ДНК тесты и генеалогия

Сообщение

avramenko · #941 **avramenko** » 30 сен 2009, 00:14

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

#942 **MCB** » 25 апр 2019, 18:07

Simona писал(а): ↑
25 апр 2019, 10:26
стойкий участок

нет, особого резона так думать нет. Стабильных, не разбиваемых рекомбинацией за многие поколения длинных сегментов аутосомной ДНК у людей не обнаружено. Биологически это трудно, надо вывернуть участок хромосомы задом наперед, чтобы рекомбинация инвертированной хромосомы с нормальной создавала нежизненноспособные химеры.

Но familytreedna и не определяют этнический состав по сегментам. Они просто смотрят, какая смесь референтных групп лучше всего описывает ДНК заказчика в целом. Если по сегментам смотреть, какой откуда, то это 23andMe, Ancestry.

Кроме того, поскольку у вас пара мать - сын, то геном сына может быть правильно сфазирован по комбинации данных, и так можно исправить ошибки анализа, связанные с неправильным определением фаз.

#943 **MCB** » 25 апр 2019, 18:11

MOCKBA писал(а): ↑
10 авг 2018, 18:18
https://us.dantelabs.com/collections/ou ... 4thJuly_US
Dante Labs предлагает полное секвенирование генома за $499, с серьезным качеством. Эта недешевая даже после крутых скидок игрушка позволяет определить, кто из ваших совпаденцев по обычным генеалогическим анализам ДНК "настоящий", а кто "совпал случайно" из-за ашкеназской эндогамности, и как давно были общие предки в каждом совпадающем сегменте. Так что в типичном ашкеназском стоге сена "слабых совпаденцев" можно будет отыскать ту самую иголочку. Но тестировать каждого из наших тысяч перспективных совпаденцев за полтыщи баксов все-таки слегка накладно ))

акция на день ДНК, $229 или 199 евро.

#944 **Simona** » 25 апр 2019, 18:12

MOCKBA писал(а): ↑
25 апр 2019, 18:07

Simona писал(а): ↑
25 апр 2019, 10:26
стойкий участок
нет, особого резона так думать нет. Стабильных, не разбиваемых рекомбинацией за многие поколения длинных сегментов аутосомной ДНК у людей не обнаружено. Биологически это трудно, надо вывернуть участок хромосомы задом наперед, чтобы рекомбинация инвертированной хромосомы с нормальной создавала нежизненноспособные химеры.

Но familytreedna и не определяют этнический состав по сегментам. Они просто смотрят, какая смесь референтных групп лучше всего описывает ДНК заказчика в целом. Если по сегментам смотреть, какой откуда, то это 23andMe, Ancestry.

Кроме того, поскольку у вас пара мать - сын, то геном сына может быть правильно сфазирован по комбинации данных, и так можно исправить ошибки анализа, связанные с неправильным определением фаз.

спасибо, потерпим до новых технологий

#945 **Simona** » 26 апр 2019, 21:01

FTDNA продлили скидки на еще 3 дня.
Ценник здесь
https://www.familytreedna.com/learn/gen ... ice-chart/

irinan · #946 **irinan** » 27 апр 2019, 22:38

Пожалуйста помогите разобраться наверное я не правильно заказала тест так как в результате ответ пришел без %. Заказывала Медико-генетический центр МАМА-ПАПА а выполнял молекулярно-генетическая Лаборатория DDC-DNA Diagnostics Center ,Fairfiled,Ohio,USA( Дi Eн Ей Діагностікс Сентер, м.Файрфілд, Огайо, США) Анализ Еврейских маркеров показал Еврейский маркер 1 ( одна аллель) Еврейский маркер 3 ( одна аллель) все по одному родителю. Я не ожидала что так коротко ответ и нет %. Что теперь делать и как понять их ответ . Спасибо. С ув. Ирина

#947 **MCB** » 27 апр 2019, 23:49

irinan писал(а): ↑
27 апр 2019, 22:38
Лаборатория DDC-DNA Diagnostics Center ,Fairfiled,Ohio,USA

Так а вы что заказывали? Как назывался ваш тест, какое заглавие на результатах? Эта компания в Огайо в основном занимается тестированием 21 маркера на отцовство и близкое родство, но когда-то давно они зарегестрировали трейдмарк AncestrybyDNA, потом с ними долго судилась Ancestry, что торговые марки вводят людей в заблуждение, но ничего не добились, до сих пор многие по ошибке покупают допотопный анализ у этой Огайской конторы из-за путаницы. В зависимости от типа анализа они проверяют 176 аутосомных маркеров, 17 STR Y-хромосомы, или неустановленное число по мтДНК. Считается, что они были малопригодны для аназлиза еврейского происхождения еще в былые годы, а сейчас это неприличное старье с технологической точки зрения, меньше сотен тысяч аутосомных маркеров ныне никто не делает. К тому же стоит немало денег. Но для более простой задачи проверки отцовства их технологическая база адекватна, так что из бизнеса они уходить не собираются.

Upd: хорошо разводят лоха ребята, однако. И в России и в Болгарии у них есть подразделения. Анализ на 4 аутосомных маркера, которые они позорным образом боятся даже назвать по научному названию. Четыре!!! He 400000. За 6400 гривен.

irinan · #948 **irinan** » 28 апр 2019, 10:56

Уважаемый Москва да я искала в Киеве что бы они сами отправили мой анализ так как поняла что сама не справлюсь. Стоимость 6 тыс 400 и 2 мес. спустя я получила такой же рез. как Вы показали но по 1 родит. у меня 1 и 3 маркер. Они сказали что можно им прислать ел. письмо и попросить разьяснение. Но я не знаю что можно у них спросить и притом на англ.яз. Извените. Мне теперь другой анализ нужно заказать?Спасибо.

МаркГ · #949 **МаркГ** » 28 апр 2019, 14:26

Simona писал(а): ↑
26 апр 2019, 21:01
FTDNA продлили скидки на еще 3 дня.
Ценник здесь
https://www.familytreedna.com/learn/gen ... ice-chart/

Что вы можете сказать об этой фирме? Я до сих пор не делал тест. У меня была идея, сделать 2 теста - один маме, а другой папе. Насколько это стоящее дело. Где бы вы посоветовали сделать тест. Спасибо.

#950 **MCB** » 28 апр 2019, 17:56

irinan писал(а): ↑
28 апр 2019, 10:56
по 1 родит. у меня 1 и 3 маркер. Они сказали что можно им прислать ел. письмо и попросить разьяснение.

Они, судя по отзывам заказчикам, плохо отвечают на письма, да и есть уже у них в "примерах результатов" (и, наверняка, на 2-й или 3-й странице результатов) немного более подробное объяснение, что означает ваш результат с маркерами I & III ).

Разъяснить его можно двояко, на общем уровне и конкретно по маркерам.

На общем уровне - их анализ очень устарел, но никогда не мог найти еврейские корни, и даже чистого еврея от нееврея не мог толком отличить. Так что это выброшенные деньги. Вот что они пишут, в сокращенном переводе:

https://dnacentre.co.uk/Sample-Jewish-D ... letter.pdf
"Наши еврейские маркеры НЕ ОБЯЗАТЕЛЬНО указывают еврейское происхождение, а задуманы скорее для того, что показать происхождение из тех регионов, где когда-то жили или могли жить евреи. Тем не менее, у 80% современных евреев найдется хотя бы один из 4-х маркеров". Ну, то есть, у 20% евреев ни одного из маркеров не будет, зато они будут у нееврейского населения разных регионов.

"Маркер I самый частый, его много не только у евреев, но и еще больше у славянских и германских народов"

"Маркер II сильнее по значению, и характерен только для Ашкеназских евреев"

"Маркер III наиболее характерен для народов Ближнего Востока, турок, греков, но есть и у евреев, чаще Сефардских"

"Маркер IV характерен для татар. Есть мнение, что предками некоторых евреев были хазары, которые могли быть схожи с татарами"

Ну, то есть с 1-м маркером все логично, у вас есть славянские предки. С 3-м - может быть, были греки предки, но разве по единственному маркеру скажешь с мало-мальской уверенностью. Евреев вроде не видно, но не по таким малоосмысленным результатам бы судить.

