ДНК тесты и генеалогия

[avramenko]

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

[Kaaskop]

Вопрос к знатокам...
В свое время протестировалась на 23andme.
Совпаденцев до кучи, % , как правило, невелик, практического результата -0. Как правило, люди очень мало знают о своих предках, да и родство, притом, вероятно, по женской линии где-то уж совсем в глубине веков.
Сегодня получаю информацию о новых совпаденцах, и среди них попадается вот такой экземпляр
2nd to Distant Cousin
0.99% shared, 8 segments

Честно говоря, я сама в этой области слишком мало разбираюсь. Поэтому хотелось бы получить комментарии более сведущих участников форума. Какие выводы можно сделать? Какие предположения можно строить?
Это мужчина со след. галогруппами K1a1b1a E1b1b1

[edelstein]

Вопрос к знатокам...
В свое время протестировалась на 23andme.
Совпаденцев до кучи, % , как правило, невелик, практического результата -0. Как правило, люди очень мало знают о своих предках, да и родство, притом, вероятно, по женской линии где-то уж совсем в глубине веков.
Сегодня получаю информацию о новых совпаденцах, и среди них попадается вот такой экземпляр
2nd to Distant Cousin
0.99% shared, 8 segments

Честно говоря, я сама в этой области слишком мало разбираюсь. Поэтому хотелось бы получить комментарии более сведущих участников форума. Какие выводы можно сделать? Какие предположения можно строить?
Это мужчина со след. галогруппами K1a1b1a E1b1b1

К сожалению, Вы правы. За исключением случаев, когда тестирование подтверждает или опровергает хотя бы косвенные данные генеалогические данные, вероятность найти реального родственника очень мала.
2nd to Distant Cousin - это скорее всего что-то от "седьмой воды на киселе" до случайного совпадения (и такое бывает - называется false positive).
Для сравнения (у меня):
Дети (как и положено) - 50% (3720 сегментов)
Реальные, но дальние родственники из США:

2nd Cousine, Once removed - факт
3rd Cousin (2nd to 3rd Cousin) - предсказание 23andMe
1,28% (95 cM, 6 сегментов)

Дальше идут люди с которыми ничего вообще не нашли-
0,92%, 0,88% и далее еще человек пять до 0,54%.

И только потом опять реальные родственники.
Два подтвержденных 3rd Cousine - которых 23andMe предсказывает как 3rd to Distant Cousin: 0,25% и 0,34%!

Итого:
1. к сожалению, количество совпадающих сегментов показывает только тенденцию. В принципе, так и должно быть, так как наследование материнских и отцовских генов в каждом поколении носит случайный характер. Тем более, когда речь идет о наследовании крупных сегментов и тем более - гаплоблоков.
Если детей/родителей в 23andMe видно четко, то чем дальше тем больше накапливается вероятностных событий, связанных с наследованием. См. мой пример.
2. Если совпадают фамилии и место жительства, то вероятность генеалогического открытия резко возрастает. Но не все размещают такую информацию. И, к сожалению, не все ее и знают. В лучшем случае указывают фамилии дедушек и бабушек (и то не всех).
3. Совпадение игрек или мито гаплогруппы может косвенно указывать на то, что случай нужно посмотреть внимательно. Но без генеалогического поиска тут часто ничего не установишь.

У Вас материнская линия K1a1b1a и отцовская E1b1b1 присутствует у протестированных родственников? Если да, то можно попытаться связаться. Как правило, те кто этим интересуются отвечают.

Еще можно скачать свои данные и загрузить на GEDmatch.com.
Там присутствуют люди, протестированные в других фирмах: FTDNA и Ancesty.com. Круг поиска расширяется. И, с учетом того, что там люди указывают свой емэйл, они более ориентированы на поиск родственников и генеалогический поиск. На 23anMe таких было вряд ли много, так как еще год назад, до запрета FDA, там была аудитория ориентированная по преимуществу на вопросы наследования и предрасположенности заболеваний.

[Tara Levin]

Спасибо большое, systema96, что поделились своими знаниями. В ожидании результатов от близкого родственника по линии Y, вынесла для себя много полезного из вашего ответа.

[Абрашка а-Шомер]

Пользовался ли кто-нибудь услугами igenea?

[Берта]

У меня ситуация такая. Родные брат и сестра. Дочь брата и сын сестры по тесту (23AndMe) не имеют ничего общего.
Какова вероятность ошибки?

Небольшая, но я протестировала в 23@ME шесть человек (сейчас тестирую 7-го) - во-первых, у них там сейчас полная неразбериха, во-вторых, их тесты очень хороши для Прометеазы (состояние здоровья) и как-то не так работают для родства. Когда у моего сына больше хромосомного совпадения с родственницей, чем у его отца, то поневоле задумаешься.

Я бы переместила результаты в Gedmatch и проверила соответствие наборов, понизив порог snp до 100 и сМ - до 1. И посмотрела, есть ли какое-то совпадение. Хотя бы маленьких участков. И сообщила бы, что совпадает.

Кстати, есть еще вариант и того, что "проблема" возникла поколением выше - не родные брат и сестра, а кто-то из них усыновлен. Но в любом случае, надо тестировать брата и сестру и проверять их совпадение - друг с другом, и со своими детьми.

[Берта]

Кстати, не имеет ничего общего с тестированием, но хочется поделиться. Безобразная ситуация сложилась на 23andme.

Какой-то дебил-ревизионист поместил пост, в котором он сказал что его беспокоит то, что владелица компании - еврейка-Ашкенази, и замужем за евреем-Ашкенази, владельцем Гугла. Ответ другого участника: они давно развелись. Ревизионист: "Да, но когда 1% населения запускает руки в шкатулки 99%..." Тут возмутилась я... В результате обмена постами я прочла, что Нюрнберг был трагедией человечества, и т.п. Человек размещал посты под имеем "Германия". Все в преддверии Дня Холокоста, о чем я, кстати, участникам напомнила.

Кончилось тем, что этот тип зашел на мой закрытый Фейсбук, посмотрел пару фотографий, высказался по поводу меня, моего сына, поместил угрозу и закончил тем, что обозвал меня "гре... жид...ой". По-английски, но ничуть не лучше звучит.

Я поместила это на форуме, его утром выгнали, я сообщаю в полицию.

Возмущает - не какой-то сумасшедший ревизионист, а удивительно терпимое отношение компании к любым проявлением антисемитизма и расизма. Я даже не могу перечислить всего, что там на форуме пишется. Начиная с того, что в Аушвице были бассейны для евреев.

Антисемитизм в генетике - вещь особая; дело в том, что несколько эндогамных групп (евреи, финны, индусы-брамины) очень хорошо выявляются подобным тестированием; у моего папы выявили 0.1% еврейского генома, по которому он нашел себе "родню". И массу родственников-финнов, я думаю, родство было еще до нашествия славян. (И вообще-то, генетические тесты удивительно хорошо показывают, что все евреи - родственники.) Но малообразованные люди плохо это понимают и интерпретируют в том смысле, что владелица компании - еврейка, и работают в компании - евреи, вот и "ищут своих". Я с этим часто встречалась, и в большинстве случаев это выглядело почти комично. Но сегодня я звоню в полицию...

[Юлия_П]

Я бы переместила результаты в Gedmatch и проверила соответствие наборов, понизив порог snp до 100 и сМ - до 1. И посмотрела, есть ли какое-то совпадение. Хотя бы маленьких участков. И сообщила бы, что совпадает.

Спустя очень длительное время вдруг родство распозналось - и двоюродные появились друг у друга в числе совпаденцев (причём именно как двоюродные - не дальше). Возникает вопрос о достоверности информации - как такое вообще возможно?

[Берта]

Я бы переместила результаты в Gedmatch и проверила соответствие наборов, понизив порог snp до 100 и сМ - до 1. И посмотрела, есть ли какое-то совпадение. Хотя бы маленьких участков. И сообщила бы, что совпадает.

Спустя очень длительное время вдруг родство распозналось - и двоюродные появились друг у друга в числе совпаденцев (причём именно как двоюродные - не дальше). Возникает вопрос о достоверности информации - как такое вообще возможно?

А какой процент ДНК у них совпадает? Лучше всего, кстати, оба набора переместить в Гедматч, и посмотреть там. Даже если сестра и брат получили "разные" Х-хромосомы от матери, у их детей все равно будет какое-то совпадение и на Х-хромосоме - за счет кроссинговера. А вот если совсем нет, то сомнительно.

Вообще-то 23@me не могут со 100% ной уверенностью сказать, что это двоюродные. Двоюродные в среднем имеют 12,5% общего ДНК

12.5% 850.00 "Great-grandparent/great-grandchild, first cousins, great-uncle or aunt/great-nephew or niece, half-uncle or aunt/half-nephew or niece"

(То есть столько-же примерно у прадеда/правнука, двоюродного деда или бабки и двоюродного внука, брат (наполовину) одного из родителей и его племянник.) То есть увидев двух человек с общим 12.5% ДНК, притом одного возраста, компания, скорее всего, может отсечь прадеда/правнука, хотя все бывает, но остальных вариантов исключить они не могут. Они же не знают Вашей семейной ситуации; они лишь видят совпадение по ДНК. Они обычно и дают варианты, а Вы сами подтверждаете вид родства.

[Юлия_П]

Совпадает почти 12%. Там же и племянник двоюродной сестры с другой линии - примерно вдвое меньше. А можете рассказать для чайника, что такое Gedmatch и как им пользоваться? У нас есть результаты папы в 23and me и FTDNA

[MCB]

Совпадает почти 12%. Там же и племянник двоюродной сестры с другой линии - примерно вдвое меньше. А можете рассказать для чайника, что такое Gedmatch и как им пользоваться? У нас есть результаты папы в 23and me и FTDNA

12% без вариантов близкое родство, эквивалентное двоюрдным. На 23andMe можно тоже посмотреть, какие фрагменты каких хромосом общие, но Gedmatch позволяет это сделать даже если разные предполагаемые родственники тестировались в разных компаниях. Это вебсайт с регистрацией, куда можно загрузить результаты тестов - там есть подробная инструкция. Как правило, его используют для поиска дальних родственников, когда просто совпадение между двумя людьми недостаточно.

[edelstein]

B MyHeritahe добавили ДНК-поиск
http://blog.myheritage.com/2016/05/myhe ... -matching/
Пока бесплатно.

Можно загрузить данные аутосомного тестирования с 23&Me, FTDNA и Ancestry.com
Загрузил свои данные, данные родителей и детей (данные более дальних родственников пока нельзя загружать), но пока обработка не завершена, так что ощущениями поделится не могу:)

[edelstein]

Совпадает почти 12%. Там же и племянник двоюродной сестры с другой линии - примерно вдвое меньше. А можете рассказать для чайника, что такое Gedmatch и как им пользоваться? У нас есть результаты папы в 23and me и FTDNA

https://www.gedmatch.com
Необходимо сохранить данные аутосомного тестирования с 23andMe и FTDNA, а потом загрузить их на GEDmath.
Сайт бесплатный и сейчас содержит самую крупную базу по протестированным, которые интересуются генеалогией. Тем более, что там есть возможность загрузить аутосомные данные с очень популярного в США Ancestry.com
Плюсы:
1) сравнение по трем крупнейшим фирмам, присутствующим на рынке ДНК-тестирования.
2) наличие в базе только тех, кто готов общаться (в 23andMe и FTDNA много "молчунов")
3) бесплатно (платная опция только дает возможность делать синтетический, фазированный аккаунт - допустим по ребенку и матери восстановить как бы выглядели генетические данные отца).

На тему верить или не верить указываемым степеням родства... Мое мнение: за пределами трех поколений это практически не работает (за исключением когда есть дополнительные зацепки типа фамилии, места жительства, митоДНК или Y-хромосомы). Оптимисты говорят, что до 5 поколений можно из аутосом вытащить что-то генеалогически значимое.

Ещё одна фишка Gedmath - это этнокалькуляторы (представлено несколько вариантов). Ну это интересно для лиц с непонятным или смешанным происхождением.

[mashax]

180cM и 28 сегментов - насколько это близкое родство?

[MCB]

180cM и 28 сегментов - насколько это близкое родство?

Смотря на каком сайте. Ancestry считает жестче всего, а у ftdna все для кучи

[mashax]

Ftdna. Выдает, что диапазон от 180 cM до 51 cM - возможно троюродные (2nd to 4th cousin). Допустим, но наверно все-таки в случае 180 сентиморганов близкое родство более вероятно? Насколько именно, и хотелось бы узнать.

[MCB]

Уж наверняка не троюрдные, учитывая ашкеназское происхождение. После первого поколения распределение сегментов - вещь статистическая, так что на 180 см вы без нормальной генеалогии не узнаете ответ. Но какое-то родство вероятно, хотя вряд ли ближе 4юрдн

[lolkha]

180cM и 28 сегментов - насколько это близкое родство?

Какой размер самого длинного сегмента и второго по размеру?

[mashax]

70 и 45.

[Elena G.]

70 и 45.

Тогда сомнения нет, что родство очень близкое, вероятно на уровне троюродных. Вот как выглядит родство у нас с реальными родственниками на FTDNA.

[Абрашка а-Шомер]

Вот как выглядит родство у нас с реальными родственниками на FTDNA.

А как на FTDNA можно такое увидеть?
Я только так умею Matches смотреть: