ДНК тесты и генеалогия

Модератор: oztech

Сообщение
Автор
Аватара пользователя
avramenko
Сообщения: 215
Регистрация: 10.08.2009
Откуда: Литва, Голландия
Поблагодарили: 5 раз
Контактная информация:

ДНК тесты и генеалогия

#621 Сообщение avramenko » 30 сен 2009, 00:14

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

Берта
Сообщения: 191
Регистрация: 20.09.2015
Благодарил (а): 62 раза
Поблагодарили: 52 раза

ДНК тесты и генеалогия

#622 Сообщение Берта » 09 фев 2018, 03:15

MOCKBA писал(а):Источник цитаты
Берта писал(а):Источник цитаты И какой участок на 17 й хромосоме?
17:43057065. Ген хорошо известный, BRCA1, это в основном женские раки груди и яичников, но в редких случаях поджелудочная, агрессивные формы рака предстательной железы у мужчин. Рак желудка совсем редко, а крови - можно считать, никакой связи.
Есть и другие распространенные наследственные предрасположенности к раку, но эта единственная, пришедшая к ашкеназам от славян


Интересно, я всегда считала, что БРАКА - древние гены. Где-то прочла, что испанцы, насильно окрестив евреев, все равно относились к ним с подозрением, и старались выслать куда-нибудь при первой же возможности. Вот так "марранос" оказались в экспедиции Кортеса, а потом - в Мексике. И у мексиканцев есть общие участки с евреями, и БРАКА у них оттуда же, но я не помню, 1 или 2.
Векслеры из Смоленска, Гельманы из Могилева.
У-гаплогруппа Векслеров - R-BY3314

MOCKBA
Сообщения: 2413
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 890 раз
Поблагодарили: 820 раз

ДНК тесты и генеалогия

#623 Сообщение MOCKBA » 09 фев 2018, 03:33

Берта писал(а):Источник цитаты И у мексиканцев есть общие участки с евреями, и БРАКА у них оттуда же, но я не помню, 1 или 2.
Не надо путать гены с мутациями (в этой паре генов у ашкеназов несколько мутаций, и все с разными историческими судьбами). Ашкеназская мутация в BRCA2 самая исторически недавняя, и у других народов отсутствует.
"Древняя" мутация в BRCA1 (традиционно известная как 185delAG) есть и у ашкеназов, и у сефардов, и у евреев-багдадим. (Она же есть и у неевреев, но в большинстве случаев возникшая независимо ... еще 20 лет назад я одним из первых доказал, что у многих англичан эта мутация возникла независимо, а не пришла от неизвестных еврейских праотцов и праматерей) Про нее-то и бытовало представление, что она еще со времен Вавилонского пленения, и оттого существует в Ираке. Но более свежее исследование делает вывод, что в Багдад эта знаменитая мутация пришла от странствующих ашкеназов, и что ей не более тысячи лет. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3548269/)
От евреев она и в Латинской Америке. Она же распространена и в Южной, Юго-Восточной Азии, и я полагал, что и туда она пришла с потомками португальских сефардов, но это исследование утверждает, что в Малайзии 185delAG вовсе нееврейского происхождения.
Третья "ашкеназская" мутация, в BRCA1 (традиционно известная как 5382insC), пришла к евреям от славян, но распространена по всей восточной и центральной Европе, от Скандинавии до Греции. Предположительно ей примерно 1300 лет, и ее корни в Дании / Южнобалтийском регионе.
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

MOCKBA
Сообщения: 2413
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 890 раз
Поблагодарили: 820 раз

ДНК тесты и генеалогия

#624 Сообщение MOCKBA » 13 фев 2018, 05:27

Моя старая коллега Lara Diamond (в генеалогической жизни - блоггер, руководитель нескольких небольших проектов на ДГ, и председатель Еврейского Генеалогического об-ва в Балтиморе, а по жизни програмист) собирает базу по распределению величин совпадений ДНК у ашкеназов. Ее надежда - это что удастся рассчитать, насколько редко у ашкеназов, которые по-настоящему состоят в близком родстве, оказывается заметно больше совпадений, чем предказано. Пока набрала 4 тысячи пар родственников, и просит еще пар людей, у которых родство доподлинно известно, и есть результаты анализа. Есть желающие поделиться инфой?
https://larasgenealogy.blogspot.com/201 ... urvey.html
https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIp ... w/viewform
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

MOCKBA
Сообщения: 2413
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 890 раз
Поблагодарили: 820 раз

ДНК тесты и генеалогия

#625 Сообщение MOCKBA » 16 фев 2018, 01:51

Акция на полное секвенирование ДНК ( $999). Результаты такого анализа для пары совпаденцев позволяют отличить истинные совпадения по причине наличия недавних общих предков (4-5-6 поколений назад) от совпадений случайных, обусловленных древней эндогамией, Удовольствие дороговато для того, чтобы таких способом разбираться с каждым совпаденцем. Но, может, кому-то и поможет для какой-то собо интересной загадки.
http://campaign.r20.constantcontact.com ... 5be229302e
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

SJAJ
Сообщения: 16
Регистрация: 14.02.2018
Благодарил (а): 6 раз

ДНК тесты и генеалогия

#626 Сообщение SJAJ » 16 фев 2018, 23:44

mikev писал(а):
MOCKBA писал(а):Источник цитаты что они самые настоящие династические потомки Аарона


Вообще-то мне казалось что левиты не обязаны быть потомками Аарона, а просто происходить из определенного племени.
А членство в племени... здесь совсем неочевидно какие были правила в ранние времена. Какое-то причисление было наверно возможно, например зятя добавить? (в более поздние времена известны случаи когда зятья брали фамилию от жены, если тесть был видным... например видным раввином.)

Поэтому то что похоже все ашкенази левиты имеют только одну гаплогруппу немного удивляет... хотя именно немного, если всех ашкеназийских евреев было <400 человек лет 800 назад, то там мог быть только один левит, или несколько родственных левитов.... а могло и вообще не быть.


Один профессиональный генетик изучающий метку в ДНК Cohen сказал, что есть факт того что после разрушения второго храма Cohen и Levi заключали браки, еще как утверждают профессионалы mtDNA у Арона тоже J1

MOCKBA
Сообщения: 2413
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 890 раз
Поблагодарили: 820 раз

ДНК тесты и генеалогия

#627 Сообщение MOCKBA » 02 мар 2018, 05:35

23andMe начинает новый тип результатов об этно-региональном составе, сначала для новых покупателей и "через несколько недель" - для старых. Из блога компании совершенно непонятно, дополняет ли это новшество старый результат по этническому составу "по 31 регионам и народам", или это что-то совершенно новое, основанное только на географии совпаденцев. На картинке - каждая страна получила точку разной "жирности", но раскраска карты - по континентам, а не по старым 31 этно-регионам (например, на картинке Восточная и Западная Европа - одного цвета, и Турция с ними вместе, а в списке 31 регионов они различались). В общем, кто получит новый результат - расскажите, пожалуйста. Не исключено, что для ашкеназов это окажется бесполезным. Ждем.
Да, а в "старом" репорте они "по просьбам трудящихся" переименовывают Якутов в Сибиряков. Такое усовершенствование...
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

MOCKBA
Сообщения: 2413
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 890 раз
Поблагодарили: 820 раз

ДНК тесты и генеалогия

#628 Сообщение MOCKBA » 02 мар 2018, 07:40

michael_frm_jrslm писал(а):Источник цитаты
MOCKBA писал(а):Источник цитаты но с определенными исключениями.
Это как?

"Древний раввинический принцип - не считать, что ребенок мамзер, если доказательства не настолько сильны, что сомнения невозможны" (то есть если муж и жена живут вместе, то ребенок не будет сочтен мамзером; вот если они разошлись без гета, то дело может быть плохо). Но век ДНК меняет ставки. Очень подробное исследование, по-английски, к сожалению.
Также традиционно, спасение мамзера было в само-изгнании из общины. Переехав на новое место и влившись в новую "не знающую подробностей" общину, бывший мамзер, по закону проклятый на 10 колен, восстанавливался в правах, и тогда уже лишить бывшего мамзера законных прав не полагалось.
http://jewishweek.timesofisrael.com/doomed-at-birth/
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

MOCKBA
Сообщения: 2413
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 890 раз
Поблагодарили: 820 раз

ДНК тесты и генеалогия

#629 Сообщение MOCKBA » 02 мар 2018, 23:13

MOCKBA писал(а):Источник цитаты Из блога компании совершенно непонятно, дополняет ли это новшество старый результат по этническому составу "по 31 регионам и народам", или это что-то совершенно новое, основанное только на географии совпаденцев. На картинке - каждая страна получила точку разной "жирности", но раскраска карты - по континентам, а не по старым 31 этно-регионам (например, на картинке Восточная и Западная Европа - одного цвета, и Турция с ними вместе, а в списке 31 регионов они различались).
Первый новый результат. Репорт действительно сильно переменился, переменились и цифры. В каждом новом "широком регионе" указано, какая одна страна региона наиболее вероятна (а если щелкнуть дальше, то появится и список дополнительных стран по региону, и насколько они сравнимы по вероятности).
В данном примере блоггер смешанного ирландско-норвежско-сирийского происхождения.
Старый репорт давал 5.5% ближневосточно-североафриканской ДНК, без особой специфики. Новый показывает почти 15% с Ближнего Востока, и предполагаемая страна происхождения - действительно, Сирия. (Ранее часть этой ДНК проходила как южно-европейская, и, видимо, до сих пор еще проходит, поскольку примерно четверть ДНК на самом деле из Сирии).
Старый репорт показывал 3% скандинавской ДНК, а ожидалось примерно четверть от Норвежского предка (остальная ДНК из этого источника проходила как "неопределившияся Северо-Западная Европа). Новый показывает 19% скандинавской ДНК, и предполагаемая страна происхождения - действительно, Норвегия.
Старый репорт предполагал 10% англо-ирланской ДНК (на самом деле из Ирландии). Новый дает 20%, и предполагаемая страна происхождения - действительно, Ирландия. Франко-германский компонент тоже почти удвоился, с 8 до 14%, но страна происхождения, видимо, не определилась.
Таким образом, можно ожидать, что новые результаты этнического состава позволят уменьшить процент "неопределившейся региональной ДНК" и с большей точностью указать родные страны дедушек-бабушек, а иногда, возможно, и более удаленных предков.

ПРОДОЛЖЕНИЕ.... viewtopic.php?p=162528#p162528
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

Аватара пользователя
Nison
Сообщения: 6167
Возраст: 40
Регистрация: 17.07.2009
Откуда: Кострома
Благодарил (а): 200 раз
Поблагодарили: 834 раза
Контактная информация:

ДНК тесты и генеалогия

#630 Сообщение Nison » 04 мар 2018, 08:57

MOCKBA писал(а):Источник цитаты
michael_frm_jrslm писал(а):Источник цитаты Это как?

"Древний раввинический принцип - не считать, что ребенок мамзер, если доказательства не настолько сильны, что сомнения невозможны" (то есть если муж и жена живут вместе, то ребенок не будет сочтен мамзером; вот если они разошлись без гета, то дело может быть плохо). Но век ДНК меняет ставки. Очень подробное исследование, по-английски, к сожалению.
Также традиционно, спасение мамзера было в само-изгнании из общины. Переехав на новое место и влившись в новую "не знающую подробностей" общину, бывший мамзер, по закону проклятый на 10 колен, восстанавливался в правах, и тогда уже лишить бывшего мамзера законных прав не полагалось.
http://jewishweek.timesofisrael.com/doomed-at-birth/

не проклятый
и не на 10, а на всегда
Руппо, Дрейзеншток, Гаухман (Камень, Лепельского района). Пуховицкий, Ефес, Рендар (Староселье, Шкловского района). Эйдельштейн (Мозырь). Эпштейн (Рига). Папков (Витебская область)

MOCKBA
Сообщения: 2413
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 890 раз
Поблагодарили: 820 раз

ДНК тесты и генеалогия

#631 Сообщение MOCKBA » 05 мар 2018, 22:34

Nison писал(а):Источник цитаты не на 10, а на всегда
לא יבא ממזר בקהל יהוה גם דור עשירי לא יבא לו בקהל יהוה
Значение интерпретируется как "навеки", но буквально сказано конкретно "до десятого колена"
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

Аватара пользователя
Nison
Сообщения: 6167
Возраст: 40
Регистрация: 17.07.2009
Откуда: Кострома
Благодарил (а): 200 раз
Поблагодарили: 834 раза
Контактная информация:

ДНК тесты и генеалогия

#632 Сообщение Nison » 05 мар 2018, 22:37

MOCKBA писал(а):Источник цитаты
Nison писал(а):Источник цитаты не на 10, а на всегда
לא יבא ממזר בקהל יהוה גם דור עשירי לא יבא לו בקהל יהוה
Значение интерпретируется как "навеки", но буквально сказано конкретно "до десятого колена"

буквально сказано: "также десятое поколение"
Руппо, Дрейзеншток, Гаухман (Камень, Лепельского района). Пуховицкий, Ефес, Рендар (Староселье, Шкловского района). Эйдельштейн (Мозырь). Эпштейн (Рига). Папков (Витебская область)

MOCKBA
Сообщения: 2413
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 890 раз
Поблагодарили: 820 раз

ДНК тесты и генеалогия

#633 Сообщение MOCKBA » 06 мар 2018, 22:34

23andMe получила разрешение на продажу анализа на три еврейских мутации в генах BRCA1/2, которые встречаются примерно y 1 из 40 Ашкеназов, и вызывают львиную долю раков груди, яичников, а также часть раков поджелудочной железы, предстательной железы и др. у Ашкеназов.
(Старые версии анализов от той же компании в 2010-2013 гг уже включали эти три маркера, но лаборатория была вынуждена удалить их из анализа под давлением правительственного агентства FDA, которое в первую очередь было озабочено тем, как женщины могут воспринять отрицательный результат, не придут ли они к ложному выводу, что рак им вовсе не грозит. Исследование "понятности" результатов убедило FDA, что заказчики способно правильно понять положительные и отрицательные результаты).

Цена останется прежней, когда "через несколько недель" апгрейд произойдет.

В пресс-релизе компания отмечает, что примерно у половины носителей этих мутаций не было близких родственников, больных раком, и поэтому раньше им никогда не дали бы направление на анализ генов BRCA1/2 от лечащего врача, и они бы остались в неведении о своих опасных мутациях. Кроме того, многие носители этих мутаций вообще не были уверены в своем происхождении от ашкеназских евреев до анализа ДНК.
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

ingbert
Сообщения: 32
Регистрация: 03.06.2017
Благодарил (а): 16 раз
Поблагодарили: 5 раз

ДНК тесты и генеалогия

#634 Сообщение ingbert » 24 мар 2018, 02:00

vitalyka писал(а):Источник цитаты Alexey_VB, вы не указываете вашу этническую принадлежность, но, если допустить вы ашкеназийский еврей (сайт уж больно располагает), то, как уже заметил MOCKBA, аутосомные тесты (типа ФФ или 23иЯ) для вас практического смысла не имеют. Вы получите порядка 10000 родственников, что безусловно утвердит вас во мнении, что "все люди братья", но ведь нам это уже и так давно известно из курса истории КПСС.
Исключением являются круглые сироты, подкидыши и евреи, воспитанные (в должной традиции, разумеется) бабуинами в джунглях. Если вы один из них, то у вас есть шанс обрести родного брата или сестру, о которых вы ничего не знаете в силу указанных обстоятельств. Правда, вероятность такой удачи приблизительно равна самой вероятности быть воспитанником медведя Балу.
давно так , извиняюсь, не ржал.
Но , как ни странно, весь пост очень даже по делу.

Рекомендация Алексею, если вы по отеческой линии участвуете в мировом еврействе. Не откажите себе в удовольствии узнать свои и STR и SNP. 37 STR от FTDA штук дадут вам возможность увидеть кровный свой род (ню) лет на 500-600 назад, без всякой генеалогической поддержки, разумеется, только географию. С SNP посложнее, но oн безусловно вам тоже будет нужен , что бы определиться с местом на дереве создателя , но вам может потребоваться несколько итераций. Зная набор STR, можно разумней предположить с какого конца с SNP начать.

как то так.
Удачи.

ingbert
Сообщения: 32
Регистрация: 03.06.2017
Благодарил (а): 16 раз
Поблагодарили: 5 раз

ДНК тесты и генеалогия

#635 Сообщение ingbert » 24 мар 2018, 02:20

Nison писал(а):Источник цитаты Я из-за этой же ссылочки писал, и до этого у Колесова обращал внимание.Галаха считает по матери из-за того, что так в Торе написано только.Коэнство по отцу передается.


Ну в Танахе написано только "не отдавайте дочерей ваших.... " и все. А вот Галаху, мы знаем, писали и в условиях сильного внешнего давления в изгнании. И выбора как определить этничность у гаонов ведь практически не было. Определив по матери, у Ездры (скажем) появлялась возможность вернуть ВСЕХ детей на родину из плена. И с отцами евреями ( патриархальные семьи , мужчина принимал решение) и с отцами не-евреями ( у матери была гарантия признания их своими). Если бы сделали наоборот, много детей бы для возвращения бы потеряли. Просто несколько мыслей по теме для интересующихся вопросом.

MOCKBA
Сообщения: 2413
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 890 раз
Поблагодарили: 820 раз

ДНК тесты и генеалогия

#636 Сообщение MOCKBA » 27 мар 2018, 00:34

avramenko писал(а):Источник цитаты Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почи десятилетней истории темы
Место всем обсуждениям ДНК, однако, общим согласием было определено в теме про "может евреев, а может нет". Ветка, к сожалению, вышла такой длинной, что в ней трудно стало разбираться. + Надеюсь еще добавить обсуждений про самые важные моменты нашей генетической генеалогии, а пока, чтобы наиболее важные моменты не потерялись, создал прикрепленное сообщение со ссылками в этой теме.
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

MOCKBA
Сообщения: 2413
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 890 раз
Поблагодарили: 820 раз

ДНК тесты и генеалогия

#637 Сообщение MOCKBA » 27 мар 2018, 08:01

Откуда есть пошли ашкеназы (по генетическим исследованиям на конец 2017 г.) (и даже откуда литваки и галицианеры?).

Что по ДНК у ашкеназов есть и ближневосточно-средиземноморские, и местные предки (в особенности по мужской линии на Ближнем Востоке и по женской - в Центрально-Восточной Европе) - известно достаточно хорошо. Прошлогодняя статья Xue et al. (http://journals.plos.org/plosgenetics/a ... en.1006644) поставила целью определить, где и когда такое смешение имело место. Они определили в геномах ашкеназов сегменты ДНК ближневосточного и европейского происхождения, и по размеру этих сегментов взялись датировать время смешения предков (чем короче сегмент, тем большепоколений минуло), а по их сходству с другими известными популяциями - где это произошло.

"Ближневосточные" сегменты все короткие (читай - древние) и наиболее схожи с населением Леванта. Более короткие (то есть более древние) европейские сегменты ашкеназской ДНК наиболее схожи с южно-европейскими (итальянскими и греческие), а более длинные (менее древние) сегменты на первый взгляд (по общему сходству) могли быть откуда угодно в северной Европе, но по частоте буквальных совпадений сегментов оказались, несомненно, восточно-европейскими. Длинных сегментов с совпадениями с итальянцами, греками, или любыми народами Ближнего Востока практически не оказалось. Чтобы здраво оценить масштаб сходства с восточноевропейцами, надо отметить, что между двумя ашкеназами в этом анализе было в среднем 3.4 совпадения, а между ашкеназами и восточноевропейцами - почти в 100 раз меньше (0.04) ( а "длинных" сегментов в 7+ сМ еще вдесятеро меньше)

Количественный результат, в предположении, что европейская ДНК у ашкеназим пришла из двух источников - с юга и с востока Европы - получается такая: примерно 1500 лет назад ближневосточные предки ашкеназов смешались примерно 50:50 с жителями южной Европы. Примерно 25-35 поколений тому назад (то есть от 600 до 1000 лет назад) ашкеназское население катастрофически уменьшилось, возможно, до ничтожного размера в 250-400 человек (это "бутылочное горлышко" могло быть немного шире, если оно продолжалось дольше ... по последствиям для ДНК, "более узкое" или "более длинное" "бутылочное горлышко" уменьшает разнообразие ДНК примерно в одной степени). В демографической истории евреев этот период охватывает и геноцид евреев на Рейне в эпоху Крестовых походов, и погромы во Франконии в 1298 году, и Черная Смерть и связанные с ней массовые убийства евреев в 1340-х гг.

Апдейт: взвесив с Александром Бейдером (см. последующие сообщения) факты демографии и исторической лингвистики евреев XI-XVI веков, и результаты дополнительных генетических исследований, мы можем уверенно придти к выводу, что еврейское население позднесредневековой Германии никогда не падало до таких критически низких уровней, и что массовые убийства германских евреев в XI-XIV веках не являются первопричиной такой эффективной узости генетического "бутылочного горлышка" ашкеназов. Но за переселением евреев на Восток, в Польшу и Литву, последовал взрывной рост ашкеназского населения в этих регионах, и в настоящее время вклад потомков средневековых евреев Германии в генофонд ашкеназов тает на фоне вклада потомков переселенцев на Восток. Надо полагать, что первопоселенцы и в Польше, и в Литве обладали значительным репродуктивным преимуществом, и именно гены этих немногочисленных первопереселенцев разошлись шире всего в потомстве. Эмпирически наблюдаемое же "бутылочное горлышко" в демографической истории современного американского еврейства оказывается наложением нескольких "узких мест" в истории разных групп ашкеназского населения - заселения Польши и, затем, Литвы действительно узкими горстками еврейских авантюристов, выигравших таким образом козырные карты демографического успеха, и оставшегося в Германии еврейства, прошедшего через существенно более широкое "бутылочное горлышко" массовых убийств средневековья, но внесшего в конце концов непропорционально малый вклад в современную смесь ДНК американских ашкеназов.


В последующие столетия (примерно 500 лет назад) к основной массе ашкеназской ДНК прибавилось примерно 20% ДНК от их соседей в Восточной Европе. Тщательно перемешавшись с предшествовавшей еврейской ДНК за последующие столетия, эта восточноевропейская ДНК теперь редко образует сегменты достаточной длины, чтобы между славянами ашкеназами наблюдались совпадения сегментов.

А теперь более удивительные выводы о генетическом разнообразии ВНУТРИ ашкеназского населения. Все мы хорошо знаем, сколько у нас совпадений по ДНК среди евреев, с кем никакого близкого родства нет и не предвидится. То есть мы все генетически очень схожи. Тем не менее в прошлом году исследователи из Анцестри занимались сортировкой человечества на "созвездия родства" - вычленяя группы населения США, склонные к более сильным совпадениям внутри каждой группы, чем между ними (https://www.nature.com/articles/ncomms14238 ). При первой же итерации американские евреи, естественно, образовали собственное "созвездие". Но ученые на этом не остановились и попробовали разбить каждый из таких генетических кластеров на подгруппы, которые, в свою очередь, чаще имели бы ДНК-родственников внутри каждой подгруппы, чем между ними.

