ДНК тесты и генеалогия

Модератор: oztech

Ответить
Сообщение
Автор
Аватара пользователя
avramenko
Сообщения: 209
Зарегистрирован: 10 авг 2009, 18:15
Откуда: Литва, Голландия
Поблагодарили: 8 раз
Контактная информация:

ДНК тесты и генеалогия

#821 Сообщение avramenko » 30 сен 2009, 00:14

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

MOCKBA
Сообщения: 3664
Зарегистрирован: 23 янв 2016, 08:12
Откуда: Америка
Благодарил (а): 1216 раз
Поблагодарили: 1315 раз

ДНК тесты и генеалогия

#822 Сообщение MOCKBA » 19 ноя 2018, 22:27

MOCKBA писал(а): Если уж тратить бОльшие деньги, чем на нынешние (в сезон 50-долларовые анализы), так это на (быстро девешевеющее, но все равно пока исчисляемое сотнями долларов) полное секвенирование геномов. Почти все наши нынешние диллемы с совпадениями (реальное родство или нет, и как давно) разрешимы про наличии данных полного секвенирования.
https://www.veritasgenetics.com/
Момент таки настал - компания Веритас Дженетикс предлагает полный геном с хорошим качеством секвенирования за $199. Конечно, и вам, и вашему совпаденцу придется сделать по анализу, прежде чем станет понятно, полноразмерное ли это совпадение или наложение совпадающих сегментиков от разных родителей, и насколько давно у каждого сегмента на самом деле был общий предок.
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

MOCKBA
Сообщения: 3664
Зарегистрирован: 23 янв 2016, 08:12
Откуда: Америка
Благодарил (а): 1216 раз
Поблагодарили: 1315 раз

ДНК тесты и генеалогия

#823 Сообщение MOCKBA » 20 ноя 2018, 05:51

MOCKBA писал(а): https://www.veritasgenetics.com/
Момент таки настал - компания Веритас Дженетикс предлагает полный геном с хорошим качеством
Они за 6 часов все распродали, но с встречным предложением $199 выступили их конкуренты, Данте Лабз:
https://us.dantelabs.com/
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

Аватара пользователя
napobo3
Сообщения: 100
Зарегистрирован: 06 июн 2010, 16:59
Благодарил (а): 89 раз
Поблагодарили: 33 раза

ДНК тесты и генеалогия

#824 Сообщение napobo3 » 20 ноя 2018, 08:58

Прежде чем заказывать у Веритаса надо убедиться, что они предоставят вам ваш BAM файл. Если нет - то не стоит.

MOCKBA
Сообщения: 3664
Зарегистрирован: 23 янв 2016, 08:12
Откуда: Америка
Благодарил (а): 1216 раз
Поблагодарили: 1315 раз

ДНК тесты и генеалогия

#825 Сообщение MOCKBA » 20 ноя 2018, 09:14

napobo3 писал(а): Прежде чем заказывать у Веритаса надо убедиться, что они предоставят вам ваш BAM файл. Если нет - то не стоит.
У них заказывать уже поздно, а VCF-файл вам не сгодится?
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

Аватара пользователя
napobo3
Сообщения: 100
Зарегистрирован: 06 июн 2010, 16:59
Благодарил (а): 89 раз
Поблагодарили: 33 раза

ДНК тесты и генеалогия

#826 Сообщение napobo3 » 20 ноя 2018, 09:27

Нет, мне нужен BAM.
https://github.com/tkrahn/extract23

MOCKBA
Сообщения: 3664
Зарегистрирован: 23 янв 2016, 08:12
Откуда: Америка
Благодарил (а): 1216 раз
Поблагодарили: 1315 раз

ДНК тесты и генеалогия

#827 Сообщение MOCKBA » 22 ноя 2018, 04:27

napobo3 писал(а): Нет, мне нужен BAM.
https://github.com/tkrahn/extract23
Вся та же информация есть и в VCF, только проще закодирована, а вот реальный вопрос - кому нужен генотип в таком формате, какая с него польза?
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

Аватара пользователя
napobo3
Сообщения: 100
Зарегистрирован: 06 июн 2010, 16:59
Благодарил (а): 89 раз
Поблагодарили: 33 раза

ДНК тесты и генеалогия

#828 Сообщение napobo3 » 22 ноя 2018, 13:35

BAM содержит все прочтения, а VCF - только отдельные позиции.
Упомянутая выше утилита создает 23andme-совместимый файл из BAM файла. Полученный файл можно загружать в Гедмач и в ФТДНА.
Это только один пример использования этого формата.

