ДНК тесты и генеалогия

Модератор: oztech

Сообщение
Автор
Аватара пользователя
avramenko
Сообщения: 210
Регистрация: 10.08.2009
Откуда: Литва, Голландия
Поблагодарили: 5 раз
Контактная информация:

ДНК тесты и генеалогия

#741 Сообщение avramenko » 30 сен 2009, 00:14

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

MOCKBA
Сообщения: 2720
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 994 раза
Поблагодарили: 956 раз

ДНК тесты и генеалогия

#742 Сообщение MOCKBA » 10 авг 2018, 18:18

https://us.dantelabs.com/collections/ou ... 4thJuly_US
Dante Labs предлагает полное секвенирование генома за $499, с серьезным качеством. Эта недешевая даже после крутых скидок игрушка позволяет определить, кто из ваших совпаденцев по обычным генеалогическим анализам ДНК "настоящий", а кто "совпал случайно" из-за ашкеназской эндогамности, и как давно были общие предки в каждом совпадающем сегменте. Так что в типичном ашкеназском стоге сена "слабых совпаденцев" можно будет отыскать ту самую иголочку. Но тестировать каждого из наших тысяч перспективных совпаденцев за полтыщи баксов все-таки слегка накладно ))
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

hana-riva
Сообщения: 123
Регистрация: 24.06.2017
Благодарил (а): 92 раза
Поблагодарили: 16 раз

ДНК тесты и генеалогия

#743 Сообщение hana-riva » 11 авг 2018, 15:51

Simona писал(а):Источник цитаты
hana-riva писал(а):А кстати, почему вы выбрали именно FTDNA?

Цена, доступность, идентификация евреев, в т. ч. сфарадим.

А обратно вы материал как отправляли? Просто почтой? У FTDNA вне Штатов вроде же нет предоплаченной пересылки?

Аватара пользователя
napobo3
Сообщения: 72
Регистрация: 06.06.2010
Благодарил (а): 75 раз
Поблагодарили: 25 раз

ДНК тесты и генеалогия

#744 Сообщение napobo3 » 11 авг 2018, 16:32

В Молгене наоплен большой опыт по отправке материала :

http://forum.molgen.org/index.php/topic,5774.0.html

Аватара пользователя
Simona
Сообщения: 1226
Регистрация: 19.02.2011
Откуда: Литва-Израиль
Благодарил (а): 108 раз
Поблагодарили: 125 раз

ДНК тесты и генеалогия

#745 Сообщение Simona » 11 авг 2018, 17:11

hana-riva писал(а):Источник цитаты
Simona писал(а):Источник цитаты
Цена, доступность, идентификация евреев, в т. ч. сфарадим.

А обратно вы материал как отправляли? Просто почтой? У FTDNA вне Штатов вроде же нет предоплаченной пересылки?

обязательно заказным письмом, в их конверте. стоит порядка 15 шах, не помню точно, не я сама отсылала.
Зависит от веса, конечно, я запихала 3 набора в один конверт, чтобы сэкономить , все дошло нормально (ну разве что именно мой тест занял на 2 недели дольше двух собратьев по конверту :) )

Аватара пользователя
Simona
Сообщения: 1226
Регистрация: 19.02.2011
Откуда: Литва-Израиль
Благодарил (а): 108 раз
Поблагодарили: 125 раз

ДНК тесты и генеалогия

#746 Сообщение Simona » 16 авг 2018, 00:28

Здравствуйте, нужна помощь в интерпретации аутосомного теста.
Исходные данные: мужчина , выходец из Египта, с материнской стороны легенда о Сирии как стране исхода в Египет, отец вроде бы из Египта.
Сам мужчина светлокожий с голубыми глазами, потому прошел тест, из любопытства.
Итого, по фтдна:
52% сефард
23% Asia Minor
19% West Middle East
6% East Middle East

Есть ли какой-то инструмент, который позволит определить еврейскость этих 48%? Спасибо!
(гедматч выдал забавные местами предположения, одним из основных получился самаритянский след :) )

Аватара пользователя
Yulita
Сообщения: 64
Возраст: 41
Регистрация: 24.09.2009
Откуда: Киев
Благодарил (а): 13 раз
Поблагодарили: 1 раз

ДНК тесты и генеалогия

#747 Сообщение Yulita » 06 сен 2018, 13:29

Решила вынести сюда сообщение из своей фамильной темы.
Недавно на 23endMe у моей бабушки появился самый близкий родственник с 12,1% совпадения генома. Радовалась я шумно, но недолго, он оказался бабушкиным внучатым племянником (внук бабушкиной родной сестры), который у меня в дереве уже есть и ничего, кроме алгоритма отработки связей в 23endMe, добавить к моему поиску может.
А после него сразу появилась вторая потенциальная ближайшая родственница с 6,45% совпадения генома (следующий после нее имеет уже только 1,78%). Предиктор показывает ее как "First to Second Cousin".
Вот так выглядят их сравнительные геномы с бабушкой( слева - внучатый племянник, справа - потенциальная родственница):
ИзображениеИзображение
После мучительной переписки с ближайшей "родственницей" и выдирания из нее клещами информации, оказалось, что бабушка у нее была Эстер Бляхер, которая приехала в Канаду вместе с сестрой и мужем до 1920 года. Мужем был Sam (Zusha) Jaslow.
Понятно, что имя и фамилию он поменял уже в Канаде.
Ее история очень похожа на историю сестры прадеда: Эстер Бляхер вышла замуж за Заславского и около 1914 года уехала с ним в Канаду.
Фамилия Заславский вполне могла трансформироваться в Яслов, но не хочется гадать на кофейной гуще.
Накидала Рене ссылок на канадские базы и попросила сообщить, если найдет своих, но, боюсь, что ждать буду до бесконечности, очень уж из нее тяжело вытянуть хоть какую-то информацию :(
Каменецкие - Богуслав, Корсунь, Черкассы, Биробиджан, Ереван, Бляхер - Шпола, Черкассы, Биробиджан, Бурштейн- Матусов.

Аватара пользователя
Simona
Сообщения: 1226
Регистрация: 19.02.2011
Откуда: Литва-Израиль
Благодарил (а): 108 раз
Поблагодарили: 125 раз

ДНК тесты и генеалогия

#748 Сообщение Simona » 07 сен 2018, 19:07

исправляю вводные данные после дополнительного исследования:

Здравствуйте, нужна помощь в интерпретации аутосомного теста.
Исходные данные: мужчина , выходец из Египта, с материнской стороны - выходцы из Халеба в Сирии как стране исхода в Египет, с отцовской - тоже из Халеба и тоже в Египет.

Сам мужчина светлокожий с голубыми глазами, потому прошел тест, из любопытства.
Итого, по фтдна:
52% сефард
23% Asia Minor
19% West Middle East
6% East Middle East

Есть ли какой-то инструмент, который позволит определить еврейскость этих 48%? Спасибо!
(гедматч выдал забавные местами предположения, одним из основных получился самаритянский след :) )

MOCKBA
Сообщения: 2720
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 994 раза
Поблагодарили: 956 раз

ДНК тесты и генеалогия

#749 Сообщение MOCKBA » 07 сен 2018, 21:07

Simona писал(а):Источник цитаты с материнской стороны - выходцы из Халеба в Сирии как стране исхода в Египет, с отцовской - тоже из Халеба и тоже в Египет.
Обратите внимание, что Сирия и Ливан занимают не совсем обычное место в спектре генетического разнообразия ближневосточно-средиземноморского региона из-за того, что в них обитает целый спектр этноконфессиональных групп, которые долгое время пребывали в состоянии эндогамной изоляции, а исторически имели предков из разнообразных мест. Есть и мигранты конца 19 - ХХ веков, от кавказских мухаджиров до армян и айсоров, выживших турецкие депортации ПМВ. Это не единообразное целое, а скорее лоскутное одеяло, и его лоскутки слишком слабо преставлены в базах данных лабораторий. Поэтому ожидать от современного генетического теста, что он надежно определит Сирию как регион происхождения, не стоит.

Зато следует ожидаеть, что потомки сирийцев будут озадачены результатами анализа, или сразу объявят его фейком (см. вот такую не по делу возмущенную статью https://gizmodo.com/how-dna-testing-bot ... 1820932637 , автор которой считает, что им нарочно наврали, что у них часть предков - итальянцы, а не сирийцы, но никогда не рассказывает, из какой этнической группы Сирии были ее американские предки; между тем в Сирии проживают католики-левантинцы, которые происходят от итальянцев, и конкретно в Халебе-Алеппо их было 9% населения). Жили в Халебе и алавиты, и курды, и друзы, и исмаилиты, и нусайриты - все эндогамные группы, члены которых, однако, могли иногда обратиться в суннитский ислам и вступить затем в брак с арабами-суннитами. Были там и евреи, в т.ч. потомки сефардов; и сейчас в Бруклине проживает традиционная община из Алеппо - они исповедуют иудаизм, но говорят по-арабски. Про их ДНК ничего не известно.

Так что если чья-то ДНК слегка более похожа на сефардскую из базы данных, чем на другие популяции из той же базы, и если это человек с корнями в Леванте, то еще бабушка надвое сказала.
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

Аватара пользователя
Simona
Сообщения: 1226
Регистрация: 19.02.2011
Откуда: Литва-Израиль
Благодарил (а): 108 раз
Поблагодарили: 125 раз

ДНК тесты и генеалогия

#750 Сообщение Simona » 07 сен 2018, 21:30

MOCKBA писал(а):Источник цитаты
Simona писал(а):Источник цитаты с материнской стороны - выходцы из Халеба в Сирии как стране исхода в Египет, с отцовской - тоже из Халеба и тоже в Египет.
Обратите внимание, что Сирия и Ливан занимают не совсем обычное место в спектре генетического разнообразия ближневосточно-средиземноморского региона из-за того, что в них обитает целый спектр этноконфессиональных групп, которые долгое время пребывали в состоянии эндогамной изоляции, а исторически имели предков из разнообразных мест. Есть и мигранты конца 19 - ХХ веков, от кавказских мухаджиров до армян и айсоров, выживших турецкие депортации ПМВ. Это не единообразное целое, а скорее лоскутное одеяло, и его лоскутки слишком слабо преставлены в базах данных лабораторий. Поэтому ожидать от современного генетического теста, что он надежно определит Сирию как регион происхождения, не стоит.

Зато следует ожидаеть, что потомки сирийцев будут озадачены результатами анализа, или сразу объявят его фейком (см. вот такую не по делу возмущенную статью https://gizmodo.com/how-dna-testing-bot ... 1820932637 , автор которой считает, что им нарочно наврали, что у них часть предков - итальянцы, а не сирийцы, но никогда не рассказывает, из какой этнической группы Сирии были ее американские предки; между тем в Сирии проживают католики-левантинцы, которые происходят от итальянцев, и конкретно в Халебе-Алеппо их было 9% населения). Жили в Халебе и алавиты, и курды, и друзы, и исмаилиты, и нусайриты - все эндогамные группы, члены которых, однако, могли иногда обратиться в суннитский ислам и вступить затем в брак с арабами-суннитами. Были там и евреи, в т.ч. потомки сефардов; и сейчас в Бруклине проживает традиционная община из Алеппо - они исповедуют иудаизм, но говорят по-арабски. Про их ДНК ничего не известно.

Так что если чья-то ДНК слегка более похожа на сефардскую из базы данных, чем на другие популяции из той же базы, и если это человек с корнями в Леванте, то еще бабушка надвое сказала.


В данном случае там Коэны, Леви и (как оказалось) широко-распространенные Двеки из Халеба. Просто я пытаюсь идентифицировать имеет ли какие-то реальные корни легенда об Италии (часть семьи говорит, что в Халеб попали из Италии, другая часть говорит, что это только семья купила итальянские документы будучи в Каире). Но непонятно примешались ли там неевреи или нет.

Аватара пользователя
Nison
Сообщения: 6368
Возраст: 40
Регистрация: 17.07.2009
Откуда: Кострома
Благодарил (а): 217 раз
Поблагодарили: 915 раз
Контактная информация:

ДНК тесты и генеалогия

#751 Сообщение Nison » 09 сен 2018, 09:31

Халебские евреи (и ещё Исфаханские) это единственная община, где нет смешанных браков.
Руппо, Дрейзеншток, Гаухман (Камень, Лепельского района). Пуховицкий, Ефес, Рендар (Староселье, Шкловского района). Эйдельштейн (Мозырь). Эпштейн (Рига). Папков (Витебская область)

Аватара пользователя
Simona
Сообщения: 1226
Регистрация: 19.02.2011
Откуда: Литва-Израиль
Благодарил (а): 108 раз
Поблагодарили: 125 раз

ДНК тесты и генеалогия

#752 Сообщение Simona » 09 сен 2018, 15:49

Nison писал(а):Источник цитаты Халебские евреи (и ещё Исфаханские) это единственная община, где нет смешанных браков.

я про до-халебский период

MOCKBA
Сообщения: 2720
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 994 раза
Поблагодарили: 956 раз

ДНК тесты и генеалогия

#753 Сообщение MOCKBA » 18 сен 2018, 01:42

MOCKBA писал(а):Источник цитаты В латиноамериканских популяциях наблюдается статистически значимое обеднение европейского геноматериала на X-хромосомах (p < 1e-4) и обогащение индейской ДНК (p < 1e-2) по сравнению с аутосомами. У афроамериканцев X-хромосомы обеднены европейским генетическим материалом (p=1.03E-03)
Есть и новых способ оценить асимметрию заселения региона "пришлыми праотцами" и "местными праматерями": в дополнение к разнице между этническим составом Х-хромосом и аутосом, можно посмотреть еще и на разницу в генетическом разнообразии Х-хромосом и аутосом.

В статье о генетической предистории Сардинии, оказывается, что их аутосомы имеют ~30% "древне-Сардинского" компонента, ныне характерного для жителей сардинского нагорья Дженнардженту; а вот на Х-хромосомах этот древний компанент представлен богаче (37%), указывая на заселение острова вторгшейся европейской популяцией с преобладанием мужчин.

Если же сравнить генетическое разнообразие (гетерозиготность) Х и аутосом, то у сардинцев этот показатель зашкаливает, указывая, что мигрировавших праотцов было сравнительно малое число, и их недостаточно разнообразные аутосомы разбавили генофонд современного населения. Примерно тот же эффект наблюдается у исландцев (где в число праматерй входили рабыни-ирландки, в то время как праотцов-викинг было меньше числом) и у басков (которые по игрек-хромосоме полностью происходят от вторгшихся индо-европейских мужчин, однако сохранили и аутосомный генофонд, и язык доиндоевропейских предков, указывая на то, что лингвистически пришельцы растворились в местном населении)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

MOCKBA
Сообщения: 2720
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 994 раза
Поблагодарили: 956 раз

ДНК тесты и генеалогия

#754 Сообщение MOCKBA » Сегодня, 03:32

В сентябре 2018 года Анцестри ввело новый алгоритм определения этнического состава (который в течении нескольких предыдущих месяцев тестировался в бета-режиме). Думаю, что все из наших форумчан, кто анализировал ашкенаскую ДНК на Анцестри, уже заметили изменения: пропорция "Европейской Еврейской" ДНК у ашкеназов теперь обычно достигает 99-100%, а всякие "загадочные" испанские / средиземноморские / восточноевропейские и др. проценты, иногда весьма значительные в предыдущей версии, теперь упали практически до нуля.

Эти изменения связаны в основном с двумя факторами:
1) увеличение состава референтных наборов для этнических групп, и
2) переходом на использование снип-гаплотипов (наборов из сотен и тысяч близлежащих снипов) (вслед за первопроходцем этого подхода - 23andMe (см. viewtopic.php?p=135897#p135897 - но теперь используя более компьютеро-ёмкие, но и более точные математические процедуры)

Референтные наборы пополнились почти 15 тысячами новых образцов, и выросли впятеро. Больше всего новых образцов добавилось в Европе (где без этого трудно было различить между генетическими слишком сходными регионами) и в Юго-Восточной Азии (где ранее лаборатории и не заморачивались определением стран происхождения). "Европейские Евреи" представлены всего 200 образцами, но на гаплотипном уровне наша ДНК настолько отличается от ДНК других народов, что этого за глаза теперь хватает.

В референтные наборы добавляется ДНК добровольцев, у которых, согласно их деревьям, все предки на много колен из одного места и народа. Конечно, не всё, что на древе, всегда подтверждается по ДНК. Например, многие из их "чистокровных русских" больше походили на немцев, чем на славян. Для очистки референтной группы, Анцестри использовало очень старый и примитивный алгоритм PCA (метод главных компонент). В координатах PCA каждая группа предстает как облако точек - некоторые из них образуют густое скопление, другие располагаются поодаль, иногда даже ближе к соседнему скоплению, чем к "своему". Такие статистические выбросы (outliers) исключались из набора. Евреи на большинстве диаграмм PCA не так уж далеко отличаются от других народов, и поэтому любые полукровки сразу попадут в число статистических выбросов. Но если что-то к нам примешалось много поколений назад, особенно если с тех пор неплохо размешалось и разошлось по населению, то такую ДНК методом PCA не отбросить. Поэтому какое-то количество славянской, сефардской или какой там еще "исторически недавней" в сравнении с этногенезом ашкеназов, но и не совсем новой примеси - обязательно попадет в еврейский референтный набор (так, поясняет Анцестри на примере, среди их референтных японцев даже после очистки по PCA оказалось сколько-то с европейскими предками). Другой фильтр для референтного набора основан на ДНК-совпадениях (если у кандидатов в набор оказывается больше 20 сМ совпадений, то система предполагает, что они родственники, а это в идеальном референтном наборе недопустимо)

Теперь к алгоритму, сравнивающему вашу ДНК (как набор снипов) с референтными группами, погаплотипно блоками примерно по одному сантиморгану. 23andMe приписывало каждому такому блоку наиболее вероятное этническое происхождение, а затем сглаживало границы "раскрашенной по народностям" хромосомы. Анцестри использует статистическую модель с множеством альтернативных раскрасок, опирающуюся как на вероятности "альтернативных цветов раскраски", так и на вероятности того, что "цвет" поменяется от одного сегмента к следующему.

В любом случае для ашкеназов погаплотипное сравнение работает как часы, в сравнении с методами, которые рассматривали снипы на индивидуальной основе. Наши снипы бывают схожи и со средиземноморскими, и с ближневосточными, и со славянскими; конечно, в среднем смесь достаточно уникальна, но получить несколько процентов "Испании", "Италии", "Восточной Европы" или "Ближнего Востока" при старом анализе было обычным делом. Новых же анализ выдает 99% "Европейской Еврейской" ДНК для обычных ашкеназов.

Надо отметить, что не абсолютно все гаплотипы в еврейском референтном наборе уникальны для евреев, несмотря на очистку набора от статистических выбросов. Из-за этого в образцах со смешанным (частично еврейским) происхождением, в среднем новый алгоритм может завышать долю еврейского компонента, с завышением в среднем до 7% предсказанной величины (допустим, вместо 25% еврейской ДНК, вы увидите 26.5%).

По сравнению с большинством других регионов и народностей, это еще близко к идеалу. Хуже всего у Анцестри вышло с регионами внутри Африки, на которые есть социальный заказ от афроамериканских заказчиков. Из-за большого разнообразия внутри этих регионов и сравнительно малого числа референтных образцов, результаты иногда плачевные - например, 20% нигерийской ДНК не распознаются, а в смешанных образцах "нигерийский процент" может быть завышен вчетверо. В Европе хуже всего дела обстоят на Иберийском полуострове - например, несмотря на базу из 270 референтных образцов по Испании, треть испанской ДНК вообще не распознается (то есть распознается как португальская, французская и т.п.), а процент испанской крови может оказаться втрое завышен. (Было бы интересно, если бы Myheritage со своими генетически схожими референтными группами поделилась бы подобной информацией - насколько "успешно" они распознают "своих" и насколько часто промахиваются в составе смешанных образцов)

https://www.ancestrycdn.com/dna/static/ ... 118dbs.pdf
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)


Вернуться в «Я не уверен, что мои предки - евреи...»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Дончанка и 2 гостя