К их удивлению, ашкеназы Америки разбились на три подгруппы. Поломав головы над географией родословных евреев этих 3-х групп, исследователи махнули рукой: в каждой из них были предки и из Восточной, и из Западной Европы, а многие "деревья", как это бывает у иммигрантов, начисто теряли географическую привязку в странах происхождения. На картах мест рождения известных предков размер точки означает количество предков в регионе, а цвет тем "горячее", чем сильнее рождение в этом месте коррелирует с принадлежностью к группе. В городах в Западной Европе и Америке большинство потомков-американцев из этих мест - не евреи, поэтому точки холодеют синевой. В Польше, Венгрии, Румынии, и далее на восток - точки чаще горят алым жаром, ведь большинство американцев с предками оттуда- это евреи. Так вот по этим картам нетрудно увидеть, что основная группа ("А") американских евреев происходит от галицийских, подольских и малопольских евреев (к этой же группе принадлежат родственные евреи Бесарабии и Венгрии). Следующая по численности группа ("Б") происходит от литваков (из родные места - Литва и Подляхье, Белоруссия, и Левобережная Украина, куда уже в 19-м веке переселялись массы литваков). Эти две группы евреев, более сходных сегментами внутри каждой группы, чем между ними, тем не менее исключительно генетически схожи друг с другом. Классическая мера различий в частотах генетических вариаций (Fst) между ашкеназами и их соседями стоит на уровне примерно 0.07 (примерно как между русскими и испанцами, или как между японцами и китайцами). Но Fst между еврейскими группами "литваков" и "галицианеров" настолько мала, что округляется до 0.000. Есть и еще третья загадочная группа "Ц", численно маленькая, так что о ней выводы сделать совсем трудно. Есть предположение, что это в первую очередь евреи Чикаго, где давно перемешались ашленазы с самыми разными корнями.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

MOCKBA
Сообщения: 2413
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 890 раз
Поблагодарили: 820 раз

Вопросы Александру Бейдеру и его ответы

#638 Сообщение MOCKBA » 01 апр 2018, 04:25

Александр, я пытаюсь осмыслить генетические наблюдения о "бутылочном горлышке" у Ашкеназов в свете имеющихся данных о лингвистике и демографии евреев в XI-XV веках. Классические измерения генетического разнообразия ашкеназов предполагают, что эффективный размер популяции составлял 300-400 человек "примерно тысячелетие назад". Прошлогодняя статья, которую я обсуждал недавно в ветке по ДНК ( viewtopic.php?p=161660#p161660 ) предполагает, что после "горлышка", в течении последних 25-35 поколений, ашкеназское население быстро и экспоненциально росло.

Эти количественные метрики, конечно, усреднены для всего населения; главным историческим эквивалентом экспоненциального роста 500 и более лет назад могла, очевидно, служить только историческая Польша, так как еврейское население Чехии имело множество препятствий на пути к росту, да и в Германии, судя по всему, не росло в течении столетий. Тогда и на наблюдаемое нами бутылочное горлышко наибольшее влияние оказала бы популяционная история польского еврейства? Тут надо добавить, что, видимо, после массовых убийств Первого Крестового похода в Германии по прежнему оставались тысячи евреев? И, если бы их вклад в генофонд современного американского еврейства был бы сравним со вкладом переселенцев в Польшу, то менее вероятно было бы получить количественную оценку эффективного размера популяции в 300-400 человек? (Конечно, если стагнация популяции на протяжении столетий не низвела ее эффективный размер до гораздо меньшего числа, чем была ее фактическая численность в тот период).

А население Богемии и Моравии могло быть таким маленьким? И, если еще в 1200-х гг в Праге евреи говорили на старо-чешском, то могли ли изгнанники из Чехии принести в Польшу идиш без дополнительных потоков евреев из немецких земель? Ведь, как я понимаю, к концу 1200-х Польша уже начинает наполняться евреями?

Наконец, самый сложный для меня момент. Допустим, что на Рейне евреев никогда не было менее тысяч, но мы измеряем в основном динамику диспропорционально выросшего населения исторической Польши, и боттлнек относится именна к последнему. Почему же размер эффективной популяции такой маленький, если, как предполагается, в Польше были почти неисчерпаемые возможности для роста населения, и любые новые мигранты имели шанс оставить обильное потомство? Необходимо предположить, что первопоселенцы обладали существенным, и длительным репродуктивым преимуществом (то есть, скорее всего, наследственным экономическим преимуществом?). Что-то подобное описано у франко-канадцев: приличные земельные участки достались первопоселенцам, а последующие мигранты были вынуждены селиться там, где иногда и дети-то не выживали. Разница в выживаемости потомства из-за наследственного экономического неравенства была не так уж велика, но за многие поколения эффективно понизило размер "бутылочного горлышка". Читая недавно в теме про Горки про записи пинкоса тамошнего кагала, я обратил внимание, что одна из главных забот кагала - это сохранять наследственные бизнесы за потомками прежних владельцев и не допускать приезжих евреев к лучшим кускам экономического пирога. Но знаем ли мы что о наследственном расслоении ранних веков еврейства Польши или о традициях дискриминации против новоприезжих? Насколько мы можем также судить о неравенстве в женитьбах вдовцов, о количестве поздних детей от повторных браков? (Анекдотически, в родословных уже XIX века, доступных нам как генеалогам, мы действительно регулярно встречаем вторые и третьи браки "успешных" евреев, и поздних детей, но есть ли статистические данные об этом?)
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

albeider
Сообщения: 3216
Регистрация: 07.09.2009
Откуда: Париж
Благодарил (а): 7 раз
Поблагодарили: 1006 раз

Вопросы Александру Бейдеру и его ответы

#639 Сообщение albeider » 01 апр 2018, 13:16

MOCKBA писал(а):Источник цитаты видимо, после массовых убийств Первого Крестового похода в Германии по прежнему оставались тысячи евреев?

Безусловно, об этом свидетельствуют детальные архивные исторические данные (например, опубликованные в Germania Judaica).

MOCKBA писал(а):И, если бы их вклад в генофонд современного американского еврейства был бы сравним со вкладом переселенцев в Польшу, то менее вероятно было бы получить количественную оценку эффективного размера популяции в 300-400 человек? (Конечно, если стагнация популяции на протяжении столетий не низвела ее эффективный размер до гораздо меньшего числа, чем была ее фактическая численность в тот период).