Juras
Сообщения: 5
Зарегистрирован: 19 авг 2018, 14:58

ДНК тесты и генеалогия

#829 Сообщение Juras » 23 ноя 2018, 17:57

На FTDNA чёрная пятница продлится до 26 ноября... Скидки на все тесты! :yahoo:

Nикола
Сообщения: 1
Зарегистрирован: 05 дек 2018, 10:38
Откуда: Днепропетровск

ДНК тесты и генеалогия

#830 Сообщение Nикола » 05 дек 2018, 11:00

Живу в Днепропетровске, а родом из Строгановки, Приазовского р-на, здесь есть карта расположения Строгановки http://babanovka.dp.ua . Хотим с женой подтвердить свои еврейские корни, если возможно, при помощи ДНК анализа. Насколько это эфективно и где такое у нас делают, спасибо.

Alexey_VB
Сообщения: 237
Зарегистрирован: 07 окт 2016, 11:41
Благодарил (а): 109 раз
Поблагодарили: 64 раза

ДНК тесты и генеалогия

#831 Сообщение Alexey_VB » 05 дек 2018, 13:28

Nикола, с какой целью подтверждение еврейства? есть соответствующие разделы/темы на форуме. Насколько знаю, компании делающие тесты находятся в США. По признанию раввинатом результатов ДНК анализа (на форуме где-то обсуждали viewtopic.php?p=179599#p179599) - Вам ответят в раввинате и более компетентные в данной области, но консулу в Посольстве Израиля в первую очередь нужны оригинальные старые документы viewforum.php?f=199
Зыман (Сувалки, Гродно), Бородкин (Белая Церковь, Харьков), Мельницкий (Сувалки, Гродно), Гуревич (Мстиславль, Гадяч), Гофман (Ромны, Гадяч)

Alexey_VB
Сообщения: 237
Зарегистрирован: 07 окт 2016, 11:41
Благодарил (а): 109 раз
Поблагодарили: 64 раза

ДНК тесты и генеалогия

#832 Сообщение Alexey_VB » 05 дек 2018, 13:31

Добрый день, получены результаты тестов на этническую принадлежность в MyHeritage https://a.radikal.ru/a14/1811/b7/035b08f4c2fc.jpg - появились в огромном числе (тысячи) "совпаденцы" (с 1-2% и менее). Также загрузил результаты на http://www.gedmatch.com и там тоже тысячи "совпаденцев". Тема далека от моих профессиональных знаний, где можно прочитать: как оценивать результат сравнения тестов? По каким параметрам можно понять родственники или нет? Или по данному тесту на этническое происхождение (аутосомный тест) такое сравнение не возможно?
Например, такое сравнение на GEDmatch с возможной родственницей:
Minimum threshold size to be included in total = 500 SNPs
Mismatch-bunching Limit = 250 SNPs
Minimum segment cM to be included in total = 7.0 cM

Chr Start Location End Location Centimorgans (cM) SNPs
1 144,155,913 158,052,049 12.9 1,044
11 27,149,291 36,091,490 9.9 870
Largest segment = 12.9 cM
Total of segments > 7 cM = 22.9 cM
2 matching segments
Estimated number of generations to MRCA = 4.6
292908 SNPs used for this comparison.
Последний раз редактировалось Alexey_VB 05 дек 2018, 13:45, всего редактировалось 1 раз.
Зыман (Сувалки, Гродно), Бородкин (Белая Церковь, Харьков), Мельницкий (Сувалки, Гродно), Гуревич (Мстиславль, Гадяч), Гофман (Ромны, Гадяч)

Аватара пользователя
napobo3
Сообщения: 100
Зарегистрирован: 06 июн 2010, 16:59
Благодарил (а): 89 раз
Поблагодарили: 33 раза

ДНК тесты и генеалогия

#833 Сообщение napobo3 » 05 дек 2018, 13:39

Вам сделали тест аутосомной ДНК. 37 маркеров - это тест Y ДНК, он нужен если Вас интересует родство по мужской линии. Аутосомный тест показывает родство по всем предковым линиям на небольшой глубине (до 6-8 поколений назад).

Alexey_VB
Сообщения: 237
Зарегистрирован: 07 окт 2016, 11:41
Благодарил (а): 109 раз
Поблагодарили: 64 раза

ДНК тесты и генеалогия

#834 Сообщение Alexey_VB » 05 дек 2018, 18:40

napobo3 писал(а): Вам сделали тест аутосомной ДНК. 37 маркеров - это тест Y ДНК, он нужен если Вас интересует родство по мужской линии. Аутосомный тест показывает родство по всем предковым линиям на небольшой глубине (до 6-8 поколений назад).
спасибо быстрый за ответ, но вопрос был: как понять результаты сравнения двух тестов?
Зыман (Сувалки, Гродно), Бородкин (Белая Церковь, Харьков), Мельницкий (Сувалки, Гродно), Гуревич (Мстиславль, Гадяч), Гофман (Ромны, Гадяч)

MOCKBA
Сообщения: 3664
Зарегистрирован: 23 янв 2016, 08:12
Откуда: Америка
Благодарил (а): 1216 раз
Поблагодарили: 1315 раз

ДНК тесты и генеалогия

#835 Сообщение MOCKBA » 05 дек 2018, 20:47

Alexey_VB писал(а): результаты сравнения двух тестов?
Общие соображения по определению родства по совпадениям в аутосомным тестах есть в прикрепленном сообщении
Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами
А конкретные рецепты, на что смотреть, что игнорить, разнятся у всех советчиков. Если у ашкеназов вольше 3% / 200 сМ совпадает, то почти наверняка настоящая родня, а если меньше, то кто смотрит на максимальные сегменты (подавай им 20 или даже 40 сМ), кто сравнивает сразу несколько родственников, кто игнорит совпаденцев, про которых ничего многообещающего не совпадает среди перечисленых фамилий предков и географии.
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

Alexey_VB
Сообщения: 237
Зарегистрирован: 07 окт 2016, 11:41
Благодарил (а): 109 раз
Поблагодарили: 64 раза

ДНК тесты и генеалогия

#836 Сообщение Alexey_VB » 05 дек 2018, 21:05

MOCKBA, спасибо за ссылки и комментарий, все сложнее, чем я думал ;)) придется изучать вопрос глубже, здесь тоже http://forum.molgen.org/index.php/topic ... #msg347090
Зыман (Сувалки, Гродно), Бородкин (Белая Церковь, Харьков), Мельницкий (Сувалки, Гродно), Гуревич (Мстиславль, Гадяч), Гофман (Ромны, Гадяч)

MOCKBA
Сообщения: 3664
Зарегистрирован: 23 янв 2016, 08:12
Откуда: Америка
Благодарил (а): 1216 раз
Поблагодарили: 1315 раз

ДНК тесты и генеалогия

#837 Сообщение MOCKBA » 05 дек 2018, 21:43

Alexey_VB писал(а): все сложнее, чем я думал ;)) придется изучать вопрос глубже, здесь тоже http://forum.molgen.org/index.php/topic ... #msg347090
(По-моему они обсуждают, нельзя ли определить, есть ли у человека предки ашкеназы, просто по количеству совпадений - а это разумный вопрос, но другой вопрос)

Два слова предостережения только, коли вы собираетесь заниматься самообразованием по-русски. Во-первых, ДНК для еврейской генеалогии массово используют американцы, по понятным причинам - у них не хватает навыков, чтобы копать русскоязычные источники по предкам, а на серьезных платных исследователей не хватает денег ... а тут что типа сразу доступное и недорогое. Для российского же генеалогического мирка ДНК - это, наоборот, дорого и относительно менее полезно, и поэтому наши дискуссии о примемениях ДНК изобилуют резкими и зачастую необоснованными мнениями настоящих упертых энтузиастов.

Во-вторых, oсобенно часто люди не понимают значения слова "эндогамия" и путают с браками между двоюрдными...

Aнализируя самых старых родственников (из поколений дедов и прадедов, если возможно) вы подбираесь ближе к общим предкам. Если хотите без лишних сомнений использовать совпадения ДНК (то есть ограничиваться 200+ сМ), то не забывайте протестировать побольше народа постарше!

Eсли у вас уже есть гипотеза, где именно к вашему древу присоединяется та ли иная ветвь родни, то ДНК легко может навести ясность в такие догадки. Именно так я ее и использовал в своем древе. Опять-таки для успеха нужен не собственно ваш лично результат анализа, а несколько результатов именно на тех ветках, которые вы надеетесь соединить, и чем "старше", тем лучше.
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

Juras
Сообщения: 5
Зарегистрирован: 19 авг 2018, 14:58

ДНК тесты и генеалогия

#838 Сообщение Juras » 10 дек 2018, 15:50

Праздничные скидки на FTDNA действуют до конца года... Сейчас ещё добавили к скидкам и купоны на 5% (заказ <$100) и 10% (заказ >$100) (Big Y =$450 !!!) + до 16 декабря доставка обойдётся $9,95

MOCKBA
Сообщения: 3664
Зарегистрирован: 23 янв 2016, 08:12
Откуда: Америка
Благодарил (а): 1216 раз
Поблагодарили: 1315 раз

ДНК тесты и генеалогия

#839 Сообщение MOCKBA » 15 дек 2018, 03:20

Ора Дар, одна из руководителей Израильской Национальной Иницативы по Геномной и Персональной Медицине в рамках проекта "Мозаика" (Псифас) с бюджетом в миллиард шекелей, выступила на сайте новостей геномной индустрии Genomeweb с более подробным описанием проекта.

Он планируют за три года полностью просеквенировать 100-200 тысяч геномов всех этнических групп Израиля, как здоровых добровольцев, так и групп риска и заболеваний. Первый набор участников планируется во 2-м квартале 2019 года.
Проект позволит тщательно охарактеризовать генетические варианты евреев, скрытые пока между СНИПами стандартных чипов, и создать таким образом базу для анализа совпадений между геномами, свободного от ограничений, связанных с ашкеназской эндогамией.
https://biomedmanagement.tau.ac.il/dt_team/ora-dar/
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

MOCKBA
Сообщения: 3664
Зарегистрирован: 23 янв 2016, 08:12
Откуда: Америка
Благодарил (а): 1216 раз
Поблагодарили: 1315 раз

Словарь еврейских фамилий из Российской Империи. А. Бейдер

#840 Сообщение MOCKBA » 17 дек 2018, 22:47

Пример ситуации, когда фамилия предка была неоднозначна (могла быть и еврейской, и славянской) и вероисповедание было уже христианское, но анализ ДНК однозначно показал еврейские корни именно по линии этой фамилии
sergei095 писал(а): Предположительно, Посельские были крещёные евреи в Верхнеудинском округе Иркутской губернии, сосланные в Сибирь с территории бывшей Польши. Анализ ДНК указывает на еврейское происхождение
Фамилия гораздо распространеннее у христиан, чем у евреев. Если пролистать списки жертв ВОВ ( https://pamyat-naroda.ru/heroes/?last_n ... eki&page=1 ) то сразу оказывается, что фамилия была весьма распространена и в Бурятии. и в Якутии, но также еще в Архангельской области. В Первую мировую Посельские также носят христианские имена, но самое большое распространение их в Волынской губернии (https://gwar.mil.ru/heroes/?last_name=% ... son&page=1 ) Поскольку найти фамилию у евреев в тех местах не удалось, то есть резон усомниться в правильной интерпретации результата ДНК (анализов много разных, и не все методы интерпретации заслуживают уважения, к сожалению). Поэтому можно поподробнее объяснить про ДНК?
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

sergei095
Сообщения: 9
Зарегистрирован: 17 дек 2018, 09:44
Благодарил (а): 4 раза
Поблагодарили: 3 раза

Словарь еврейских фамилий из Российской Империи. А. Бейдер

#841 Сообщение sergei095 » 17 дек 2018, 23:57

MOCKBA писал(а): ... можно поподробнее объяснить про ДНК?
Анализ проводился американской компанией 23andme, которая является одним из крупнейших предоставителей подобного рода услуг в США. У них большая генетическая база данных, особенно по населению европейского происхождения, и особенно по евреям ашкенази. ДНК ашкенази устанавливается с высокой степенью уверенности в силу чистоты имеющихся образцов. К моему удивлению, у меня обнаружилась принадлежость 22% моей ДНК к ашкенази, а у моего отца - 48.5% (практически половина!). Вполне возможно, что отец моего отца был почти чистокровным евреем. К сожалению, он умер когда моему отцу было всего пять лет, и о нём сохранилось очень мало информации. Я думаю, что результаты анализа ДНК весьма достоверные, и мне хотелось бы раскрыть тайну происхождения моего деда.

Ответить

Вернуться в «Я не уверен, что мои предки - евреи...»