ДНК тесты и генеалогия

Сообщение

avramenko · #261 **avramenko** » 30 сен 2009, 00:14

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

Берта · #262 **Берта** » 17 окт 2016, 07:04

Я бы писала тем, у кого совпадает больший процент генома, то есть как раз большее количестве сМ. Обычно и длина longest block, и процент генома как-то коррелируют. Но бывают и какие-то расхождения; иногда то, что могло бы быть "Longest block" бывает разорван посередине, и превращается в два небольших. Я видела это у моего дяди - у меня совпадает большой кусок на одной хромосоме с целой группой, у него - тот же кусок разорван посередине на два меньших, для целого ему не хватает крошечного кусочка посередине, но система
этого не видит, и его "совпаденцы" оказываются ниже в списке чем у меня. Ну просто при образовании половых клеток и в процессе рекомбинации ему попало два "кусочка" на этой хромосоме, а моей маме, скорее всего - целый "кусок", который она передала мне; но мамы уже нет, а при сравнении с дядей картина выглядит так. Однако его троюродная сестра, которую я нашла в США с помошью генетических тестов и о существовании которых никто никогда не знал, с ним имеет общих 500 сМ, а со мной - чуть больше 100.

Но лучше, наверное, писать тем, у кого общий предок с Вами отстоит на столько поколений, на сколько Вы реально можете отыскать в архивах. Ведь Ваши совпаденцы тоже могут не знать, как Вы связаны. То есть рассчитывайте на результаты своего поиска; можете "просмотреть" на четыре-пять поколений назад, пишите тем, у кого система выдает общего предка в этом пределе. (Система может ошибаться, но не всегда). Если сохранность архивов хорошая и Вы можете просмотреть семь поколений - пишите тем, у кого с Вами, по мнению системы, общий предок в этих пределах.

Вот сейчас проверила - с тетей с папиной стороны длина наибольшего куска 180 сМ, с дядей с маминой - 101. При этом с тетей совпадает 19% генома, с дядей - 20%. В реальности, степень родства у обоих одинакова. Так что длина наибольшего куска сама по себе еще не показатель.

Dr-Shaman · #263 **Dr-Shaman** » 19 окт 2016, 01:50

recutita писал(а):у пятерых ближайших совпаденцев совпадающих участков по 20 и более, при этом участков более 10 сМ из них - один, два. Это много или мало?

recutita писал(а): Так вот много это сколько?

Отбросьте все участки меньше 7сМ. Если окажется, что участков больше 7 осталось штук 5-6 можно написать, вдруг повезет? А если останется 2-3 совпадения, то можно не париться, даже если и родственники, то общий предок был поколений 20 назад...

Марго · #264 **Марго** » 07 янв 2017, 18:23

Посовейтуйте, пожалуйста, где лучше сделать анализ ДНК для уточнения своих корней (в том числе и в случае с предками разных национальностей). Спасибо.

Берта · #265 **Берта** » 07 янв 2017, 23:26

Марго писал(а): Посовейтуйте, пожалуйста, где лучше сделать анализ ДНК для уточнения своих корней (в том числе и в случае с предками разных национальностей). Спасибо.

Зависит от конкретной задачи. Если Вам нужно узнать свои этнические корни (хотела написать, "разброс", как в моем случае), то пожалуй, лучше всего подойдет 23@me. У 23@me есть одна проблема - как и Ancestry.com, они "не обслуживают" граждан России, Украины и, возможно, Белоруссии (у них есть это на сайте), то есть если Вы живете в одной из этих стран, заказывать наборы напрямую из этих компаний и отсылать их в США из страны не стоит. Есть какие-то посредники, они приведены на сайте vgd.ru, или же можно попросить друзей, проживающих (скажем) в Прибалтике, заказать и отослать (вся проблема заключается именно в месте отправления посылки, а не в гражданстве тестируемого). Если Вы живете в Европе, Израиле или США, то проблемы нет.

За 200 дол + почтовые расходы, Вы получите у 23@me достаточно много;
а) Достаточно точное определение этнических корней.
б) Достаточно точную митохондриальную (материнскую) ДНК-группу
в) Достаточно точное определение У-гаплогруппы (если это применимо к Вашей ситуации)
г) Доступ к своему геному - неплохо прочитанному. Вы можете его загрузить в свой компьютер и за 5 долларов "прочесть" на сайте Promethease.com на предмет известных генов - раков, Альцгеймера, и т.п.
д) Вы также можете загрузить свою ДНК на сайт Gedmatch.com - для дополнительного поиска ДНК-совпаденцев, так как в 23@me Вы найдете данные только о тех, кто тестировался в этой же компании
е) my Heritage.com дает возможность создать дерево (бесплатно для 200 чел) и "прицепить" свою ДНК, это даст дополнительные сведения о совпаденцах, протестированных в других сайтах
ж) теоретически то же самое можно сделать с geni.com, на практике ДНК, прочитанная в любых сайтах, кроме FTDNA, у меня не сработала. Но можно попробовать.

Я думаю, что с точки зрения цены - результатов это вполне неплохо. Конечно, сайты типа FTDNA дают углубленную информацию, но это дороже, и что касается этнических корней, там не такие интересные результаты. С другой стороны, FTDNA работает напрямую с Россией и Украиной.

Марго · #266 **Марго** » 08 янв 2017, 00:09

Берта, спасибо Вам огромное, Вы так хорошо все объяснили. К сожалению, 23@me мне не подойдет, т.к. живу в Москве. Спасибо еще раз.

#267 **MCB** » 08 янв 2017, 00:41

Берта писал(а): Доступ к своему геному - неплохо прочитанному. Вы можете его загрузить в свой компьютер и за 5 долларов "прочесть" на сайте Promethease.com на предмет известных генов - раков,

Я с ними много копий наломал по этому поводу - это не данные самой компании Promethease, а коллекция литературных данных СНПедии, котороя богата халтурными, статистически недостоверными академическими публикациями, особенно из Китая. Допустим, в гене BRCA2 они на основе таких недостоверных сообщают "повышенный риск рака" для ... 80% заказчиков

Поголовно все типа в категории риска! Но Promethease отметает нашу критику, отвечая, что данные не их собственные, и типа пусть лучше SNPedia исправляет. А SNPedia так же резонно отвечает, что их данные - это всего лишь автоматический обзор литературы, без помощи кураторов, и как таковые не предназначены для медицинских целей, только для исследований, и типа это Promethease виновата, что использует данные не по назначению. Так что воз и ныне там. Если вам на этом основании наобещают риск болезней там и тут, то на веру не принимайте.

recutita · #268 **recutita** » 08 янв 2017, 07:11

Когда я выбирала, мне посоветовали FTDNA, потому что там сразу можно связаться с совпаденцами и просмотреть, где что совпадает, а в 23andme с контактами сложнее. Правда и на фтдна некоторые адреса оказались старыми, пришлось через фейсбук выходить на людей.

#269 **Elena G.** » 08 янв 2017, 08:45

На Family Tree DNA аутосомный тест (Family Finder) стоит всего 79 долларов, а когда сезон скидок, то и еще дешевле, и по нему сразу видно, были ли среди предков евреи.

Марго · #270 **Марго** » 08 янв 2017, 11:29

МОСКВА, recutita, большое спасибо!

Марго · #271 **Марго** » 08 янв 2017, 11:30

Elena G. писал(а): Elena G.

Елена, а если не только евреи, это будет видно? Спасибо.

recutita · #272 **recutita** » 08 янв 2017, 12:37

У моей мамы ФТДНА показало 48% европейской еврейской диаспоры (еврей папа) 52%- восточная европа (мама курская крестьянка).

#273 **Elena G.** » 08 янв 2017, 12:45

Марго писал(а):
Elena G. писал(а): Elena G.
Елена, а если не только евреи, это будет видно? Спасибо.

Евреи видны без сомнения, а другие - в составе более крупных групп (восточноевропейцы, центральная Азия и т.п.)
Прилагаю образец результата для человека, у которого еврей - только один дедушка.

Марго · #274 **Марго** » 08 янв 2017, 13:56

Леночка, большое спасибо!

Берта · #275 **Берта** » 10 янв 2017, 11:32

MOCKBA писал(а):
Берта писал(а): Доступ к своему геному - неплохо прочитанному. Вы можете его загрузить в свой компьютер и за 5 долларов "прочесть" на сайте Promethease.com на предмет известных генов - раков,
Я с ними много копий наломал по этому поводу - это не данные самой компании Promethease, а коллекция литературных данных СНПедии, котороя богата халтурными, статистически недостоверными академическими публикациями, особенно из Китая. Допустим, в гене BRCA2 они на основе таких недостоверных сообщают "повышенный риск рака" для ... 80% заказчиков Поголовно все типа в категории риска! Но Promethease отметает нашу критику, отвечая, что данные не их собственные, и типа пусть лучше SNPedia исправляет. А SNPedia так же резонно отвечает, что их данные - это всего лишь автоматический обзор литературы, без помощи кураторов, и как таковые не предназначены для медицинских целей, только для исследований, и типа это Promethease виновата, что использует данные не по назначению. Так что воз и ныне там. Если вам на этом основании наобещают риск болезней там и тут, то на веру не принимайте.

Всем обещают воз болезней, но стоит обращать внимание на первые три страницы - я довольно неплохо знаю семейную медицинскую историю, и то, что я увидела, довольно-таки реально. И еще смотреть на magnitude гена и на распространенность в популяции. Если частота встречаемости "плохого" гена 50%, то возможно, не так это и страшно

Вообще-то плохо известно, как эти гены взаимодействуют друг с другом, а это многое определяет.

#276 **Юлия_П** » 05 мар 2017, 14:43

Скажите, пожалуйста, какого порядка реально может быть родство с человеком, если совпадает 104 см с самым длинным участком 30 см? FTDNA оценивает наше родство как 3rd Cousin - 5th Cousin.
Совпадает фамилия по мужской линии и город. Но я знаю по этой линии только двоюродных, то есть имеющих общего деда. А тут родство более дальнее. Но насколько?

napobo3 · #277 **napobo3** » 05 мар 2017, 14:57

Если совпадают фамилия по мужской линии и город, то надо протестировать у обоих Y ДНК.

#278 **Юлия_П** » 05 мар 2017, 15:00

napobo3 писал(а): надо протестировать у обоих Y ДНК

Так протестировали. Теперь пытаюсь сообразить, как совместить наши деревья (имена не совпадают вообще).

#279 **MCB** » 05 мар 2017, 18:47

Юлия_П писал(а): Скажите, пожалуйста, какого порядка реально может быть родство с человеком, если совпадает 104 см с самым длинным участком 30 см? FTDNA оценивает наше родство как 3rd Cousin - 5th Cousin.

от четвероюрдного до никакого. `Y`-ДНК при хорошем совпадении - тоже может быть близкое и дальнее родство. Реально для более дальних родственников, чем троюрдные, эти тесты для ашкеназов неинформативны в плане степени родства.

#280 **Юлия_П** » 05 мар 2017, 19:06

MOCKBA писал(а): от четвероюрдного до никакого

Я их семью условно проследила до начала 19-го века. Правда, строго вертикально - братьев не знаю. Их имена в моём дереве не встречаются. И мне кажется, что у нас общий предок на уровне момента принятия фамилий.

#281 **MCB** » 05 мар 2017, 19:28

Юлия_П писал(а): строго вертикально - братьев не знаю. Их имена в моём дереве не встречаются

У меня похожая ситуация с вашими одесскими Гоникбергами, по которым, я надеюсь, вы мне когда-нибудь сможете помочь. Имена стереотипно повторяются в каждой ветке, но общего не найти. Одесские - Краснянские мещане Подольской и прослеживаются до 1830-х, но это становится строго вертикальной линией с соотв. "ограничениями поля зрения"

С ДНК тестами при дальнем родстве, надо или тестировать предков и надеятся, что у них-то совпадение перевалит за 200 см, или ждать, когда придет новое поколение генетических тестов (это может быть ОЧЕНЬ долго, поскольку большинству народов уже сегодняшние тесты хорошо помогают)