Значит, мое мнение однозначное - ни вам, ни кому бы там еще НЕ РЕКОМЕНДУЕТСЯ делать анализы через лабораторию DNA Diagnostic Center / DDC. Они жулики, продают некачественный продукт за жуткие деньги, хотя в конце честно разъясняют, что ваши результаты ничего осмысленного не означают.

А надо ли делать другой анализ, и как переслать образец в одну из уважаемых лабораторий с территории Украины - я не могу подсказать. "Надо или надо" зависит от того, какой вопрос вы хотите решить. Для большинства общих вопросов годится любая лаборатория из "ведущей четверки" familyTreeDNA, Ancestry.com, myHeritage, 23andMe. Но есть отличия и в силе специфических результатов, и в цене. И большинству людей анализы ДНК никак особенно не помогают, ведь, как правило, люди в общих чертах уже знают свое просхождение и своих родственников, и только подтверждают очевидное по ДНК. Вот если у вас какая-то крутая загадка, усыновление, подозрение насчет отцовства, или потерянная близкая ветвь семьи, тогда ставки меняются.

#951 **Simona** » 28 апр 2019, 22:15

МаркГ писал(а): ↑
28 апр 2019, 14:26

Simona писал(а): ↑
26 апр 2019, 21:01
FTDNA продлили скидки на еще 3 дня.
Ценник здесь
https://www.familytreedna.com/learn/gen ... ice-chart/
Что вы можете сказать об этой фирме? Я до сих пор не делал тест. У меня была идея, сделать 2 теста - один маме, а другой папе. Насколько это стоящее дело. Где бы вы посоветовали сделать тест. Спасибо.

смотря какую цель вы преследует, если узнать этнический состав или определиться с ближним родством, то вполне.

P_shymbaliou · #952 **P_shymbaliou** » 30 апр 2019, 05:45

У меня вопрос к тем кто разбирается в генетике лучше чем я. Недавно сделал тест ДНК в Америке. Результаты меня озадачили Согласно тесту я почти на 56% балт, почти на 29 % балканец на 2 с лишним процентов фин и 12% с чем-то восточноевропеец.

Но в тоже время на сайте где выложены результаты теста, есть куча сефардов, еменских евреев, мицрахи, аскенази которые находятся в
Родстве 3rd cousin и у меня с ними по 2- 3 совпадения длинной до 12 см.
Как это понимать? Что является определяющим фактором национальности?

#953 **garchev** » 30 апр 2019, 08:53

МаркГ писал(а): ↑
28 апр 2019, 14:26

Simona писал(а): ↑
26 апр 2019, 21:01
FTDNA продлили скидки на еще 3 дня.
Ценник здесь
https://www.familytreedna.com/learn/gen ... ice-chart/
Что вы можете сказать об этой фирме? Я до сих пор не делал тест. У меня была идея, сделать 2 теста - один маме, а другой папе. Насколько это стоящее дело. Где бы вы посоветовали сделать тест. Спасибо.

Нормальные тесты, со скидками - адекватная цена. Помимо их расшифровки аутосомного анализа, результат можно загрузить на myheritage. В итоге у вас будет две расшифровки с одного анализа. В обратную сторону это не работает (FTDNA разрешает загрузить сторонние данные, но анализ делает за доплату. Бесплатно только поиск совпаденцев).
В целом результаты аутосомного анализа примерно одинаковые на обоих сайтах. Цены во время акций тоже примерно похожи (FTDNA цена ниже, но платная доставка. Myheritage цена чуть выше, но при 2х комплектах доставка бесплатная).

#954 **Simona** » 30 апр 2019, 19:49

garchev писал(а): ↑
30 апр 2019, 08:53

МаркГ писал(а): ↑
28 апр 2019, 14:26
Что вы можете сказать об этой фирме? Я до сих пор не делал тест. У меня была идея, сделать 2 теста - один маме, а другой папе. Насколько это стоящее дело. Где бы вы посоветовали сделать тест. Спасибо.
Нормальные тесты, со скидками - адекватная цена. Помимо их расшифровки аутосомного анализа, результат можно загрузить на myheritage. В итоге у вас будет две расшифровки с одного анализа. В обратную сторону это не работает (FTDNA разрешает загрузить сторонние данные, но анализ делает за доплату. Бесплатно только поиск совпаденцев).
В целом результаты аутосомного анализа примерно одинаковые на обоих сайтах. Цены во время акций тоже примерно похожи (FTDNA цена ниже, но платная доставка. Myheritage цена чуть выше, но при 2х комплектах доставка бесплатная).

Уточню, что из Израиля это можно проделать только через vpn.

Абрашка а-Шомер

Simona писал(а): ↑
30 апр 2019, 19:49
Уточню, что из Израиля это можно проделать только через vpn.

Актуально для Myheritage. С FTDNA проблем нет.

#956 **MCB** » 30 апр 2019, 22:21

Simona писал(а): ↑
30 апр 2019, 19:49
В итоге у вас будет две расшифровки с одного анализа.

MyHeritage тоже больше не позволяет бесплатную загрузку

nick_dovg · #957 **nick_dovg** » 30 апр 2019, 23:23

MOCKBA писал(а): ↑
30 апр 2019, 22:21

Simona писал(а): ↑
30 апр 2019, 19:49
В итоге у вас будет две расшифровки с одного анализа.
MyHeritage тоже больше не позволяет бесплатную загрузку

не знаю, неделю назад загрузил и все сработало

nick_dovg · #958 **nick_dovg** » 30 апр 2019, 23:27

Simona писал(а): ↑
30 апр 2019, 19:49

garchev писал(а): ↑
30 апр 2019, 08:53
Нормальные тесты, со скидками - адекватная цена. Помимо их расшифровки аутосомного анализа, результат можно загрузить на myheritage. В итоге у вас будет две расшифровки с одного анализа. В обратную сторону это не работает (FTDNA разрешает загрузить сторонние данные, но анализ делает за доплату. Бесплатно только поиск совпаденцев).
В целом результаты аутосомного анализа примерно одинаковые на обоих сайтах. Цены во время акций тоже примерно похожи (FTDNA цена ниже, но платная доставка. Myheritage цена чуть выше, но при 2х комплектах доставка бесплатная).
Уточню, что из Израиля это можно проделать только через vpn.

для MHeritage я пользуюсь браузером Tor который анонимизирует IP, это медленнее чем VPN, но зато проще и бесплатно

#959 **MCB** » 30 апр 2019, 23:32

nick_dovg писал(а): ↑
30 апр 2019, 23:23

MOCKBA писал(а): ↑
30 апр 2019, 22:21
MyHeritage тоже больше не позволяет бесплатную загрузку
не знаю, неделю назад загрузил и все сработало

А, ну смотря что считать расшифровкой. На англоязычном сайте они рассказывают, что за список совпаденцев и возможность с ними связаться они не возьмут денег. А вот за анализ этнического происхождения, просмотр по хромосомам, по географии и т.п. - это уже за дополнительную оплату.

Абрашка а-Шомер

nick_dovg писал(а): ↑
30 апр 2019, 23:27
для MHeritage я пользуюсь браузером Tor который анонимизирует IP, это медленнее чем VPN, но зато проще и бесплатно

VPN есть бесплатный. Я использую Hola, - расширение для Google Chrome. Просто и доступно.

borber · #961 **borber** » 04 май 2019, 01:38

Коллеги, зказывал ли кто-нибудь у Dante Labs? Я заказал для нескольких членов семьи, когда у них были скидки, сейчас получил результаты - форматы FASTQ, BAM и VCF. И теперь тупо не могу сообразить, что с этим дальше делать? Гда там искать и где смотреть этнические части, что куда конвертировать? Заранее крайне благодарен за подсказки...