк", не несущий генетической информации. В этой цепочке (в каждой хромосоме, независимо от других) могут случайным образом происходить изменения (мутации). Если такое изменение присходит в генном участке, то это, чаще всего, нарушает работу гена и приводит к гибели клетки или зародыша еще на самой ранней стадии его развития. Очень редко мутация оказывается нейтральной (т.е. ни полезной, ни вредной), и еще реже - полезной. Поэтому генные участки могут быть идентичными у людей, не являющихся близкими родственниками.

А вот в "джанке" ситуация иная - поскольку он не кодирует генетической информации, то и мутации в нем сохраняются и передаются следующему поколению. В каждом конкретном месте цепочки ДНК мутации происходят редко (существует механизм исправления таких изменений), но, поскольку цепочка огромная, миллионы звеньев, то где-то на ее протяжении мутация непременно случится.
Есть участки, на которых вероятность таких изменений повышена. Это участки, в которых одна и та же последовательность из трех звеньев (а такие трехзвеньевые кусочки - это минимальная единица информации в ДНК) повторяется много раз подряд (скажем, 20-30 раз). По ряду причин в такую последовательность (для примера, последовательность ААГ-ААГ-ААГ-ААГ-ААГ-ААГ-ААГ-ААГ-ААГ-..ААГ может сравнительно легко добавиться еще один такой же трехзвеный фрагмент - или, наоборот, выпасть. И таких точек в цепочке ДНК очень много - десятки. При этом вероятность изменения в одном конкретном месте невелика. Поэтому у отца и сына такие участки, как правило, будут почти совпадать (или даже просто полностью совпадать), а вот у прадеда и правнука, и тем более при интервале в 6-7 и более поколений, различия будут обязательно.
Соответственно, и у родных братьев эти участки хромосом, полученных от того же родителя (т.е. если эта хромосома у обоих братьев от отца, либо у обоих братьев от матери) будут почти идентичными, а у пятиюродных непременно будут отличаться (даже если получены от одного и того же прапрапрадеда или от одной и той же прапрапрабабки). При этом чем дальше родство, тем больше отличия.

Еще раз подчеркну вот что. Тут важно то, что таких точек, по которым мы сравниваем, много. (30 или 60, а можно и больше. Минимум, про которому сравниваю, это, кажется, 13 точек, если речь идет о У-хромосоме - но в этом случае речь не идет об установлении близкого родства, там другое проверяется. Если будет время и если интересно - напишу отдельно). Так вот, если речь о 30 участках-маркерах, то случайное совпадение по всем или почти всем этим участкам у людей, не являющихся близкими родственниками, практически невероятно. Иными словами, если у двух человек совпадают, скажем, 28 маркеров из 30, или, тем более, 57 из 60 - это практически наверняка двоюродные-троюродные братья (не ловите на слове, мне лень искать точные цифры, так что может быть, не двоюродные-троюродные, а, скажем, троюродные-четвероюродные. Но все это давно и точно просчитано, по всем правилам статистики. Т.е. ответ в конкретном случае на самом деле выглядит примерно так: "с вероятностью 97% вы являетесь либо троюродными либо четвероюродными братьями")

Но при этом надо учитывать следующее. У сына (дочери) примерно половина хромосом от отца, а вторая половина - от матери. У его родного брата (сестры) может быть (и наверняка будет) другой расклад - какие-то хромосомы те же, а какие-то - другие, из второй половины отцовского и мтеринского наборов. Наиболее вероятно, что у родных братьев будут совпадать примерно 23 хромосомы из 46, либо 22, либо 24. С вероятносчью 1 в минус 23-й степени (т.е. примерно 1 на 10 млн) у родных братьев будет полностью идентичный набор (как у однояйцевых близнецов), и с такой же вероятностью - полностью разный. Но, повторяю, скорее всего - совпадут примерно 23 хромосомы. У двоюродных будут совпадать, скорее всего, 6 хромосом (из 23-х следующее поколение получает половину, и из этой половины половина совпадет, а половина - нет), а у троюродных - всего одна или две. У более дальних родственников (в том же поколении) , скорее всего, вообще совпадений хромосом не будет - так что отрицательный результат еще не означает, что речь идет не о родственниках. Но вот совпадение хромосом точно означает, что речь идет о родственниках.

Ну и последнее уточнение. В предыдущем абзаце написано "совпадение хромосом". Это означает на самом деле "хромосомы, полученные от одного и того же предка" (отца-деда-прадеда..., матери-бабки-прабабки...). Сами хромосомы, как было сказано в начале, будут чуть-чуть отличаться вот как раз этими самыми точечными мутациями. При этом совпадений будет больше, чем отличий. И по степени этого отличия можно делать выводы о близости родства - у близких родственников еще не успели накопиться многочисленные отличия,

Надеюсь, я вас не очень утомил. (Хотя в юности я считался вторым по занудливости на нашем курсе

).

#54 **Kaaskop** » 26 окт 2009, 18:32

Хотя в юности я считался вторым по занудливости на нашем курсе ).

Вероятно, с возрастом это изменилось в лучшую сторону:)

Да нет, если серьезно, все интересно и понятно. Спасибо.
Если Вы так хорошо разбираетесь, то задам Вам пару глупых вопросов, ладно?
У меня есть совпадение с одним человеком, который мне выдается как пятиюродный родственник.
Он еврей, что для меня очень важно, т.к. еврейские корни у меня именно по отцовской линии и я ее довольно основательно изучила. Свою родословную он мне достаточно полно расписал, но ни малейшего совпадения я не обнаружила - другой регион проживания, другие личные имена, которые у нас вообще не встречаются и пр.

Какой вывод из этого можно сделать?

Лебедушка · #55 **Лебедушка** » 26 окт 2009, 19:24

Тест который я, делала, то же самое, что Вы описали, только с уклоном по женской линии. Он сложнее и более достоверен, но в принципе тоже самое. В генетике я, не очень хорошо , но разбираюсь. Я не генетик, а медик. Специально избегаю терминов. Я, еще раз хочу акцентировать Ваше внимание, не к методу ДНК, а к базе данных таких фирм.

Lyra · #56 **Lyra** » 15 ноя 2009, 01:20

По моим результатам теста на 23 andme вероятный клик всего с 29 человек.
Из них 1 доступен для контакта.
Скорее всего, это мой одиннадцатиюродный брат с изученными ирландско-шотландскими корнями примерно до 1700 года..О русских и евреях ничего не слышал.

avramenko · #57 **avramenko** » 21 ноя 2009, 19:59

Выше в этой теме шел разговор о целесообразности генетического тестирования. Вот рассказ женщины, которая при помощи ДНК теста смогла найти родственника с общим пра пра пра пра дедом и еще много интересного. Вот статья на английском:
http://jewishgen.blogspot.com/2009/11/d ... story.html

а

#58 **Jorge** » 22 ноя 2009, 07:09

Специально для скептиков. Эта история появилась в Сети 4 года назад: http://www.washingtonpost.com/wp-dyn/co ... 00958.html. Если кто-то предпочитает моё краткое, но русское изложение, то слушайте.
15-летний мальчик, сын спермодонора, решил найти биологического отца. Он сдал, как положено, образец своей ткани на тест Y-хромосомы и стал терпеливо ждать, пока с ним кто-то свяжется. Не прошло и года, как ему написали двое незнакомых между собой мужчин с одинаковой фамилией. Совпадение их Y-хромосомы не оставляло много сомнений в том, что все трое - родственники по чистой мужской линии. От спермобанка мать мальчика знала дату и место рождения спермодонора. Этих данных мальчику, при помощи поискового бюро, хватило для идентификации своего отца. Что было дальше, так же, как и имена участников истории, осталось, по просьбе вновь обретённого отца, за кадром.

Grigoriev · #59 **Grigoriev** » 08 янв 2010, 02:13

Здравствуйте, уважаемые форумчане!

Случайно зашел на Ваш форум и был приятно удивлен... информацией о МолГене, о Гентисе.
Меня зовут Денис Григорьев, я администратор МолГена, Предыстории.. один из основателей компании Гентис.

Я был бы рад, если бы имел возможность ответить лично на любые вопросы, касательно упомянутых ресурсов.
Да и Вам, наверное хорошо, т.к. информация будет "из первых уст"...

Спасибо!

Grigoriev · #60 **Grigoriev** » 08 янв 2010, 02:32

Меня привлек вопрос:

avramenko писал(а):Где можно сделать генетический тест в генеалогических целях?

Я хотел было порекомендовать компанию Гентис, но оказывается не успел. Форумчане уже обмолвились...
Добавлю лишь кратко, что обращаясь в компанию Гентис, Вы:
- сдаете "мазок с внутренней стороны щеки", т.е. не сдаете кровь, не плюете в баночку
- не отправляете биологический образец заграницу
- легко оплачиваете услуги в любом отделении Сбербанка
- получаете информативный отчет на русском языке с картами, схемами - 5-7 листов (собственной разработки, на основе самых актуальных научных публикаций)
- поддерживаете развитие ДНК-генеалогии в России
и мн.др.

Если есть желание, рекомендую скачать, распечатать и прочесть на досуге буклет (всего несколько страниц): http://gentis.ru/pressroom/Gentis_ru_1_2.pdf
[img]http://gentis.ru/pressroom/Gentis_ru_1_2.jpg[/img]

avramenko · #61 **avramenko** » 11 фев 2010, 18:55

На 23andme где я делал генетический тест, отозвалась моя потенциальная пятиюродная сестра!!! Ура! Выясняю с ней, как мы можем быть связаны. Из 998 предсказанных родственников на 23andme она стоит на почетном шестом месте и имеет со мной аж 0,43% общего генетического материала.

Надеюсь мы сможем найти общего предка.
аа

Еврейские корни