Думаю, что последняя идея весьма вероятна. Судя по историческим данным, многие немецкие евреи так и оставались на территории Германии и Эльзаса, без особенного роста (из-за другого образа жизни, чем в Восточной Европе, постоянных преследований (массовые убийства в 1348 г. и т.д.) и регулярного оттока отдельных семей в Центральную Европу). В США более 80-90 % евреев происходят (или, по крайней мере, происходили еще лет 30 тому назад, пока там не начали в массовом порядке жить израильтяне разных происхождения) с территории бывшей Речи Посполитой.

MOCKBA писал(а):А население Богемии и Моравии могло быть таким маленьким? И, если еще в 1200-х гг в Праге евреи говорили на старо-чешском, то могли ли изгнанники из Чехии принести в Польшу идиш без дополнительных потоков евреев из немецких земель?

Чешские евреи, переехавшие в Польшу, представляли собой смесь местных евреев (перешедших, как и христианское большинство городов, на тот диалект немецкого, который стал основой для Восточного идиша) и приезжих евреев из Зап. Германии (которые тоже перешли на немецкий диалект чешских городов).

MOCKBA писал(а):Ведь, как я понимаю, к концу 1200-х Польша уже начинает наполняться евреями?

Начинает, да, но нет никаких данных, которые бы позволили сказать, что евреев там уже было много к концу 13 в. Исходя из разных данных (исторических, демографических, лингвистических, ономастических), мне кажется, что наибольший поток евреев в Польшу (через Чехию и Восточную Германию) пришелся на период 15-16 в.в. и первую половину 17 в. (т.е. до Хмельнитчины). Например, еще в начале 17 в. в Кракове (крупнейшей общине Польши) был серьезный конфликт между "чешскими" евреями (т.е. только что приехавшими) и "польскими" (лидеры которых, как я проследил в моих книгах, приехали в Польшу из той же Праги за 1-2 поколения до этого).

MOCKBA писал(а): Почему же размер эффективной популяции такой маленький, если, как предполагается, в Польше были почти неисчерпаемые возможности для роста населения,

Это уже вопросы, которые полностью выходят за пределы моей компетенции. Прежде, чем искать объяснение тому, почему генетическое "горлышко" относится всего к 300-400 евреям, жившим примерно 1000 лет назад, хорошо бы быть уверенным, что подобного рода утверждения некоторых генетиков основаны на данных, которым можно, действительно, доверять. Мне кажется, что погрешность подобного утверждения (и в отношении кол-ва, и в отношении временного периода, от которого идет отчет, насколько большая, что я бы назвал подобного рода утверждения спекулятивными (тут замешаны и идеология, и естественное желание ученых преувеличить значимость их результатов, а в последнее время и коммерция, связанная с тестами ДНК). Возможно, я ошибаюсь, и, допустим, данное утверждение соответсвует некоей действительности. В этом случае речь как раз, как мне кажется, и идет о десятках/сотнях семей из Зап. и Центральной Европы, переселившихся постепенно небольшими группами в течение долгого периода в Восточную Европу и тут очень сильно размножившихся, особенно в 18-19 в.в., причем гораздо быстрее, чем местные христиане, в силу разного рода обстоятельств (объяснения которым тоже, к сожалению, довольно спекулятивны, т.к. нет никаких количественных данных, которые бы подтверждали, что у евреев была существенно большая рождаемость и/или меньшая смертность, особенно детская, и т.д.).

MOCKBA
Сообщения: 2413
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 890 раз
Поблагодарили: 820 раз

ДНК тесты и генеалогия

#640 Сообщение MOCKBA » 02 апр 2018, 00:56

albeider писал(а):Источник цитаты нет никаких данных, которые бы позволили сказать, что евреев там уже было много к концу 13 в. Исходя из разных данных (исторических, демографических, лингвистических, ономастических), мне кажется, что наибольший поток евреев в Польшу (через Чехию и Восточную Германию) пришелся на период 15-16 в.в. и первую половину 17 в. (т.е. до Хмельнитчины). Например, еще в начале 17 в. в Кракове (крупнейшей общине Польши) был серьезный конфликт между "чешскими" евреями (т.е. только что приехавшими) и "польскими" (лидеры которых, как я проследил в моих книгах, приехали в Польшу из той же Праги за 1-2 поколения до этого).
Спасибо! да, я подмечал это ранее в ваших работах, но успел забыть ((
О там, насколько мало могло быть также и эффективное население евреев, двигающихся далее в Литву, напишу в продолжении
albeider писал(а):Источник цитаты Прежде, чем искать объяснение тому, почему генетическое "горлышко" относится всего к 300-400 евреям, жившим примерно 1000 лет назад, хорошо бы быть уверенным, что подобного рода утверждения некоторых генетиков основаны на данных, которым можно, действительно, доверять. Мне кажется, что погрешность подобного утверждения (и в отношении кол-ва, и в отношении временного периода, от которого идет отчет, насколько большая, что я бы назвал подобного рода утверждения спекулятивными (тут замешаны и идеология, и естественное желание ученых преувеличить значимость их результатов, а в последнее время и коммерция, связанная с тестами ДНК). Возможно, я ошибаюсь, и, допустим, данное утверждение соответсвует некоей действительности. В этом случае речь как раз, как мне кажется, и идет о десятках/сотнях семей из Зап. и Центральной Европы, переселившихся постепенно небольшими группами в течение долгого периода в Восточную Европу и тут очень сильно размножившихся, особенно в 18-19 в.в., причем гораздо быстрее, чем местные христиане, в силу разного рода обстоятельств (объяснения которым тоже, к сожалению, довольно спекулятивны, т.к. нет никаких количественных данных, которые бы подтверждали, что у евреев была существенно большая рождаемость и/или меньшая смертность, особенно детская, и т.д.).
Хороший вопрос, заставил меня многое перечитать с особой оглядкой на данные и методы и их слабые места. Ибо сами-то данные по генетическому составу современных американцев весьма надежны, но не всегда достаточны, а их интерпретация может основываться на неправомочных упрощениях. Мы еще живо помним, как все выводы делались на митохондриальных гаплогруппах "праматерей", которые было проще всего исследовать, а затем добавили несколько маркеров на игрек-хромосомах праотцов и тоже наделали поспешных и не всегда обоснованных выводов. Перейдя на аутосомные маркеры, долгое время не имели набора методов для анализа смешанных популяций, таких, как ашкеназская, а анализировали как усредненную "чистую линию" (так усреднив Восточную Европу и Ближний Восток, один герой поместил Ашкеназ в Турцию ))) ). Не имея адекватных образцов древней ДНК, сравнивали наших предков с образцами современными, которые иногда и близко не лежали к необходимым древним образцам (тот же чудак вместо древних хазар провел сравнение с современными армянами, типа то Кавказ и это Кавказ, но Федот оказался все-таки совсем не тот). (Собственно, отсутствие древней ДНК в анализе - до сих пор бич палеогенетики еврейства). Другое критическое упрощение, которое вряд ли скоро исправится - это усреднение генетических историй еврейских регионов и субпопуляций, но с этим мы временно можем как-то справиться, считая, что выводы, сделанные на основе современной ДНК в Америке, относятся в первую очередь к Польше.
Касательно датировки и ширины "бутылочного горлышка": существование его несомненно, и эффективные размеры населения больше чем в несколько сот человек категорически не согласуются с современной картиной генетического разнообразия евреев в самых разных моделях. Другой вопрос, что реальная численность населения могла в несколько раз превосходить "эффективную" по ряду причин ( ранний период популяционной стагнации, экономико-демографическое неравенство, и / или "серийный бутылочный эффект" последовательных миграций все дальше на Восток). Датировка же в 1000 лет, хотя возможна, но, скорее всего, является преувеличением; возможно, боттлнек в 1300-е и даже 1400-е позволит объяснить сегодняшнюю картину ничуть не хуже. Подробности и иллюстрации в следующем сообщении.
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

MOCKBA
Сообщения: 2413
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 890 раз
Поблагодарили: 820 раз

Вопросы Александру Бейдеру и его ответы

#641 Сообщение MOCKBA » 02 апр 2018, 03:18

albeider писал(а):Источник цитаты почему генетическое "горлышко" относится всего к 300-400 евреям, жившим примерно 1000 лет назад

Начиная с 1980-х-1990-х гг, генетика ашкеназов развивалась в основном для клинических приложений, дабы предотвратить наследственные болезни. С самого начала было ясно, что на генетику ашкеназов оказало экстремальное влияние "бутылочное горлышко" демографической предыстории. Спектр частот множеста известных ашкеназских патогенных мутаций сцентрован вокруг <~ 1% (популяционные частоты от 0.25% до 6%), и, если подвергнуть полному анализу массивные когорты пациентов, то обнаруживаются и более редкие опасные мутации в тех же генах, но они ГОРАЗДО более редки (а в диапазоне частот около 0.1% - практически пусто). Картина эта генетикам хорошо знакома, ведь ашкеназское население - не единственная эндогамная группа, произошедшая от ограниченного числа отцов и матерей-основателей. "Частые" мутации достались потомкам от одного из основателей, а "редкие" возникли случайным образом позже. Раз типичная частота древних мутаций - "одна на сотню или несколько сотен потомков", значит, численность предков-основателей должна бы быть не более нескольких сотен человек. Надо отметить, что, как правило, эффективный размер населения в генетических исследованиях примерно втрое меньше его "списочного размера" из-за естественных для нашего прошлого смертности и неравномерной рождаемости. Ранее уже предполагалось, что у Ашкеназов это соотношение было сильнее из-за демографических последствий социального неравенства (Risch 1995, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7719342 ) Эта работа группы Риша из Йельского университета, из периода великих генетических открытий в медицине, стоит особого упоминания, поскольку Ришу удалось чисто генетически продатировать возникновение одной из "поздних" и, следовательно, редких ашкеназских мутаций в гене TOR1A (DYT1), у которой сейчас "всего" несколько тысяч носителей, то есть только один из нескольких тысяч ашкеназов. Оказалось, что той мутации DYT1 delGAG примерно 350 лет (от 250 до 500), а ее исторический ареал ограничен землями литваков (там же 1.1% евреев являются носителями мутации "TSD 1421" (c.1421+1G>C) болезни Тея-Сакса, напрочь отсутствующей в Центральной Европе, что указывает на существование "дополнительного бутылочного горлышка" конкретно у Литваков); и что, значит, численность носителей этой мутации практически удваивалась в каждом поколении, обгоняя средний прирост населения литваков по переписям этой эпохи! Как я понимаю, Литва действительно стояла особняком в плане ранней еврейской демографии, поскольку оттуда вслед за сефардами Иберии в те же 1490-е годы тоже были изгнаны евреи? Хотя это долго не продолжалось и десятилетие спустя они получили возможность снова там поселиться, но такое ощущение, что вначле воспользовались этой возможностью немногие? По крайней в Пинске, третьем по существу еврейским центре Литвы, по документам выходит, что в 1506 году въехали три семьи, и затем в течении следующих 50 лет новых приезжих не было?

В последующей статье, Риш добавил данные других исследователей, и подтвердил, что и другие клинические мутации распространены неоднородно в ареалах ашкеназов, например, BLM 2281 была распространена в Польше и особенно Галиции и Подолии, а CAN 693 в Чехословакии и Венгрии. Современная геномная информация в принципе позволяет повторить подобный анализ для многих генетических вариантов с подобными частотами, но, увы, никто пока за такую работу не взялся.

Еще 15 лет назад Слаткин ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1216062/ ) проанализировал результаты клиническо-генетических исследований на предмет "ширины бутылочного горлышка", которое, как он полагал, по времени могло совпадать с Черной Смертью и погромами середины 1300-х, и переселением в Польшу. У Слаткина вышло, что более частые из известных болезнетворных мутаций (с частотами более 1.5% в популяции) - слишком часты, чтобы их можно было объяснить единственным предком среди популяции "основателей" в 600 человек. А чтобы на тот момент многие из основателей имели одну и ту же мутацию, такая мутация должна была бы быть гораздо древнее, чем само "бутылочное горлышко" 1300-х. Между тем по некоторым из таких мутаций имелись данные по близлежащим генетическим маркерам, которые указывали на сравительно недавнее их происхождение у ашкеназим. Напрашивался вывод, что 600 предков-основателей - это слишком много.

Насколько быстро размножалось население предков - это в первую очередь видно по распределению частот наиболее редких мутаций у потомков. Новые мутации появляются в ДНК в каждом поколении, примерно несколько десятков на ребенка. Это число несколько больше у более старых родителей, но на "усредненное время между поколениями" получается устойчивый результат. Каждый внук наследует только половину ДНК сына или дочери, и таким образом половина новых мутаций теряется сразу же; если внуков у этого ребенка двое, то соответственно четверть новых мутаций будет потеряно; но если внуков от каждого ребенка много, то такая потеря будет минимальной. Таким же образом, но с меньшей эффективностью, теряются в последующих поколениях в растущем населении и "не новые" мутации недавнего происхождения (пусть не новые, но все еще присутствующие только в одном или немногих потомках). А вот еще немного более старым, уже разошедшимся в потомстве мутациям уже ничто не угрожает - у одного потомка, быть может, такая мутация не перейдет к следующим поколениям, зато у других перейдет, может быть, с лихвой. До середины XIX века ни одна группа населения не росла так быстро, что "спасти практически все редкие, новые мутации от исчезнования" (в среднем выживало, конечно, более двоих детей на семью, но, как правило, не более троих). Поэтому редкие мутации исчезали тем чаще, чем ближе число детей в семье было к двойке. Исследование за исследованием показывает, что, хотя все народы Европы в прошедшие века росли экспоненциально, коэффициент роста был заметно выше у ашкеназов (так как частоты сохранившихся редких мутаций у них заметно выше)

К сожалению, чтобы набрать хорошую статистику по реально редким мутациям (происхождения последних столетий), медицинских иследований отдельных генов недостаточно, а нужно бы много геномов; это пока дороговато, хотя в базе gnomAD (http://gnomad.broadinstitute.org/) уже есть более 8,000 ашкеназских (возможно, частично смешанных) геномов из разнообразных исследовательских проектов в открытом доступе, но данные пока не проанализированы на предмет частотных спектров. Поэтому для исследования демографической динамики ашкеназим последних столетий чаще использовали более приближенные подходы "сегментологии" (Carmi 2014, https://www.nature.com/articles/ncomms5835, это та же кухня, что и с поиском ДНК-совпаденцев на популярных генеалогических сайтах). По распределению совпадений сегментов действительно хорошо видно и "бутылочное горлышко", и последующий быстрый рост населения. Из-за первого, коротких (то есть древних) сегментов находится в совпадениях больше, чем предсказывается в предположении постоянного населения; из-за второго, длинных общих сегментов меньше, чем было бы в уловиях постоянной численности населения. Именно на основе этих данных построены самые свежие предсказания "формы горлышка", хотя надо отметить, что стандартные методы поиска совпадений используют упрощения и аппроксимации, и склонны к определенной доле ложно-положительных результатов (т.е. иногда мы "видим" несколько больше сегментов, и несколько большие длины их, чем в реальности). Надо отметить, что сравнительно исторически недавние примеси "после горлышка" дополнительно уменьшают число совпадающих древних (коротких) сегментов; таким образом, чтобы распределение длин сегментов сохранилось в условиях последуещего смешения популяций, "горлышко" должно быть еще уже, чем предсказано.

Carmi и соавторы представляют свои выводы как имеющие очень малую погрешность (практически строго 27 поколений до "горлышка"). Но, разобравшись с их дополнительными материалами, понимаешь, что они слегка приукрасили картину. На графике, отражающем sum of squared errors of prediction по интервалам длин совпадающих сегментов, они варьируют все четыре параметра, но показывают только проекции получающейся многомерной поверхности на каждую ось; таким образом, мы не знаем, не было ли на этой поверхности "оврагов" с другими допустимыми значениями параметров. Однако по графикам представляется, что бОльшие значения скорости экспоненциального роста широко допустимы. Можно предположить, что в сочетании с более быстрым ростом, пойдут и меньшие оценки временной глубины "горлышка".
Влияние ложно-положительных совпадений сегментов на точность оценок практически не рассматривается, однако авторы сообщают, что, увеличив минимальную длину сегмента с 3 до 5 сМ, они приходят к оценке "глубины горлышка" в 25 вместо 27 поколений. Влияние слишком маленькой выборки геномов на точность предсказания исследуются с помощью ресэмплинга (для этого они выкидывают из набора данных случайные 7 из 57 геномов), и в принципе можно поверить, что время и ширина "горлышка" предсказаны стабильно (хотя со скорость экспоненциального роста опять же стабильности нет) ( в таблице для сегментов от 3 сМ; для более длинных сегментов доверительные интервалы, естественно, шире). В любом случае, обратите внимание, что в этой работе 2014 года "горлышко" предсказано скорее в 1300-х гг, а может и в 1400-х. (В прошлогодней работе этой же группы, уже здесь процитированной, устойчивости / надежности количественных предсказаний уделяется меньше внимания, но и там 1300-е годы "горлышка" совершенно не противоречат модели).

Ну и напоследок - что можно ожидать в случае появления результатов по древней ДНК. В более древней ашкеназской ДНК более точному датированию "горлышка" или многих оных может способствовать гомозиготность (которая будет ярче выражена в первых поколениях из-за близкого родства потомков боттлнека); утерянные в настоящее время сегменты (показывающие, что "горлышко не последнее); а датированию этнических примесей поможет гораздо большая длина этнических сегментов ДНК, еще не раздробленных ходом поколений. Более древняя ДНК их предполагаемых предков позволит исключить примеси позднейших миграций в таких регионах, как Италия и Греция, Украина, да и сама Иудея, в которых современные этнические группы - не идеальная замена народам прошлых двух тысячелетий....
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)


Вернуться в «Я не уверен, что мои предки - евреи...»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя