ДНК тесты и генеалогия

Модератор: oztech

Сообщение
Автор
Аватара пользователя
avramenko
Сообщения: 210
Регистрация: 10.08.2009
Откуда: Литва, Голландия
Поблагодарили: 5 раз
Контактная информация:

ДНК тесты и генеалогия

#821 Сообщение avramenko » 30 сен 2009, 00:14

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

MOCKBA
Сообщения: 3069
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 1074 раза
Поблагодарили: 1066 раз

ДНК тесты и генеалогия

#822 Сообщение MOCKBA » 20 ноя 2018, 05:51

MOCKBA писал(а):Источник цитаты https://www.veritasgenetics.com/
Момент таки настал - компания Веритас Дженетикс предлагает полный геном с хорошим качеством

Они за 6 часов все распродали, но с встречным предложением $199 выступили их конкуренты, Данте Лабз:
https://us.dantelabs.com/
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

Аватара пользователя
napobo3
Сообщения: 88
Регистрация: 06.06.2010
Благодарил (а): 79 раз
Поблагодарили: 29 раз

ДНК тесты и генеалогия

#823 Сообщение napobo3 » 20 ноя 2018, 08:58

Прежде чем заказывать у Веритаса надо убедиться, что они предоставят вам ваш BAM файл. Если нет - то не стоит.

MOCKBA
Сообщения: 3069
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 1074 раза
Поблагодарили: 1066 раз

ДНК тесты и генеалогия

#824 Сообщение MOCKBA » 20 ноя 2018, 09:14

napobo3 писал(а):Источник цитаты Прежде чем заказывать у Веритаса надо убедиться, что они предоставят вам ваш BAM файл. Если нет - то не стоит.
У них заказывать уже поздно, а VCF-файл вам не сгодится?
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

Аватара пользователя
napobo3
Сообщения: 88
Регистрация: 06.06.2010
Благодарил (а): 79 раз
Поблагодарили: 29 раз

ДНК тесты и генеалогия

#825 Сообщение napobo3 » 20 ноя 2018, 09:27

Нет, мне нужен BAM.
https://github.com/tkrahn/extract23

MOCKBA
Сообщения: 3069
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 1074 раза
Поблагодарили: 1066 раз

ДНК тесты и генеалогия

#826 Сообщение MOCKBA » 22 ноя 2018, 04:27

napobo3 писал(а):Источник цитаты Нет, мне нужен BAM.
https://github.com/tkrahn/extract23
Вся та же информация есть и в VCF, только проще закодирована, а вот реальный вопрос - кому нужен генотип в таком формате, какая с него польза?
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

Аватара пользователя
napobo3
Сообщения: 88
Регистрация: 06.06.2010
Благодарил (а): 79 раз
Поблагодарили: 29 раз

ДНК тесты и генеалогия

#827 Сообщение napobo3 » 22 ноя 2018, 13:35

BAM содержит все прочтения, а VCF - только отдельные позиции.
Упомянутая выше утилита создает 23andme-совместимый файл из BAM файла. Полученный файл можно загружать в Гедмач и в ФТДНА.
Это только один пример использования этого формата.

Juras
Сообщения: 5
Регистрация: 19.08.2018

ДНК тесты и генеалогия

#828 Сообщение Juras » 23 ноя 2018, 17:57

На FTDNA чёрная пятница продлится до 26 ноября... Скидки на все тесты! :yahoo:

Nикола
Сообщения: 1
Возраст: 44
Регистрация: 05.12.2018
Откуда: Днепропетровск

ДНК тесты и генеалогия

#829 Сообщение Nикола » 05 дек 2018, 11:00

Живу в Днепропетровске, а родом из Строгановки, Приазовского р-на, здесь есть карта расположения Строгановки http://babanovka.dp.ua . Хотим с женой подтвердить свои еврейские корни, если возможно, при помощи ДНК анализа. Насколько это эфективно и где такое у нас делают, спасибо.

Alexey_VB
Сообщения: 205
Регистрация: 07.10.2016
Благодарил (а): 91 раз
Поблагодарили: 50 раз

ДНК тесты и генеалогия

#830 Сообщение Alexey_VB » 05 дек 2018, 13:28

Nикола, с какой целью подтверждение еврейства? есть соответствующие разделы/темы на форуме. Насколько знаю, компании делающие тесты находятся в США. По признанию раввинатом результатов ДНК анализа (на форуме где-то обсуждали viewtopic.php?p=179599#p179599) - Вам ответят в раввинате и более компетентные в данной области, но консулу в Посольстве Израиля в первую очередь нужны оригинальные старые документы viewforum.php?f=199
Зыман (Сувалки, Гродно), Бородкин (Белая Церковь), Мельницкий (Сувалки, Гродно), Гуревич (Кадино, Мстиславль), Гофман (Ромны)

Alexey_VB
Сообщения: 205
Регистрация: 07.10.2016
Благодарил (а): 91 раз
Поблагодарили: 50 раз

ДНК тесты и генеалогия

#831 Сообщение Alexey_VB » 05 дек 2018, 13:31

Добрый день, получены результаты тестов на этническую принадлежность в MyHeritage https://a.radikal.ru/a14/1811/b7/035b08f4c2fc.jpg - появились в огромном числе (тысячи) "совпаденцы" (с 1-2% и менее). Также загрузил результаты на http://www.gedmatch.com и там тоже тысячи "совпаденцев". Тема далека от моих профессиональных знаний, где можно прочитать: как оценивать результат сравнения тестов? По каким параметрам можно понять родственники или нет? Или по данному тесту на этническое происхождение (аутосомный тест) такое сравнение не возможно?
Например, такое сравнение на GEDmatch с возможной родственницей:
Minimum threshold size to be included in total = 500 SNPs
Mismatch-bunching Limit = 250 SNPs
Minimum segment cM to be included in total = 7.0 cM

Chr Start Location End Location Centimorgans (cM) SNPs
1 144,155,913 158,052,049 12.9 1,044
11 27,149,291 36,091,490 9.9 870
Largest segment = 12.9 cM
Total of segments > 7 cM = 22.9 cM
2 matching segments
Estimated number of generations to MRCA = 4.6
292908 SNPs used for this comparison.
Последний раз редактировалось Alexey_VB 05 дек 2018, 13:45, всего редактировалось 1 раз.
Зыман (Сувалки, Гродно), Бородкин (Белая Церковь), Мельницкий (Сувалки, Гродно), Гуревич (Кадино, Мстиславль), Гофман (Ромны)

Аватара пользователя
napobo3
Сообщения: 88
Регистрация: 06.06.2010
Благодарил (а): 79 раз
Поблагодарили: 29 раз

ДНК тесты и генеалогия

#832 Сообщение napobo3 » 05 дек 2018, 13:39

Вам сделали тест аутосомной ДНК. 37 маркеров - это тест Y ДНК, он нужен если Вас интересует родство по мужской линии. Аутосомный тест показывает родство по всем предковым линиям на небольшой глубине (до 6-8 поколений назад).

Alexey_VB
Сообщения: 205
Регистрация: 07.10.2016
Благодарил (а): 91 раз
Поблагодарили: 50 раз

ДНК тесты и генеалогия

#833 Сообщение Alexey_VB » 05 дек 2018, 18:40

napobo3 писал(а):Источник цитаты Вам сделали тест аутосомной ДНК. 37 маркеров - это тест Y ДНК, он нужен если Вас интересует родство по мужской линии. Аутосомный тест показывает родство по всем предковым линиям на небольшой глубине (до 6-8 поколений назад).
спасибо быстрый за ответ, но вопрос был: как понять результаты сравнения двух тестов?
Зыман (Сувалки, Гродно), Бородкин (Белая Церковь), Мельницкий (Сувалки, Гродно), Гуревич (Кадино, Мстиславль), Гофман (Ромны)

MOCKBA
Сообщения: 3069
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 1074 раза
Поблагодарили: 1066 раз

ДНК тесты и генеалогия

#834 Сообщение MOCKBA » 05 дек 2018, 20:47

Alexey_VB писал(а):Источник цитаты результаты сравнения двух тестов?
Общие соображения по определению родства по совпадениям в аутосомным тестах есть в прикрепленном сообщении
Источник цитаты Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами
А конкретные рецепты, на что смотреть, что игнорить, разнятся у всех советчиков. Если у ашкеназов вольше 3% / 200 сМ совпадает, то почти наверняка настоящая родня, а если меньше, то кто смотрит на максимальные сегменты (подавай им 20 или даже 40 сМ), кто сравнивает сразу несколько родственников, кто игнорит совпаденцев, про которых ничего многообещающего не совпадает среди перечисленых фамилий предков и географии.
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

Alexey_VB
Сообщения: 205
Регистрация: 07.10.2016
Благодарил (а): 91 раз
Поблагодарили: 50 раз

ДНК тесты и генеалогия

#835 Сообщение Alexey_VB » 05 дек 2018, 21:05

MOCKBA, спасибо за ссылки и комментарий, все сложнее, чем я думал ;)) придется изучать вопрос глубже, здесь тоже http://forum.molgen.org/index.php/topic ... #msg347090
Зыман (Сувалки, Гродно), Бородкин (Белая Церковь), Мельницкий (Сувалки, Гродно), Гуревич (Кадино, Мстиславль), Гофман (Ромны)

MOCKBA
Сообщения: 3069
Регистрация: 23.01.2016
Откуда: Америка
Благодарил (а): 1074 раза
Поблагодарили: 1066 раз

ДНК тесты и генеалогия

#836 Сообщение MOCKBA » 05 дек 2018, 21:43

Alexey_VB писал(а):Источник цитаты все сложнее, чем я думал ;)) придется изучать вопрос глубже, здесь тоже http://forum.molgen.org/index.php/topic ... #msg347090
(По-моему они обсуждают, нельзя ли определить, есть ли у человека предки ашкеназы, просто по количеству совпадений - а это разумный вопрос, но другой вопрос)

Два слова предостережения только, коли вы собираетесь заниматься самообразованием по-русски. Во-первых, ДНК для еврейской генеалогии массово используют американцы, по понятным причинам - у них не хватает навыков, чтобы копать русскоязычные источники по предкам, а на серьезных платных исследователей не хватает денег ... а тут что типа сразу доступное и недорогое. Для российского же генеалогического мирка ДНК - это, наоборот, дорого и относительно менее полезно, и поэтому наши дискуссии о примемениях ДНК изобилуют резкими и зачастую необоснованными мнениями настоящих упертых энтузиастов.

Во-вторых, oсобенно часто люди не понимают значения слова "эндогамия" и путают с браками между двоюрдными...

Aнализируя самых старых родственников (из поколений дедов и прадедов, если возможно) вы подбираесь ближе к общим предкам. Если хотите без лишних сомнений использовать совпадения ДНК (то есть ограничиваться 200+ сМ), то не забывайте протестировать побольше народа постарше!

Eсли у вас уже есть гипотеза, где именно к вашему древу присоединяется та ли иная ветвь родни, то ДНК легко может навести ясность в такие догадки. Именно так я ее и использовал в своем древе. Опять-таки для успеха нужен не собственно ваш лично результат анализа, а несколько результатов именно на тех ветках, которые вы надеетесь соединить, и чем "старше", тем лучше.
Гоникберг (Могилев-Подольский, Ушицкий уезд, и повсюду), Прусс, Черницкий(Городок Витебской), Пальман (Витебск), Богин, Рудерман (Минск), Лапицкий (Копысь, Киев)

Juras
Сообщения: 5
Регистрация: 19.08.2018

ДНК тесты и генеалогия

#837 Сообщение Juras » Вчера, 15:50

Праздничные скидки на FTDNA действуют до конца года... Сейчас ещё добавили к скидкам и купоны на 5% (заказ <$100) и 10% (заказ >$100) (Big Y =$450 !!!) + до 16 декабря доставка обойдётся $9,95


Вернуться в «Я не уверен, что мои предки - евреи...»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя